呼吸道感染病原体分级检测策略与分层应用专家共识总结2026

病、免疫状态、区域流行病学特征及抗微生物药物暴露史等多重因素影响[1]。传统微生物学检验(涂片、培养、鉴定及体外药敏试验)是低等局限[2];免疫学检测操作简便，但其诊断效能受感染窗口期及分析灵敏度制约[3]。近年来，以PCR为核心的核酸扩增检测(nucleicacidamplificationtest,NAAT)及高通量测序等分子诊断技术逐步应用于临床，其中以小型化、集成化设备为载体的核酸即时检验 (point-of-caretesting,POCT)作为NAAT在床旁及基层场景的实现形式，在缩短检验周转时间(turnaroundtime,TAT)、提高病原检出率及支持目标性抗感染治疗等方面具有一定优势[4,5]。居家抗原专业采样导致假阴性、自测结果难以与院内诊疗体系衔接等新问题[6,[8,9],亟需在临床实践中规范检测域专家，结合国内外近年研究进展及相关指南和共识[4,8,10,11,12,13,14,15,16,17],兼顾我国医疗机构实际检验能力和区域本共识的制定遵循中华医学会制订/修订指南的基本方法及程序以及国际(一)共识使用者与目标人群本共识主要面向呼吸与危重症医病科、急诊科、重症医学科、儿科、检验科及医院感染管理染病学、儿科学、医院感染管理等多学科专家组成。编写组设牵头专家3序的临床定位；(2)不同层级医疗机构的检测能力建设与转诊协同；(3)不同临床场景下的检测路径；(4)质量与生物安全管理。国知网、万方数据知识服务平台，检索时限为2019年1月至2026年2“moleculardiagnostics”“multiplexPCR”“syndromicpaneltesting”“metagenomicnext-generationsequencing/mNGS”等及(五)证据评价、推荐意见形成与共识达成1.证据质量评价与推荐强度ofRecommendationsAssessment,DevelopmentandEvaluation,异度、预测值等诊断效能指标，以及检测结果对患者重要临床结局(如抗中、低、极低4级，推荐强度分为强推荐与条件推荐2级，证据等级与推荐强度分级标准见表1。据质量相对应；依据GRADE方法学，在部分特定情形下(如高质量证据难以获取、但及时干预可能挽救生命的危急临床情况),即便证据等级较低，专家组在充分权衡上述因素后仍可形成强推组通过4轮线上/线下会议充分讨论与修订。采用改良德尔菲法对推荐意见逐条投票，单条推荐意见获80%及以上专家同意即达成共识；赞同率低于80%的意见，经专家组充分讨论并修改后再次投票，若最终轮投票赞同率仍低于80%,则不纳入本共识。各类检测技术的特点及主要临床定位见表2。基于卫生经济学与临床获益原则，本共识以常规微生物学检测为基础tNGS)和宏基因组高通量测序(metagenomicnext-generationsequencing,mNGS)作为高阶手段，提出阶梯式病原学检测路径。在启动检测路径及升级检测前，应注意鉴别、排查非感染性病因(肺水肿、肺栓塞、间质性肺病、药物性肺损伤等)。临床选用时应综合考量病情严重程度、宿主免疫状态、标本类型、送检时(一)传统微生物学与免疫学检测的临床定位传统微生物学检测是RTI病据，血培养则是识别RTI合并血流感染，尤其是重症社区获得性肺炎 的关键手段[10,32]。分子诊断技术在快速识别病原、筛查耐药基因方面具有优势，但尚不能覆盖全部表型耐药机制，不能替代表型药敏试验[29]。标本质量与采集时效影响病原学诊断的可靠性。治疗启动前规范留取并及时送检[8,17]。对于疑似下呼吸道感染 (bronchoalveolarlavagefluid,BALF),对不能耐受支气管镜检查者，后方可纳入临床解读[8,17,32]。