肿瘤登记软件canreg4 中文版培训讲义课件

肿瘤登记应用软件,天津医科大学附属肿瘤医院预防医学中心 王庆生,全国肿瘤登记中心，2010年11月，合肥,肿瘤登记常用软件,全国肿瘤登记中心推荐使用国际癌症研究中心(IARC)/国际癌症登记协会(IACR)编制的两款软件： 肿瘤登记软件CanReg4：用于登记资料的收集与简单分析 肿瘤登记工具软件IARCcrgTools：用于编码的转换与数据审核 地区自编软件， 北京、上海、大连等地 全国肿瘤登记中心中国肿瘤登记管理系统 CanReg5：多用户软件,软件的获得,肿瘤登记软件CanReg4使用需要授权，需要有由IACR/IARC统一定义的、带有三位字符编码的系统备份文件，且每个登记处使用唯一的编码。全国肿瘤登记中心负责定义中国肿瘤登记处三位编码，并授权使用CanReg4。IARCcrgTools)可以免费使用 IARC/IACR的CanReg4和IARCcrgTools软件下载网址： .fr/software-frame.htm 全国肿瘤登记中心网址： /web/detail.aspx?nodeID=302&conID=739,一、CanReg概述,CanReg是由国际癌症研究中心描述流行病学室开发的肿瘤登记软件 CanReg4是由 Andy Cooke、Max Parkin、Jacques Ferlay等人开发的,全球使用CanReg的肿瘤登记处分布,CanReg特点,CanReg4的解剖学部位及形态学编码使用国际疾病分类肿瘤学专辑第三版（ICD-O-3） CanReg 4的数据录入模块中的检查程序，可以很方便的检查出不合格的、罕见的，以及重卡和多原发肿瘤病例记录 简单易用的分析选项，包括按年的频数分析表、发病频数和发病率表等 CanReg4目前已有：英语、法语、西班牙语、意大利语，阿拉伯语、泰国语和简体中文版等版本。,CanReg4主要模块,数据录入 数据分析 数据管理,数据录入,浏览/编辑记录 字典 导入,数据分析,频数分布（按年） 发病率表 导出/报告 频数/表格 Epi-Info 6,数据管理,查看工作文件 备份 名字/性别检查 （中文版不适用） 重卡搜寻 用户/密码 选项,二、软件的安装,将从.fr/canreg4.htm下载到的文件“CR4-inst.zip”，解压缩到你想安装CanReg4的硬盘上所建立一个文件夹中，如: CR4-TEMP。 点击“INSTALL.BAT” ，进行安装。 软件安装完成后生成如下文件夹： CR4Share CanReg4 CR4-BACK 备份文件夹 CR4-EXEC 主程序文件夹 CR4-LANG 语言文件夹 CR4-SYST 系统定义文件夹 CR4-WORK 工作文件夹,在桌面建立CanReg4启动快捷方式,在“我的电脑”或“资源管理器”中找到主程序： CR4ShareCanReg4CR4-ExecCR4-Init.exe 点击按右键，选择“创建快捷方式”； 将“快捷方式”改名为 “CanReg4” ，并拖到桌面； 按右键，进入属性：将“起始位置”改为： CR4ShareCanReg4 按确定。 现在你可以点击这个图标进入程序。,恢复系统备份,授权备份文件一共有三个： Cr4-XXX.db (字典备份) Cr4-XXX.mb0 (主要数据库,若数据量大，则会有多个文件) Cr4-XXX.ob (登记处定义等文件) 这里的“XXX”为三位肿瘤登记处编，各登记处使用的编码会不同 选择备份文件所在的位置： CanReg4的默认文件夹为：CR4ShareCanReg4CR4-Back 或软盘，或其它驱动器,三、CanReg4的数据录入,CanReg4起动屏幕中有两个选项: 使用现有的系统 从备份中恢复 (?)这个按钮可以查看帮助,进入CanReg4,输入用户名： andy 输入密码： cooke,数据录入模块,浏览/编辑记录 字典 导入,浏览与编辑记录,CanReg4 的这个页面用于浏览和编辑数据库记录 浏览记录：可利用筛选、排序和范围等工具，对已有记录进行查看。 编辑记录：可建立新记录，或对原有记录进行编辑、修改。,1. 使用筛选工具,利用筛选可以找出所需要的记录:,性别=1（男性） 年龄=60 性别=2 和年龄60 名字=李* 诊断级别=7 或诊断级别=5 部位=50*(全部的乳腺癌病例) 日期=199904*(1999年4月),Sex=1 Age=60 Sex=2 and Age60 Names=李* Basi=7 or Basi=5 Topo=50* Date=199904*,2. 利用快速筛选,例如：选择60岁以上的女性，先点击.