2026年新冠病毒变异株监测预警工作技术手册

年新冠病毒变异株监测预警工作技术手册前言为持续完善我国新型冠状病毒多点触发、全链条覆盖的变异株监测预警体系，落实《关于建立健全智慧化多点触发传染病监测预警体系的指导意见》《新型冠状病毒感染防控方案（第十版）》《污水中新型冠状病毒监测技术规范（WS/T10042-2025）》等国家规范要求，结合2026年全球新冠病毒持续重组、免疫逃逸突变频发、季节性流行波动、境外新型变异株输入风险上升等新形势，统一全国各级疾控、医疗机构、口岸检疫、第三方检测机构、科研院校变异株监测技术标准、操作流程、风险研判与预警处置规范，特编制本技术手册。本手册适用于2026年度全国范围内新冠病毒变异株常态化监测、输入性变异株筛查、本土新型突变株捕获、污水环境病毒监测、基因组测序、生物信息学分析、多维度风险评估、分级预警发布、应急溯源处置、数据上报共享、实验室生物安全管理全流程技术操作。本手册整合临床哨点监测、口岸入境监测、污水环境监测、聚集性疫情专项监测四大监测维度，细化样本采集转运、核酸筛查、全基因组高通量测序、变异株分型判定、突变功能评估、预警阈值划分、分级响应、技术质控、人员培训、物资保障等核心技术内容，兼顾常态化监测与突发新型变异株应急处置双重场景，所有技术流程、指标、判定标准均贴合2026年病毒进化、检测技术迭代、智慧化监测平台建设最新行业要求，可作为各级卫生健康行政部门、疾控中心、医疗机构、海关口岸实验室日常工作执行、督导考核、能力建设的标准化技术依据。第一章总则1.1编制依据《中华人民共和国传染病防治法》《中华人民共和国生物安全法》《突发公共卫生事件应急条例》；国家疾控局《关于建立健全智慧化多点触发传染病监测预警体系的指导意见》；国家卫健委《新型冠状病毒感染防控方案（第十版）》；行业标准《污水中新型冠状病毒监测技术规范（WS/T10042-2025）》（2026年6月1日实施）；WHO新冠病毒变异株监测、基因组测序技术指南、变异株分类标准（VOC/VOI/VUM）；国家疾控中心《全国新冠病毒基因组监测网络工作规范（2026修订版）》；高通量测序、数字PCR、病原微生物实验室生物安全通用规范。1.2工作目标早发现：构建“临床哨点+口岸入境+城市污水+聚集性疫情”四维监测网络，48小时内捕获境外输入新型变异株、本土新发突变株、重组毒株，消除监测盲区；全分型：实现阳性样本全基因组测序标准化，精准判定变异株进化分支，识别刺突蛋白关键免疫逃逸突变、传播力增强突变、致病相关突变；快研判：建立多学科专家联合风险评估机制，基于测序数据、临床病例、流行曲线、污水病毒载量自动生成风险评分，分级触发预警；精准预警：统一四级预警判定阈值、发布流程、响应措施，实现预警信息跨部门、跨区域实时推送；闭环处置：形成“监测采样—实验室检测—序列分析—风险预警—流行病学溯源—防控干预—效果复盘”完整技术闭环；数据共享：规范基因组序列、监测元数据报送标准，24小时内完成GISAID数据库与国家疾控监测平台双上传，支撑全国及全球病毒进化动态研判。1.3适用范围实施主体：国家级、省级、地市级、县级疾病预防控制中心；各级各类医院流感样病例哨点、重症救治定点医院；海关出入境口岸检验检疫实验室；具备高通量测序资质第三方医学检验机构、高校病毒学实验室；城市污水处理厂环境监测单位；监测对象：门急诊流感样病例（ILI）、住院重症呼吸道感染病例（SARI）、新冠确诊/无症状感染者、重症/死亡病例、入境人员阳性样本、学校/养老机构等重点场所聚集性疫情样本、城市生活污水、冷链及跨境环境样本；时间范围：2026年1月1日—2026年12月31日全年常态化监测，含冬春季流行高峰、暑期人员流动高峰、节假日跨境出行高峰专项强化监测。