推荐意见1对拟住院治疗并准备启动经验性抗感染治疗的RTI患者，尤呼吸机相关性肺炎(ventilator-associatedpneumonia,VAP)患者及免疫功能低下患者(immunocompromisedhost,ICH),建议在经验性抗感染治疗前留取合格的下呼吸道标本进行病原学检测，首选BALF,对并血流感染者，应同步规范采集血培养(经不同部位独立静脉穿刺，至少2套)(证据等级：高；推荐强度：强推荐)。免疫学检测中，抗原检测/居家自测可用于RTI流行季的快速筛查及公众自我健康管理，但阴性结果不能排除感染[7,13]。呼吸道病原体特异性抗体不宜作为急性期病原学诊断的首选程的检出时相上具有互补性[3,13,19]。对呼吸道病毒等急白M/免疫球蛋白G滴度则多显著升高[3],二者联合应用有助于覆盖不同感染阶段，提高确诊率；对于肺炎支断标准明确的非典型病原体，急性期与恢复期双份血清抗体滴度≥4倍具有诊断意义，颗粒凝集法单份血清抗体滴度≥1:160可作为肺炎支原体推荐意见2RTI病原学诊断方法的选择应结合临床场景、检测可及性。具备条件的医疗机构优先采用核酸检测；当不具备核酸检测条件时，流行季可用抗原检测进行快速筛查，阳性具有诊断参考价值，阴性结果不能排除感染；抗原阴性但临床高度怀疑感染者，应行核酸检测复核；无法立即送检时建议在24~48h内完成(证据等级：高；推荐强度：强推荐意见3呼吸道病原体特异性抗体检测反映宿主免疫应答，受感染窗口以覆盖感染病程不同阶段；对肺炎支原体、肺炎衣原体等非典型病原体，急性期与恢复期双份血清抗体滴度≥4倍升高具有诊断意义，其中颗粒凝集法单份血清抗体滴度≥1:160可作为肺炎支原体近期感染的判定标准 (二)核酸检测结果的合理解读循环阈值(cyclethreshold,Ct)仅能反映特定试剂、仪器及标本中的相对核酸水平，受采样质量(尤其是呼吸道标本的非均一性)、提取效率、靶标设计及扩增效率等多因素影响。低Ct值在流行季可作为传染性评估的参考之一；高Ct值或调整治疗方案的单一依据[20]。Ct值在以下限定条件下可作为临床辅助参考：(1)灰区结果的复核判定；(2)多病原共检出时同一标本内各靶标的相对解释；(3)同一个体在同源条件(同一实验室、检测系统、助参考：(1)灰区结果的复核判定；(2)多病原共检出时同一标本内各靶标的相对解释；(3)同一个体在同源条件(同一实验室、检测系统、标本并与临床表现相符(证据等级：低；推荐强度：条件推荐)。(三)快速分子检测与多重PCR的应用时机但不恰当扩大适用对象将增加成本和误用风险[5,24,34,35,推荐意见5发热门诊、急诊及重症监护室(intensivecareunit,ICU)等对TAT要求高，建议优先部署核酸POCT或快速一体化分子检测，以实现快速病原诊断，支持早期关键医疗决策(证据等级：高；推荐强度：推荐意见6对SCAP、HAP/VAP及经验治疗效果不佳者，建议优先采用多重PCR/症候群组合进行病原检测，以覆盖常见病原体和耐药基因，减少重复送检或无序叠加单项核酸检测。检测(四)高通量测序技术的阶梯式应用多数常见RTI可通过常规NAAT或多较长、临床解读复杂等局限，不适用于门急诊轻症患者的常规病原筛查。对常规治疗反应不佳的下呼吸道感染患者或常规检测阴性但临床仍高度怀疑感染者，在重新评估标本质量、病程阶段后，可按“常规NAAT-多重PCR-tNGS/mNGS”的路径逐步扩展病原覆怀疑罕见、混合感染，可跨越阶梯限制早期启用tNGS或mNGS[37,38,39],以缩短诊断时间窗并提高疑难病原体检出率。