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文档简介

1、生物信息学 -NCBI的使用,.,Blast 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。 Blast是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。,Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。 比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。,BLAST的用途,对于全新序列或已知序列: 寻找相似或同源序列，推测其结构特征（外显子、内含子、保守序列、非保

2、守序列、所处的家族等）及潜在的功能关系。,NCBI-BLAST的介绍,核苷酸-核苷酸序列比对,蛋白质-蛋白质序列比对,核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白质数据库中的序列比对,蛋白质序列-核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对,核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对,常用的Blast工具,在此进入蛋白质数据 库搜索P03958序列,开始,蛋白质-蛋白质序列比对,也可以选择tblastn,按照工作要求,直接选择 Blast方法,序列输入方式,第1个是”不能忘记！,序列信息描述,序列主体,选择搜索区域，这里我们要搜索整个序列，不填,填入序列（copypaste）Fasta格式，或者纯序列

3、,选择搜索数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。,选择BLAST程序,如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索,设置搜索的范围，选择特定物种，或者Entrez关键词,与核酸相关的数据库,与蛋白质相关的数据库,最多显示100条序列,E值上限10如果联配的统计显著性值(E 值)小于该值(10)，则该联配将被检出，换句话说，比较低的阀值将使搜索的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。,Word长度,打分矩阵，取默认,对打分矩阵的调整,详细参数设置,空位罚分,过滤简单重复序列,图形示意结果,检索结果,检索结果-匹配序列列表,目标序列描述部分,带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列,进入相应的genbank序列,物种来源,Gr

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