1.4组织职责分工1.4.1国家层面（中国疾控中心病毒病所）全国变异监测技术总牵头，统一测序引物、生物信息分析流程、变异株判定标准；汇总全国基因组序列，动态更新全球流行变异株数据库，每月发布全国变异株流行监测月报；新发高风险变异株（VOC）全国技术指导，组织国家级专家开展突变功能、免疫逃逸、致病力综合评估；对接WHO、GISAID全球数据库，同步境外新型毒株预警信息，下发全国输入风险提示；年度全国实验室测序能力质控、技术培训、盲样考核。1.4.2省级疾控中心统筹本省监测网络布局，划定哨点医院、口岸采样点、污水监测点位，制定本省采样测序量化指标；建立省级测序实验室、生物信息分析小组，完成辖区样本全基因组测序、序列初筛、谱系分型；组建流行病学、病毒学、临床、生物信息、公共卫生多学科研判专家组，落实每日风险会商机制；负责本省序列数据汇总、复核，24小时上报国家疾控中心，同步上传GISAID；对地市、县级机构开展现场技术督导、样本质控、应急处置培训。1.4.3地市级疾控中心落实辖区常态化采样送检任务，完成阳性样本初筛、样本规范保存转运；具备条件地市自主开展高通量测序，无测序能力地市按时限送省级实验室；本地聚集性疫情流调、毒株溯源，预警信号触发后第一时间开展现场处置；辖区医疗机构、社区、学校监测数据汇总，每日上报省级疾控。1.4.4哨点医疗机构规范采集ILI、SARI、新冠阳性病例鼻咽拭子，完整采集病例元数据（年龄、疫苗史、临床分型、旅居史、重症指标）；按时完成样本分装、低温暂存，按频次送对应测序实验室；发现不明原因重症、检测试剂S基因靶标失效、聚集性发热异常信号立即2小时内上报属地疾控。1.4.5海关口岸实验室所有入境阳性样本100%纳入测序监测，建立入境变异株专项台账；境外高风险国家/地区入境人员强化采样，第一时间推送变异株序列至省级疾控；跨境冷链、交通工具环境污水同步开展病毒核酸筛查。1.4.6环境监测单位（污水处理厂）严格按照WS/T10042-2025规范开展城市污水采样、浓缩、核酸检测，污水阳性样本开展宏基因组测序；每周报送污水病毒载量、变异株初步分型数据至疾控部门，作为社区流行早期预警指标。第二章多维监测网络建设与采样技术规范2.1四大监测体系布局标准2.1.1临床哨点病例监测网络依托全国554家国家级流感监测哨点医院，补充二级以上综合医院、儿童专科医院、老年病定点医院，形成分层病例监测体系：监测病例定义ILI（流感样病例）：发热≥38℃，伴咳嗽/咽痛任一呼吸道症状；SARI（严重急性呼吸道感染）：需住院治疗，存在呼吸困难、低氧血症的呼吸道感染病例；重点优先测序样本：所有新冠重症、危重症、死亡病例；65岁以上老年阳性病例；未完成全程疫苗接种阳性病例；既往感染二次复阳病例；门诊连续出现多例S基因靶标缺失病例。采样量化指标（2026年度硬性要求）零星散发期（周阳性率＜1%）：每个哨点医院每周至少采集5份阳性样本，地市每周有效测序序列不少于3条，本土病例不足3例时应检尽检；平稳流行期（周阳性率1%~5%）：地市每周测序序列不少于10条；重症、死亡病例测序占比不低于10%；流行高峰期（周阳性率＞5%或出现聚集性疫情）：测序样本量提升50%，所有聚集性疫情首发病例、关联密接阳性样本全部测序；采样频次：哨点医院每日开展ILI/SARI筛查，每周固定2次集中送样至测序实验室；突发聚集疫情2小时内紧急采样送检。