推荐意见7tNGS/mNGS不适用于门急诊轻症常规筛查；对常规治疗反应不佳或常规检测阴性但临床高度怀疑感染者，经标本质量、病程阶段、宿主风险及非感染性病因综合评估后，按“常规NAAT-多重PCR-tNGS/mNGS”的路径升级检测；对急危重症患者或ICH,若病情进展较快或高度怀疑罕见、混合感染，可跨越阶梯限制早期启用(五)特定疾病检测路径与高通量测序的应用定位疑似侵袭性肺真菌病时，应结合涂片、培养、半乳甘露聚糖 (galactomannan,GM)试验、1,3-β-D-葡聚糖(1,3-β-d-glucan,G)试验、隐球菌荚膜抗原、真菌PCR(必要时)及影像学综合判断[41]。二者均不宜仅凭单次呼吸道症候群组合检测或高通量测序结果作为确诊或排除的最终依据[8,42]。推荐意见8疑似肺结核、侵袭性肺曲霉病等特定病原感染时，应优先遵循标志物、病理或临床标准交叉验证，不宜替代特定疾病诊断标准(证据等(一)各级医疗机构检测能力建设与功能定位按疾病诊断相关分组 承担相应的感染评估任务，形成上下联动的区1.居家与基层医疗卫生机构(初筛与分流):基层医疗卫生机构以早期识别和转诊分流为主要职能，项目设置应以低成本、能即时影响分流决策、检测。建议常规开展血常规、C反应蛋白(步鉴别感染类型[7,43,44];有条件的机构可开展核酸POCT,并纳入实验室质量管理体系统一管理[25,45]。2.二级综合医院(规范诊疗与医院感染控制):以住院患者规范化感染评估为重点。应加强传统微生物学检测、常规分子诊断能力建设[10,14,32]。临床应规范执行经验性抗感染治疗前病原学送检要求[46],结合降钙素原(procalcitonin,PCT)等生物标志物动态监测[47],提高用药前送检率和抗感染治疗合理性。对疑难复杂感染病例的tNGS/mNGS等高阶检测，应建立规范的样本外送与结果回溯机3.三级综合医院与区域医疗中心(疑难危重症救治与技术支撑):以疑难危重症、ICH感染救治及新发突发病原体检测为重点。应建立涵盖多重PCR、tNGS、mNGS、耐药基因检测及疑平台，严格执行指征管理，并结合细胞因子及病原特异性免疫功能监测，评估宿主与病原相互作用状态[8]。应建立常态化多学科诊疗(multidisciplinaryteam,MDT)机制，指导复杂检时为基层及二级医院提供样本代检、技术培训和质控支持[48]。推荐意见9基层医疗卫生机构应具备血常规、CRP等基础检验及抗原初前病原学送检要求；三级医院应建立涵盖多重PCR及高通量分子诊断、疑难病原鉴定及宿主免疫评估的综合检测平台，常态化开展MDT,发挥合理设置检测项目，以指征为导向，避免高复叠加(证据等级：低；推荐强度：强推荐)。释义：本条推荐意见以医疗政策导向与实践经验较低，但其对保障各级机构基本检测能力、优(二)不同临床场景与疾病严重程度下的病原学分层应用路径1.门急诊流感样病例(influenza-likeillness,ILI)的检测策略：门急诊ILI的检测扩展应以“是否影响即时处置”为核心判断标准，遵循两项原则：(1)检测结果能在就诊当次直接影响分诊隔离或抗病毒用药决策[49],否则无需扩展；(2)老年人(≥65岁)、高危儿童(早产儿、6月龄以下婴儿、有基础疾病或免疫缺陷者)、合并慢性基础疾病者、孕产妇及拟住院患者，因病情进展风险较高，检测指征可酌情放宽[6]。对于免疫击。儿童是RTI的主要人群，常见病原以呼吸道病毒为主(如呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、腺病毒、流感病毒等),多可经上述抗原检测、多重确的用药指导价值，契合以“是否影响即时处置”为核心的检测扩展原推荐意见10处于流行季且检测结果将直接影响分诊隔离或早期抗病原体治疗决策的门急诊ILI患者，建议优先采用针对核心流行病原体的核酸暴露史，不建议常规开展广谱多病原体联检；对于老年人(≥65岁)、高情放宽多重PCR等使用指征(证据等级：低；推荐强度：条件推荐)。