系统发育树构建

分子进化分析——

系统发生树的构建现在是1页\一共有43页\编辑于星期三分子系统发育分析系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物间的这种亲缘关系。2现在是2页\一共有43页\编辑于星期三系统发育进化树（Phylogenetictree)用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。系统进化树的主要构成：结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。进化分枝(Clade)：是指由同一生物进化而来的单一系统群。实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接研究对象： 包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列及高级结构等分子系统发育的核心是——构建系统发育进化树分子系统发育分析3现在是3页\一共有43页\编辑于星期三人猩猩狒狒外群分支长度根进化支结点系统发育进化树示例

结点：表示一个分类单元。进化支：两种以上生物（DNA序列）及其祖先组成的树枝。进化分支长度：用数值表示的进化枝的变化程度（遗传距离）距离标尺：生物体或序列之间差异的的数字尺度。根：所有分类的共同祖先。外群：一个或多个无可争议的同源物种,与分析序列相关且具有适当的亲缘关系距离标尺一个单位系统进化树0.54现在是4页\一共有43页\编辑于星期三现在是5页\一共有43页\编辑于星期三找到建树目的基因（基因组）进行多序列比对选择建树方法建立进化树进化树评估系统发育树构建分析步骤6现在是6页\一共有43页\编辑于星期三系统发育树构建软件系统发育树构建的相关软件7现在是7页\一共有43页\编辑于星期三系统发育树构建的基本方法8现在是8页\一共有43页\编辑于星期三现在是9页\一共有43页\编辑于星期三系统发育树建立方法现在是10页\一共有43页\编辑于星期三现在是11页\一共有43页\编辑于星期三现在是12页\一共有43页\编辑于星期三现在是13页\一共有43页\编辑于星期三现在是14页\一共有43页\编辑于星期三现在是15页\一共有43页\编辑于星期三现在是16页\一共有43页\编辑于星期三CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提打开软件clustalx现在是17页\一共有43页\编辑于星期三具体步骤根据需要，选定要比对的菌株及相应的序列。将序列COPY至记事本1）FileLoadsequences找序列2）AlignmentDocompletealignmentAlign自动生成文件于桌面（序列所在文件夹）..aln是所需文件现在是18页\一共有43页\编辑于星期三现在是19页\一共有43页\编辑于星期三现在是20页\一共有43页\编辑于星期三现在是21页\一共有43页\编辑于星期三现在是22页\一共有43页\编辑于星期三现在是23页\一共有43页\编辑于星期三现在是24页\一共有43页\编辑于星期三现在是25页\一共有43页\编辑于星期三现在是26页\一共有43页\编辑于星期三现在是27页\一共有43页\编辑于星期三现在是28页\一共有43页\编辑于星期三现在是29页\一共有43页\编辑于星期三现在是30页\一共有43页\编辑于星期三现在是31页\一共有43页\编辑于星期三现在是32页\一共有43页\编辑于星期三现在是33页\一共有43页\编辑于星期三现在是34页\一共有43页\编辑于星期三现在是35页\一共有43页\编辑于星期三现在是36页\一共有43页\编辑于星期三现在是37页\一共有43页\编辑于星期三现在是38页\一共有43页\编辑于星期三现在是