2.1.2口岸入境变异株监测网络海陆空所有口岸全覆盖，入境人员核酸阳性样本100%测序，无豁免；高风险入境国家（全球新发VOC、重组毒株流行地区）入境人员增加鼻咽+口咽双拭子采样，提升病毒检出率；入境交通工具、口岸集中隔离点污水同步采样监测，捕捉隐性输入毒株；口岸检出未知新型变异株，立即启动跨区域协查，同步推送目的地疾控部门。2.1.3城市污水环境监测网络（依据WS/T10042-2025）点位布设：地级及以上城市主城区至少设置3个污水监测点位，覆盖居民区、学校商圈、医院片区；县域城区至少1个污水处理厂进水口点位；采样方式：24小时连续自动采样器，混合水样，每周采样1次；冬春季流行高峰调整为每周2次；监测用途：通过污水病毒载量变化预判社区感染流行趋势；污水中检出病毒核酸后开展宏基因组测序，提前预警社区隐匿传播变异株，实现“人群发病前预警”。2.1.4聚集性疫情专项监测网络出现以下场景立即启动专项强化监测：学校、养老机构、福利院、工厂、密闭办公场所1周内出现≥3例新冠阳性；医疗机构发生院内交叉感染；同一毒株短时间内在不同区县多点检出；临床出现不明原因重症增多、原有疫苗保护效果显著下降、抗病毒药物疗效减弱等异常临床信号。专项监测要求：所有病例、密接阳性样本全部测序，同步开展环境物表病毒采样溯源。2.2样本采集、保存、转运标准化操作2.2.1人体临床样本（鼻咽拭子）采集耗材：病毒保存液（VTM）拭子，单采独立包装；样本筛选标准：优先选取Ct值≤28样本，测序成功率最高；Ct值28~32可酌情测序；Ct值＞32病毒载量过低，仅聚集疫情特殊需求时测序；暂存：采样后2~8℃冷藏不超过24小时；长期留存样本置于-80℃超低温冰箱；元数据必填项：样本编号、采样日期、地区、年龄、性别、疫苗接种剂次、末次接种时间、临床分型（轻症/普通型/重症/危重症/死亡）、旅居史、聚集疫情关联标识、Ct值、检测试剂盒型号。2.2.2污水环境样本采样容器：无菌聚乙烯采样桶，添加抑菌固定剂；浓缩处理：采用膜过滤法或聚乙二醇沉淀法富集病毒，浓缩倍数≥100倍；保存：浓缩核酸样本-80℃冻存，留存备份至少3个月；记录指标：采样点位、采样时段、污水pH、水温、病毒浓缩后Ct值。2.2.3样本转运生物安全要求所有阳性样本按B类感染性物质包装，三层包装体系（样本管、密封缓冲袋、生物安全转运箱）；冷链运输：2~8℃冷藏转运，转运时长不超过48小时；超低温备份样本干冰运输；转运台账：逐份登记样本出入库、交接人员、转运时间，全程可追溯。2.3样本质控淘汰规则出现以下情况样本直接报废，不予测序：保存液泄漏、样本污染、反复冻融超过3次；元数据缺失关键信息（无采样地点、无临床信息、无Ct值）；污水样本未完成浓缩、杂质过多抑制PCR扩增；转运超时、冷链断裂导致病毒核酸降解。第三章实验室检测与基因组测序技术规范3.1分级实验室检测能力配置（2026标准）县级疾控/基层医院实验室：具备新冠病毒RT-qPCR核酸筛查能力，完成阳性初筛、样本分装保存，无测序资质，样本统一送地市级/省级实验室；地市级疾控实验室：生物安全二级实验室，配备数字PCR（RT-ddPCR）、基础核酸提取平台，具备基础扩增子测序能力，承担辖区常规样本测序；省级疾控中心实验室：生物安全三级实验室全覆盖，高通量二代测序（NGS）、宏基因组测序（mNGS）、生物信息分析服务器，承担疑难样本、境外输入新型毒株、污水环境样本深度测序；国家级实验室：病毒基因功能验证平台，可开展变异株中和抗体实验、动物致病性试验，评估VOC毒株免疫逃逸与致病力。