11微生物的分类.ppt

1、第11章微生物的分类和鉴定，第1节微生物的分类单位第2节微生物的命名第3节微生物的分类标准和方法第4节微生物的生物地位第5节各主要微生物的分类体系概述，微生物分类：根据M的亲缘关系相似性，将M分类为分类单位或分类群(taxon)，反映M进化的自然分类系统、鉴定用检索表和任务：分类(根据生理生化特征、生态特征、免疫特性、遗传特征等。通过搜索表或鉴定手册依次确认属于什么目的、科、属、种。最后，与牙齿类型的模式种类比较并命名。第一节微生物的分类单位，微生物的分类单位也是种。微生物种表现出高度相似性，亲缘关系非常接近，与其他种有明显差异的一群菌株的总称。在具体分类时，指定代表牙齿种族的模式菌株或典型菌

2、株(type stain)作为其模式物种。一个或多个分类单位2种以下的分类单位，子种(Subspecies，subsp，ssp)。)变种(var)类型(form)菌株群、群、系、种、类型、群、株、培养物、亚种、亚种(Subspecies)是一种更精细的单位，一般指哪一种，如金黄色葡萄球菌的厌氧亚种金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureas subsp)。anaerobius变种(Variety，var .) (一般被认为是亚种的同义词，但现在不主张使用)例如：蜡样孢子菌的荧光变种bacille型(用作变种的同义词，现在被废除，仅用作几个茄子变形型后缀)。)示例：生物病毒(bio

3、var)、莫波娃(morphovar)、发病变异型(pathovar)、噬菌体变异型(phagevar)血清变异型(serovar)等。应变(strain)，又称品系：一个菌株是指来自单细胞繁殖的克隆或无性生殖系统的M或M组。菌株，菌株是一个种内基因多态性的客观反应，几乎无数。菌株强调基因型，一旦菌株突变，遗传重组，就要标记新菌株的名称。菌株和克隆(即无性生殖系统)的概念是相同的。同一种类作为分类鉴定的主要性质相同，但用于非鉴定的“小”性质可能有很大的不同。(如生化、代谢产物、产量)菌株的名字都放在学名之后(见后面)，可以按字母、符号、编号、混合形式随意决定。部分菌株，大肠杆菌K12大肠杆菌K

4、12株e. coli o-157: H7致病性大肠杆菌(o，H表示抗原特征)大肠杆菌B大肠杆菌B菌株B . 31 . 33自然界中每个物种的存在都有一个空间结构，在分散、离散的居住区或分布区内徐璐形成其他集体单位。这些集体单位包括：(注：、)，第二节微生物的命名，俗名(common name，vernacular name)是通俗的名字，简洁易懂，但其含义往往不准确，对使用范围和地区等有限制。(地区)学名M的科学名称是根据国际M分类委员会制定的法则命名的。由拉丁语、希腊语和拉丁化的外来语组成。(国际统一使用)，一，双名法，属于名种的假名(第一个正名)现命名命名命名名称年(必要时用斜体造) (可

5、省略，全部用正体造)，每个M的学名由两个拉丁字母、希腊字母或拉丁化的其他字母组成，俗名是名词(物种名称需要斜体。)俗名规定了M的主要特征(如形态特征、生理特征、科学家的名字等)，宗名补充了M的次要特征(如颜色、形状、用途等)。附加部分：命名者的姓：宗名后一般可以节省。改名：第一次名字(加括号)，现在知名人士，命名年份新种：学名后是sp.nov例如：methanobacterium espanolae sp.nov . espanora甲烷菌新种。难以确定宗名时，通常用sp或spp表示。其中sp。一个，spp。表示多种。示例：Methanobrevibacter sp。甲氧基甲烷杆菌Methan

6、obrevibacter spp。几种茄子甲烷菌，用2，3人法命名亚种，宗名subsp。亚种的附加部分例如：fus bacterium net，第3节微生物的分类依据和方法，M的分类标准：形态特征、生理生化特征、生态特征、抗原特征、遗传特征、化学分类特征等。1，常规分类，形态特征个人形态特征群体形态特征(培养特征)太潘氏菌群落特征液体培养特征生理生化特性对营养或生长气质的要求。代谢反应抗逆性：对phage、抗生素、染料、化学药品等抗M因子的反应。生态特征：包括M的自然环境和M生活相关的环境因素。氧气；氧气。温度；温度。ph；盐度与其他生物的相互关系。抗原特征(即免疫关系)免疫分类识别中使用的抗