2.社区获得性肺炎(community-acquiredpneumonia,CAP)住院规范、基线化”,要点如下：(1)按推荐意见1规范留取合格标本，并将标本采集纳入入院当日及时医嘱，避免延误首份基线标本的送检。(2)经验性抗感染治疗后48~72h是关键的临床再评估窗口。若症状无改善或影像学进展，应按推荐意见7的评估排查和阶梯路径升级检测。但高通量测序结果阴性不能作为排除感染的充分依据，需结合临床综合判断。(3)SCAP患者病情危重、进展较快，传统阶梯检测可能延误目标性治疗，应在临床疑诊后尽早留取下呼吸道标本同步进行传统微生物学检测、多重PCR与tNGS/mNGS[11,31,36,50],同步送检血培养，推荐意见11CAP住院患者入院24h内完成经验性抗感染治疗前的基线病原学评估；经验性抗感染治疗48~72h后疗效欠佳或病情进展者，按推荐意见7的评估排查和阶梯路径升级检测。SCAP患者应在合格下呼吸道标本规范微生物学检测的同时，早期同步加做多重PCR与tNGS/mNGS,并送检血培养(证据等级：中；推荐强度：强推荐)。3.HAP/VAP的病原学评估：HAP、VAP患者病原谱以多重耐药菌 略，早期同步开展针对MDRO的多重PCR检测，重点关注产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌、非发酵革兰阴性杆菌(鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌)及金黄色葡萄球菌等的相对丰度及关键耐药基因(如blaNDM、blaKPC、mecA等)检出情况。多重PCR等分子检测可在数小时内报告耐药基因，与传统表型药敏试验存在2~3d的时间差[29],鉴于关键耐药基因检出对表型耐药具有较高的阳性预测价值[18,51],故在表型药敏结果出具前，若合格下呼吸道标本的分子的依据，并根据具体酶型/耐药基因选择对应方案，以缩短有效治疗的时间[18,36];但由于基因型耐药与表型耐药存在不一致性，不宜仅凭分子检测阴性结果降阶使用或停用关键抗菌药规范的表型药敏试验结果为准[18,29,51]。分子耐药基因报告应结合标本质量、病原相对丰度及定植与感染鉴别进行综合解读[8]。若耐药基因结果与临床表现或表型药敏不符病情持续恶化者，建议经MDT综合评估感染与定植风险后，审慎启动推荐意见12HAP/VAP患者应在合格下呼吸道标本规范微生物学检测的同时，早期同步加做针对MDRO及关键耐药基因的多重PCR检测；在表型药敏结果出具前，若分子检测提示与临床高度相关的MDRO关键耐药基因(如blaKPC、blaNDM、mecA等)强阳性，可据具体酶型/耐药基结果为准；未能明确病原且病情持续恶化者，经MDT评估定植与感染风险后审慎启动mNGS(证据等级：中；推荐强度：强4.ICH合并RTI的病原学评估：ICH包括但不他免疫抑制剂患者、先天性免疫缺陷患者、人者等[53]。ICH合并RTI的病原学评估需有别于普通患者致漏诊与诊疗延误，故应在发病初期即按推荐意见7“跨越阶梯”原则采BALFmNGS是ICH合并RTI广谱筛查的首选手段，但在免疫功能低下学特征[50,54],采用特异性实时荧光定量PCR(quantitativereal-timepolymerasechainreaction,qPCR)或组织病理学结果进行毒(Epstein-Barrvirus,EBV)等，应结合血浆病毒DNA载量动态监测与组织病理学结果鉴别潜伏感染再激活、病毒血症与组织侵袭性感染；(3)当存在血行播散高危因素或因临床条件受限(如血小板重度减低)无法获取合格下呼吸道标本时，可加做外周血mNGS,优先采用血浆游离diaminetetraaceticacid,EDTA)抗凝管(采集量根据实验室及测序平台要求确定，一般为5~10ml)或专用游离核酸保存管；EDTA抗凝者宜于采集后4~6h内经两步离心去除细胞及碎屑分离血浆，避免溶血与白细胞裂解释放基因组DNA;不能及时检测时将血浆暂存于-80℃[55,血细胞层一同检测[57]。