3.2核酸筛查技术流程3.2.1RT-qPCR初筛（常规临床样本）双靶标检测：ORF1ab基因+S基因联合探针，同步监测S基因靶标缺失（SGTF），作为变异株快速初筛线索；结果判读：S基因阴性、ORF1ab阳性，高度提示刺突蛋白大片段突变，优先加急全基因组测序；污水样本推荐RT-ddPCR数字PCR，灵敏度高于普通荧光PCR，精准定量低载量环境病毒。3.2.2核酸提取质控临床样本：磁珠法全自动核酸提取，提取后核酸浓度≥2ng/μL方可上机测序；污水浓缩样本：增加杂质漂洗步骤（漂洗3次），去除腐殖质、有机物PCR抑制剂；每批次设置阳性对照、阴性空白对照，监控提取污染。3.3全基因组高通量测序标准化操作（2026扩增子测序方案）扩增子引物组合：采用2026版全覆盖新冠病毒扩增引物池，覆盖全部开放阅读框，重点强化S蛋白、ORF3a、ORF8突变热点区域扩增；文库构建：多重PCR扩增→文库纯化→接头连接→定量均一化，同批次样本均衡混池上机；测序深度要求：临床阳性样本平均测序深度≥500×；污水混合样本宏基因组测序深度≥2000×，保证低频突变检出；测序周期时限：常规样本实验室接收后48小时内完成测序、基因组组装；境外输入可疑新型毒株、聚集疫情样本24小时加急出测序原始数据。3.4生物信息学分析技术流程数据质控：过滤低质量reads、去除宿主人类基因组序列、剔除引物污染序列；基因组拼接：参考Wuhan-Hu-1原始标准株序列进行序列比对，生成完整consensus基因组；序列覆盖度＜90%判定为测序失败，需重新上机；谱系分型：使用Pangolinv5.0、Nextclade最新版本进行进化分支判定，同步标注全部氨基酸突变位点；突变注释：自动识别S蛋白受体结合域（RBD）、N端结构域（NTD）关键突变，标记已知免疫逃逸突变、膜融合增强突变、重组断点；重组毒株筛查：调用RDP5软件全基因组扫描，检出重组断点即判定潜在重组变异株，纳入高风险清单；数据归档：原始测序fastq文件、拼接基因组、突变表格、系统发育树统一归档存储，保存期限不少于5年。3.5变异株分类判定标准（同步WHOTAG-VE2026分类规则）VOC关切变异株：具备显著免疫逃逸、传播力大幅提升、重症致死风险升高、现有疫苗/抗病毒药物疗效下降任一特征，如全球持续流行的JN系列重组毒株、新型XBB亚系；一经本土检出立即触发一级预警；VOI需关注变异株：出现新增关键突变，存在潜在逃逸风险，全球局部区域流行，暂无明确重症上升证据；检出后启动二级预警，加密监测采样；VUM监测变异株：仅少量氨基酸突变，生物学特性无明显改变，流行占比持续走低，常规常态化监测，不触发专项预警；新型未知毒株：未在GISAID、NCBI数据库收录，全新进化分支、大量独特突变，直接启动国家级应急评估。第四章多维度风险评估与四级预警分级技术标准4.1风险评估核心指标体系每次监测信号触发后，专家组从6大维度量化评分（总分0~100分），分数对应预警等级：病毒基因组特征（30分）：S蛋白RBD/NTD突变数量、已知免疫逃逸突变、重组断点、突变进化速度；传播流行特征（20分）：毒株检出增速、一周内跨区县扩散数量、污水病毒载量上升幅度、聚集疫情发生频次；临床致病特征（20分）：重症/危重症比例、住院率、60岁以上人群病死率、基础病人群感染后病情进展速度；免疫逃逸能力（15分）：现有疫苗中和抗体下降幅度、既往感染人群二次感染比例、单抗药物抑制效果；输入扩散风险（10分）：境外该毒株流行占比、入境检出频次、跨境人员流动规模；人群易感底数（5分）：本地全程疫苗接种覆盖率、加强针接种比例。