筛选工具右侧的“笑脸”按钮，然后选取,变量 - “性别“ 运算符 - “=“ 值 - “女性”(从字典中选择) “和“,变量 - “年龄“ 运算符 - “ 值 - 键入 “60“ “完成“,3. 排序,CanReg4一共有7条索引： Registry No. : 登记号 / Update date : 更新日期 / Multiple Primary : 多原发肿瘤 / 发病日期 / Incidence date : 发病日期 / ICD-10 : ICD-10 / 性别 / Names : 姓名 / Pinyin : 姓名拼音 /,4. 使用排序/范围,先将记录根据选定索引进行排序 然后为已排序变量指定开始和结束范围 例如: 按发病日期排序, 仅显示1991年和1992的记录: 索引 =发病日期（Incidence Date） 开始 =1991 结束 =19929999,5. 使用导航按钮,可快速移动记录指针,下页,上页,第一个记录,最后一个记录,6. 显示变量,点击变量“单选按钮”可以选择显示如下变量: 全部变量(All variables) 指定(强制性)变量(Mandatory variables) 登记处定义为必须填写的项目 关键变量(Key variables) 姓名,年龄,发病日期,肿瘤部位等不可空缺的项目,7. 编辑记录,使用右侧3个按钮可以编辑记录: 建立新记录: 使用这个选项可建立一个新的空白记录表，当保存这个记录的时候，会自动赋予一个登记号 编辑表中记录: 这个选项可编辑在数据表中的被蓝色条标记的当前记录 编辑记录号: 在按这个按钮之前，先填写你想编辑的记录的登记号。如果记录已经存在，将打开这个记录进行编辑；如果不存在，则打开一个空白记录且将登记号赋予这个空白记录 使用这个选项可为你的第一条记录设置登记号。,8. 刷新表格,如果数据库中的记录数改变了，使用这个按钮可以刷新显示的列表,编辑页面组成,“系统变量”面板,数据录入表,“多原发肿瘤”面板,数据录入表,数据录入表由4部分组成： 病人信息 肿瘤信息 医院信息 随访信息,肿瘤病例报告卡,病人信息,肿瘤信息,医院信息、随访信息,变量名称,对于每个变量，有三个变量名： 中文变量名 Long Variable names 短的变量名 Short Variable names 英文变量名 English Variable names 例如：出生日期 Birthda Birth Date,病人信息变量11个：,肿瘤信息变量11个,the International Classification of Childhood Cancer (ICCC). 国际儿童肿瘤分类,医院信息变量4个,随访信息变量6个,新病例控制变量8个,数据库共计变量40个,新病例控制变量8个,病人信息变量11个,肿瘤信息变量11个,医院信息变量4个,随访信息变量6个,数据录入,在数据录入过程中使用下列方法移动光标: - 向上或向下键可移动到下一个或上一个变量; - “回车“键可到下个变量; - PgDown, PgUp 键可移动到下一个,上一个组; - “Home, “End“ 键可移动到第一个, 最后一个变量。 - 键入 “?” 可看见字典弹出。 使用鼠标，可以直接点击想编辑的变量，并可在弹出的字典框中去选择正确的编码。,当数据录入或修改之后，你必须完成以下步骤：,录入检查 当数据录入完成后执行各种的一致性检查。 重卡检查 搜寻任何的可能属于同一个病例的记录。 记录状态 改变记录状态是确认、挂起、或删除。 保存/退出 如果更改过记录内容，将出现一个红色的星号在”保存”按钮旁边 。 如果不保存，这些改动将遗失。,“系统变量”面板,检查状态：是否做过，结果是什么。 重卡检查：是否做过，结果是什么。 记录状态：在成功的完成“检查” 和 “重卡搜寻” 程序以前，所有新的记录都被设置成 “未确定的”。只有被确认的病例才可用于分析。 保存/退出：保存或不保存退出。 更新日期：方框显示的是这条记录最后的编辑日期,检查内容,编辑检查 地方检查（Local Checks） 各登记处自定义项目的检查 强制性变量检查（Mandatory Variables） 登记处规定必须填写的变量检查 名和性别（中文版不适用） 交叉检查（Cross-Checks）,检查项目,发病日期检查 出生日期检查 年龄检查 死亡日期检查 性别检查 部位检查 形态学检查 行为检查 分期检查 诊断级别检查,发病日期/出生日期 年龄 = 发病 - 出生 发病日期/死亡日期 部位/形态 形态/行为 性别/部位 性别/形态 年龄/部位 年龄/形态 年龄/部位/形态 部位/行为,重卡检查,搜寻可能属于同一个病例的记录，既查重 在查重过程中使用如下有关的变量：日期出生、居住地址、身份证号码、姓名、拼音等，每个变量的权重不同 如果没有发现匹配的记录,系统将会出一个提示信息。