外周血mNGS的灵敏度受循环病原体载量和高宿主背景影响，诊断价值不及BALFmNGS,应结合血清学标志物综推荐意见13ICH合并RTI时建议早期开展广谱病原学筛查，优先推荐染时，可加做外周血血浆cfDNAmNGS,与血培养同步采集、规范处理 (EDTA或专用游离核酸保存管，及时分离血浆，必要时-80℃暂存)以降低假阴性；但其敏感度低于BALFmNGS,且对胞内及颗粒性病原体可 (如耶氏肺孢子菌、曲霉菌等)应结合临床、影像学及特异性qPCR等进病毒DNA载量动态监测与组织病理学结果，鉴别潜伏感染再激活与侵袭性感染(证据等级：低；推荐强度：强推荐)。但ICH合并RTI起病隐匿、进展迅速，机会性及混合感染多见，病死率据受伦理与可行性所限难以获取；鉴于早期明确差异化策略。各场景下的病原学检测路径见图1。图1不同临床场景下RTI病原学检测路径图(一)分级检测体系下的实验室信息化与临床决策支持实验室信息系统优化是RTI病原体分级检测体系实施的重要基础。医疗机构应检测局限性说明及定植/致病可能性判别，为跨层级结果互认提供数据基础[58]。医疗机构如委托院外检测机构开展mNGS、tNGS等复杂病原检测项目、协助病原结果标准化解读[23,59];可探索适配RTI病原的人工智能(artificialintelligence,AI)辅助判读工具，建立推荐意见14建议医疗机构根据RTI病原体分级检测需求优化实验室信息检测项目合理选择、病原结果标准化解读及危急值预警衔接(证据等级：NationalAccreditationServiceforConformityAssessment,CNAS)疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》、GB/T39367-2025及质控并参加室间质评。传统微生物学方法应规范执行标本合格性评估(如下呼吸道标本细胞学评价)、涂片镜检与培养的标准化操作、药敏试照，并建立本地化的背景微生物基线库及严格的数据库版本控制[63]。学比对等，并确保检测结果接入医院信息系统[25]。NGS检测结果宜采用分级报告模式[60],依据检出序列数、相对丰控参数[8,42]。检验人员应积极参与MDT,对复杂报告(如传数未达报出阈值但临床高度怀疑),结合临床表型协助综合判读，必要时启动针对性的延伸检测[8,16]。3.生物安全：呼吸道感染性样本的常规检测应在符合生物安全二级(biosafetylevel2,BSL-2)暴露风险实施分级防护：涉及标本前处理、手放式加样等易产生气溶胶的环节，应在Ⅱ级生范使用个人防护装备；感染性医疗废物(含POCT废弃卡盒、试剂条等)均须按规处置[64]。疑似高致病性病原体(如结核分枝杆菌复合群等)的操作须严格依据国家相关法规及风险评估，在相应等级的生物安全推荐意见15医疗机构应建立RTI病原学检测的全流程质量管理体系，确保检测系统经过性能验证或确认且处于受控统一质量管理；病原学报告应兼顾规范性与临床可读性；NGS检测宜采用分级报告并附关键质控参数；检验人员应积极参与MDT,对传统方法型协助判读，必要时延伸检测(证据等级：中；推荐强度：强推荐)。推荐意见16呼吸道感染性样本的常规检测应在BSL-2要求的实验室开物安