4.2四级预警阈值、判定条件、发布规范一级预警（红色，极高风险，总分≥80分）触发条件（满足任意1条）本土首次检出WHO定义VOC关切变异株；检出全新未知重组毒株，携带多重免疫逃逸突变，2周内社区流行占比快速增长超50%；新型变异株引发多起跨区域聚集疫情，重症病例显著上升，现有疫苗保护力下降超50%；境外高致病性VOC毒株大批量入境，口岸一周检出≥10例同分支毒株。技术处置要求：国家疾控同步介入，全省全域加密测序监测，所有阳性样本100%测序；开展毒株中和试验、动物致病性评估；发布全国风险提示，强化口岸入境管控、重点场所防护；每日专家会商，动态更新防控建议。二级预警（橙色，高风险，60≤总分＜80分）触发条件本土检出VOI关注变异株，且1周内不同区县检出≥5例同一分支；污水监测连续2次检出新型突变株，社区发热门诊就诊量连续3天增幅超30%；同一新型亚分支引发3起及以上重点场所聚集性疫情；境外VOI毒株持续输入，存在社区隐匿传播风险。技术处置要求：地市级全域提升测序样本量50%；扩大污水监测点位与频次；医疗机构强化重症病例筛查；每周开展专家风险研判，向辖区联防联控机制推送专项防控技术方案。三级预警（黄色，中风险，40≤总分＜60分）触发条件口岸零星检出境外新型VUM变异株，无本土关联病例；本地流行毒株分支发生更替，原有优势株占比快速下降，新毒株逐步上升；污水病毒载量持续升高，但未检出高风险突变；单一区县出现1~2起小型聚集性疫情，毒株为已知低风险变异株。技术处置要求：维持常态化监测采样标准，适当增加哨点医院测序比例；加强基层医务人员变异株识别培训；持续跟踪毒株流行占比变化，每3天开展简易风险研判。四级预警（蓝色，低风险，总分＜40分）触发条件仅检出常规VUM监测变异株，流行趋势平稳，无重症增多、无聚集疫情、污水病毒载量维持低位；仅作为常规监测提示，不启动专项强化措施，维持日常监测流程。4.3预警信息报送与发布时限一级/二级预警：实验室确认变异株分型、专家组完成风险评估后2小时内上报同级联防联控机制、上级疾控中心；国家级VOC毒株同步直报国家疾控局监测预警司；三级预警：24小时内完成内部通报，抄送辖区医疗机构、教育、海关、社区管理部门；四级预警：纳入每周常规监测报告统一汇总，无需即时专项通报；预警解除：连续2周监测未检出对应高风险毒株、流行指标回落至基线水平，专家组评估后下发预警解除通知。第五章变异株溯源与现场应急处置技术规范5.1基因组流行病学溯源技术流程当预警触发后，同步开展分子溯源，技术步骤如下：序列同源性比对：将本土毒株序列与口岸入境毒株、全国GISAID数据库、本地历史毒株序列比对，计算序列相似度；相似度＞99.9%判定存在传播关联；系统发育树构建：使用UShER、Nextstrain构建本地毒株进化树，明确输入源头、传播链条、代际传播关系；传播链条判定：结合病例旅居史、密接关系、活动轨迹，匹配基因组同源证据，区分境外输入单点传入、本地社区扩散、多源头并行输入；溯源报告输出：48小时内完成《变异株基因溯源分析报告》，包含突变特征、进化树图谱、传播链条、潜在扩散风险研判。5.2不同场景应急处置技术要点5.2.1口岸输入新型变异株处置对阳性入境人员实施闭环转运隔离，所有同航班/同车厢密接人员开展核酸筛查；交通工具、口岸通道环境全面采样消毒，环境样本测序排查污染；向目的地疾控发送协查函，追踪隔离期满后流动人员健康监测。5.2.2本土社区检出VOC毒株处置立即开展全域发热门诊基线调查，统计ILI、SARI就诊量变化；扩大污水监测范围，加密采样频次，判断社区传播范围；学校、养老机构、商超密闭场所强化通风、抗原筛查、健康监测；基层医疗机构储备适配变异株检测试剂、抗病毒药物，优化重症救治流程。