《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》_第1页
《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》_第2页
《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》_第3页
《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》_第4页
《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》_第5页
已阅读5页，还剩13页未读， 继续免费阅读

付费下载

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

1下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中,注日期的引用文件,仅该日期对应的版本适用于本文件;不注日期的引用文3.1注1：基化修饰包括5-甲基胞嘧啶（5mC）、5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）、5-甲酰基胞嘧啶（5fC）和、5-羧基胞嘧注2：甲基化转化技术主要分为将非甲基化胞嘧啶（C）转化成尿嘧啶（U）的反向转化技术和将5-甲基胞嘧啶3.2亚硫酸氢盐转化bisulfiteconversion），23.3注1：反向酶法转化代表性技术为EM-seq，即通过酶促反应将DNA中的非甲基化胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），而甲基化的胞嘧啶（5mC和5hmC）保持不变。尿嘧啶（U）在后续PCR过程中转变为胸腺嘧啶注2：正向酶法转化代表性技术为TAPS和5-base，即通过酶促反应将DNA中的5-甲基胞嘧啶（5mC）和/或5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）转化为二氢尿嘧啶（DHU）或胸腺嘧啶（T），而非甲基化的胞嘧啶（C）保持不变。二3.43.53.6在正向酶法转化中，5-甲基胞嘧啶（5mC）和/或5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）被转化为二氢尿嘧啶），3.7），），3.8值，计量单位为×,即乘数。33.9注：高置信甲基化数据集为经过多种方法（BS、TAPS、EM、5-base、935k等）确认的甲基化或非甲基化状态的胞召回率recall4皮尔逊相关系数pearsoncorrel55.1.1样本类型测序样本类型应为人基因组DNA。DNA的来源主要为人全血、血液白膜层、正常组织、注：本文件不适用石蜡包埋组织、胚胎活检细6DNA样本透明澄清，无明显黏稠感，不含肉眼可见色素及杂质。经紫外分光光度法检测，样本DNA样本的溶解缓冲液组分（包括溶解缓冲液的化学试剂配方、pH值等）应符合建库试剂的要5.2.1加接头的建库方法5.2.2转化方法5.3.1文库质量5.3.1.1文库的片段大小与分布5.3.1.2文库的浓度、体积和总量75.4.2测序原始碱基数5.4.3碱基识别质量百分比5.5.1碱基含量5.5.2基因组唯一比对率常，常规样本类型（如来源于细胞系、全血、白膜层、组织等）PE测序的基因组唯一比对率不小于5.5.3有效测序深度5.5.410×测序覆盖率5.5.5重复测序片段比率5.5.6胞嘧啶平均测序深度5.5.7胞嘧啶测序覆盖度85.6.2位点检测质量要求5.6.2.1甲基化位点数5.6.2.2甲基化率当使用人全基因组甲基化标准物质评估时，单样本甲基化率应符合标准物质甲基化率的阈值范5.6.2.3甲基化位点精确率和召回率5.6.2.42个技术重复的位点甲基化率一致性5.6.3.1特定区域甲基化率一致性5.6.3.2

人人文库> 全部分类> 应用文书 > 技术指导

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论