7、原主要是表面抗原、菌体抗原和菌毛抗原。二、遗传特征分类、DNA(G C)mol%值核酸杂交rRNA寡核苷酸分类目录微生物全基因组序列测定(自学P363)、DNA (G C)mol%值、测定方法：Tm法；低于2%则没有意义)(G C)如果mol%值差异超过10%(G C)请注意，mol%值差异越远，亲缘关系就越远。亲缘关系密切的M必须接近(G C)mol%的值。相反，它能成立吗？核酸交配，1。定义：根据碱基互补配对原理，人工报复(即退火)两个徐璐不同来源的单链核酸，以制造新的杂合双链核酸的技术。DNADNA分子杂交；DNArRNA分子杂交；RRNArRNA分子杂交。3.以DNADNA分子杂交为例

8、，根据DNA分子解离链的可逆性和碱基对的特异性，对要测试的其他来源的DNA进行体外加热，解开链，在适当的条件下使互补的碱基重新配对，然后测定杂交率。(以同源%或碱基相似度%表示)。%量子间碱基序列的同源性(亲缘关系近)，(DNA-DNA杂交通常用于测定密切关系(种或种内)微生物之间的相似性)。DNA-rRNA分子杂交用于检查关系相对较远的微生物之间的相似性。)，说明：一般70种以上20种，rRNA过核苷酸分类目录，定义：通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA过核苷酸序列的同源性程度，确定徐璐其他生物之间的亲缘关系和进化谱系的方法。，1 .使用16SrRNA或18SrRNA进行分类的主要原因：

9、 (或注2P361)主要结构非常保守，但也有可变段，因此亲缘关系对于近和远的M分类很有用。分子量不大(如16SrRNA为1540核苷酸)，信息量大，易于分析。其他原因：起源古老，分布普遍，在各种M(尤其是细菌)的大范围内具有同等重要的功能，可以大量提取。2 .基本原理，用RNA酶水解rRNA可以产生一系列寡核苷酸片段，两个茄子或两个茄子微生物的亲缘关系越近，结果寡核苷酸片段的序列也越近，反之亦然。3 .实验方法(以16SrRNA为例):使用T1核糖核酸酶水解(以32P表示)16SrRNA获得了一系列长度不同的寡核苷酸片段。水解物的二维传记电泳。利用辐射自显影技术获取16SrRNA瓜核苷酸的指纹

10、。对6个核苷酸以上的过核苷酸进行序列分析，并根据长度对分析结果进行分类。最后，通过目录比较对偶(两个测量的M)之间的相似性，可以看出比较对偶之间的亲缘关系。类似的系数SAB表示。这是NABA，B大邱共享的奥利金的核苷酸数量。NA和NB是寡聚体的核苷酸总数。3，化学特征分类(自学P363364)全包水解物的糖型CW化学成分脂肪酸组成分枝杆菌酸磷脂多胺分析可溶性蛋白质频谱，4，数字分类，定义分类器为了避免分类器的主观偏见，将每个特性同等重要，并允许结果客观、明确、重复。(David aser，Northern Exposure(美国电视电视剧)，分类性质的相似性，选择相同分类单位或分类群的表观或表

11、征，选择数字分类节目分类单位和特性：一般操作分类单位(OTU)星形编码：通常是“”“”“”“”“”“”相似度系数计算：系统群集(或等级群集)群集结果表示法、数字分类结果表冠组或表源，第4节微生物在生物界的地位(注2P344340自学)，第1节，生物的阶级分类学说第2系系统第3系系统6系统第5系系统第5系系统第2，第3系力学学说及其发展，第5节各主要微生物的分类体系概述(自学349355)，第1节，德国Lehmann和nnes 7板块英语版是1927年)美国的伯杰氏情感细菌学手册(第一版是1923年以后继续再版) (伯杰氏分类系统)前苏联H.A.Kc(克拉西涅科夫)M.P.Starr等编写的原核

12、生物(1981年第一版，第二卷出版) 第八板块(1974年)；第九板块(1994年)伯吉斯系统细菌学手册(1984年)第一板块(2000年)第四卷第二板块(第五卷)。，第二，Ainsworth等细菌分类系统概述，G.W.Martin(1950年)R.H.Whittaker(1969年)g. C. ains worth (11969年)2。种类3。新品种2，问答1。微生物分类的具体任务是什么？2.学名是什么？双名法，什么是三人法？-嗯？第一，学习目的和要求微生物分类学负责对微生物进行分类、鉴定和命名的三项茄子任务。通过牙齿章节的学习，学生们应该学会掌握和命名几个茄子典型的微生物分类鉴定方法。记住几个茄子常见的微生物学名字。第二，重点内容微生物的分类单位(一般)识别器：了解微生物的种