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文档简介

1全基因组核酸序列进行测定，可获取该病原微生物的完整或部分遗传信息，用于物种鉴定、分型溯病原宏基因组测序mNGS是对临床标本中全部核2一组亲缘关系紧密、表型或遗传特征高度相似，导致物种界限模糊的微生物分类群，常包含隐唯一标识符，通过提供对数字对象的物理位置或当前所有权的访问，确保对数字对象的永久访经挑选后，代表某一微生物物种的高质量、完整、准确的标准核酸序列组装体，用于新测序reads的序列比对、基因组定位、变异检测与物种鉴定。参考基因组可分为完成图（complete物种与菌株覆盖完整：参考数据代表性序列的选取应覆盖病原物种、亚种、血清型、序列型3注释维度覆盖完整：选取的参考基因组应按照统一标准，进行完整的基因组注释，包括分子分4优先采用经质控、可追溯的参考级资源(如FDA-ARGOS、RefSeq);研究型/原始提交型资源(如应尽可能涵盖已知病原微生物，包括细菌、真菌、病毒和寄生虫。应筛选并删除序列名称中带有5应进行数据质量评价以选择高质量的微生物均核苷酸同一性（ANI）结果可用于根据不同物种预设的聚类阈值，通过序列相似性对基因组进行聚6在种水平上，应使用如MMseqs2等经过验证的序列聚类分析工具，以两两序列间核苷酸一致性（Identity）>99%且比对覆盖度（Coverage）>99%为标准进行严格聚类，以识别高度同源的冗余序7在整个验证过程中，应该使用适当的生物信息学工具及模拟数据集对数据库性能进行分析和比89）：）：）：每次版本升级均需同步更新日志，至少包含：版本号与发布日期、本次更新类型记录回退原因、时间、操作人及对历史结果的影响说明。回退操作完成后，需同步更新版本状态说示例：NovaSeq6000、Sequel

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