5.2.3聚集性疫情变异株处置全部病例、密接、次密接样本测序，锁定初代传播病例；场所终末消毒，环境物表采样评估病毒残留；划定风险管控区域，根据基因组传播链条动态调整管控范围；连续7天无新增阳性、污水未检出对应毒株，方可解除重点场所强化监测。第六章数据管理、序列上报与智慧化监测平台操作6.1监测数据标准化采集规范所有监测数据统一录入全国新冠病毒变异监测智慧平台，采集数据分为两类：样本元数据：采样信息、病例临床信息、疫苗史、流行病学轨迹、Ct值、样本类型；基因组数据：完整基因组序列、突变位点清单、谱系分型、测序深度、质控指标、风险评分、预警等级。数据录入实行“谁采样、谁录入；谁测序、谁复核”责任制，确保元数据与基因组序列一一对应，无错配、缺失。6.2序列上报时限与数据库规范国内平台：测序完成、基因组质控合格后24小时内上传国家疾控新冠基因组数据库；国际共享数据库（GISAID）：省级疾控统一汇总辖区序列，每周批量上传，新发VOC毒株48小时内即时上传；数据保密要求：患者个人身份敏感信息脱敏处理，仅上传流行病学、临床汇总信息，杜绝隐私泄露；数据留存：所有测序原始数据、监测报表本地备份5年以上，满足溯源、复盘、科研调取需求。6.32026智慧化多点触发监测平台应用依托全国传染病智慧预警系统，落实自动化监测功能：自动信号抓取：实时抓取发热门诊就诊数据、核酸阳性数据、污水病毒载量数据、S基因靶标缺失样本信号，异常指标自动弹窗预警；变异株自动分型：上传基因组序列后平台自动调用Pangolin工具完成谱系判定，自动标记高风险突变；风险评分自动计算：内置四级预警评分模型，自动生成初步风险等级，供专家复核；跨部门数据互通：平台对接医院HIS系统、海关检疫系统、污水环境监测系统，打破数据孤岛，实现多源信息联动研判；月度自动报表生成：一键导出辖区测序完成率、变异株流行占比、预警处置台账，用于工作督导考核。第七章实验室生物安全、质量控制与物资保障7.1分级生物安全操作要求临床阳性样本核酸提取、文库构建操作在BSL-2生物安全柜内完成；VOC毒株病毒分离、活病毒中和实验必须在BSL-3实验室开展；实验废弃物：扩增产物、污水浓缩残渣、拭子样本全部高压灭菌处理，医疗废物分类转运处置；实验室人员全程二级防护（N95口罩、护目镜、一次性防护服、双层手套），实验结束严格手卫生、环境消杀。7.2全流程质量控制体系室内质控：每批次核酸提取、PCR、测序设置阳性质控、阴性空白，监控污染、扩增失效；每月使用国家疾控下发标准盲样开展测序考核；室间质评：省级实验室每年参与2次全国基因组测序能力比对，地市级实验室每年1次省级盲样考核，考核不合格暂停测序资质，限期整改；样本质控：建立样本入库、出库、销毁台账，定期盘点超低温冰箱备份样本，杜绝样本丢失、降解；人员质控：测序、生物信息分析人员持证上岗，每年不少于16学时专项技术培训，考核合格方可独立操作。7.32026年度物资储备标准采样物资：病毒保存拭子、采样转运箱、冷链冰排，储备量满足辖区2个月满负荷采样需求；实验室试剂：RT-qPCR试剂盒、核酸提取磁珠、高通量测序文库试剂盒、污水浓缩试剂，同步储备2种不同品牌试剂，防止断供；仪器设备：全自动核酸提取仪、二代测序仪、-80℃超低温冰箱、数字PCR仪、污水自动采样器，定期校准维护，配备备用设备；应急储备：针对VOC毒株应急测序试剂盒、干冰转运耗材、个人三级生物安全防护装备，单独存放，随时可调取。第八章人员培训、督导考核与工作复盘8.1分层分类年度培训计划基层医疗机构人员（每年2次线下培训）：样