关联分析相关软件演示.pptx

1、DEMOofrelatedsoftwareinassociationanalysis,张学海xuehai852010.5.18,Relatedsoftware,PowermarkerStructure2.2SPAGeDiTASSEL2.0,Moreinformation,PowermarkerStructure2.2/software/structure22/SPAGeDihttp:/www.ulb.be/sciences/ecoevol/spagedi.htmlTASSEL2.0,SSR带型记录,第一种读带方式：以0、1统计，相同迁移

2、率位置上，有带记为1，无带记为0。适合于NTSYS，powermarker等软件第二种读带方式：,FileformatofPowermarker,材料名称或编号,群体类型,引物名称,标记基因型，中间用“/”隔开，缺样用？/？表示。,演示,FileformatofStructure,STRUCTRE软件原理,应用STRUCTRE软件（Pritchard2000），是对群体进行基于数学模型的类群划分，并计算材料相应的Q值（第i材料其基因组变异源于第k群体的概率）。分析的大致理念是，首先假定样本存在K个等位变异频率特征类型数（即服从Hardy-Weinberger平衡的亚群，这里K可以是未知的），每

3、一类群标记位点由一套等位变异频率表征，将样本中各材料归到(或然率用Bayesian方法估计)第k个亚群，使得该亚群群体内位点频率都遵循同一个Hardy-Weinberg平衡。,structure,Createanewproject1)Projectinformation2)Informationofinputdataset3)FormatofinputdatasetSetupparametersResults,演示,K值确定,L(K)=L(K)L(K1)|L(K)|=|L(K+1)L(K)|K=m|L(K)|/sL(K)K=m(|L(K+1)2L(K)+L(K1)|)/sL(K)注：sL(K)

4、为标准差，K值确定方法具体请参考原文献：G.EVANNO,S.REGNAUTandJ.GOUDET，DetectingthenumberofclustersofindividualsusingthesoftwareSTRUCTURE:asimulationstudyJ.MolecularEcology,2005,14,26112620.,Distruct-柱形图绘制,参见distruct软件包，将文中的相应部分替换为自己的相应数据即可。,FileformatofSPAGeDi,群体大小,标记数目,亚群数目,二倍体,用于定位基因型的最大字符数,空间坐标,参数选择及结果处理,spagedi参数选择

5、问题：第一步：1kinshipcoefficient第二步：4Jackkniefoverloci第三步：3Reportmatriceswithpairwisespatialdistancesandgeneticcoefficients第四步：3mutilocusestimates生成的结果需做如下处理：将生成的txt文件用excel打开，然后将矩阵数据部分复制到一excel中，对于小于0的数据用0代替，对角线上的空着的用1代替，最后对整个矩阵乘以2即可，此时可用于tassel分析。演示,FileformatofTassel,GenotypicdataPhenotypicdataPopulati

6、onstructuredataKinshipdata,Genotypicdata,Phenotypicdata,Populationstructure,OutputfilefromStructure,Kinship,OutputfilefromSpageDi,TASSEL,演示,软件使用中需注意问题,1、powermarker算出后为何不显示聚类图？需要安装MEGAV4.0分子进化遗传分析软件2、STRUCTURE为何都是按正常操作进行却不能运行？重新加载工程即可，勿须重新建立工程3、TASSLE软件无法启动！？TASSLEneedjava1.5,软件使用中需注意问题,4、标记分析时需注意那些问题？a：allelicsize，b：needCK5、多少标记估计群体结构（Q）及kinship（K）合适？ForQ，1000singlenucleotidepolymorphismsor100simplesequencerepeatsformaize.ForK(aminimumofseveralhundredSNPsspreadoverthewholegenomeisrecommended.6、缺失数据如何表示？TASSLE：Fortraitdataandpopulationstructure,use“-999”formissingForSNPdata,use“N”.ForSSRda