,IARC有关多原发肿瘤的定义,识别存在着两个或两个以上的原发肿瘤不取决于时间。 一个原发肿瘤是一个起源于一个原发部位或组织的肿瘤。因此既不是扩散也不是复发和转移。 某一发生在一个或多个器官或组织（由ICD-O解剖学所限定的）肿瘤，除组织学不同外应认识是单一肿瘤。,字典,CanReg4允许登记处编辑字典内容，并可添加或删除代码； 编辑字典代码注意事项及步骤： 确定没有用户在使用 输出字典到文本文件 根据需要对文本文件进行编辑 输入文本文件到字典,CanReg4中文版共有字典18个,Record status记录状态 Check status 检查状态 Person search人工搜索 Topography 解剖学部位 Morphology 形态 Behaviour 行为 Sex 性别 Basis Diagnosis 诊断依据 Hospital 医院,10. Grade 分级 11. Tribe 民族 12. Marital status 婚姻状况 13. Status 最后接触状态 14. Cause Death 死亡原因 15. Address 地址代码 16. Doctors 医师 17. Place of Death死亡地点 18. Occupation 职业,新病例控制部分字典3个,Record status 记录状态 Check status 检查状态 Person search 人工搜索,病人信息部分字典5个,Sex 性别 Tribe 民族 Marital status 婚姻状况 Occupation 职业 Address 地址代码,肿瘤信息部分字典5个,Topography 解剖学部位 Morphology 形态学 Behavior 行为 Grade 分级 Basis Diagnosis 诊断依据,医院信息部分字典2个,Hospital 医院 Doctors 医师,随访信息部分字典3个,Status 最后接触状态 Cause Death 死亡原因 Place of Death 死亡地点,导入,外部数据文件中的记录可通过导入添加到 CanReg4 数据库中 外部数据文件必须是文本格式，并以下列格式分隔字段： Tab 键、逗号 或竖线 | 数据文件每栏（列）的顶端最好有变量名，并且与CanReg4定义的变量名一致,导入步骤,主要有以下4步： 选择文件 识别变量 选择不同选项 导入文件,导入时的不同选项,有差异时 最大行数 CanReg4数据,有差异时,差异是指当导入时发现在同一个数据库中相同的登记号的记录有差异 当一些数据有差异时，选择: 拒绝 ：数据将不会被输入 更新 ：所有新的数据将会覆盖数据库记录 重写 ：所有变量将会被覆盖, 包括空项,最大行数 / 仅测试,为了能成功导入数据，可先进行导入测试，“最大行数”可用于指定先导入的记录数 当“仅测试”被勾定时，数据实际上没有被导入到数据库中；只生成一个报告去展现将要发生的导入结果。（需要真正导入时，要把这个勾去掉）,CanReg 数据,运行检查 如果导入的数据不是由CanReg4建立的，或者是一个未确定的病例, 则必须运行检查程序 如果新导入病例已经通过检查, 则可去除这个选项的勾定，检查程序将不会运行 运行重卡搜索 在导入 CanReg4 数据时，即使已经做过重卡搜索，查重仍需要运行 如果这个选择项不被勾定，则查重不会运行 有疑问的名字（中文版不适用）,四、数据分析 数据分析模块,频数分布(按年) 发病率表 导出/报 告 频数/表 格 Epi-Info 6,频数分布(按年),建立文本文件，显示按年各选定变量的病例频数分布 建立的文本文件自动保存在下列文件夹中： CR4SHARECANREG4CR4-WORK 使用“数据管理”中的“查看工作文件”选项，可查看文件,频数分布(按年),默认产生以下3个文件： - 性别 / 记录状况 - 月 - ICD-10 组 其他变量的频数分布，可从“选择变量”的滚动条中选择。对具有复合字典的变量，可选择是对其分类还是对全部字典编码进行病例计数,发病率表,计算发病率，需要知道人口数（分母）。因此需要建立“人口数据集” （P.D.S.) “人口数据集” 由以下部分组成： 人口数据，按性别和年龄分组 数据来源 ( 例如：人口普查或人口估算) 该人口数据所对应的时间 “筛选器”或选择标准，选择对应于该人口的发病记录(分子）,“人口数据集”P.D.S.有两个选项： 使用一个已经存在的人口数据集 P.D.S. 建立一个新的人口数据集 P.D.S. 计算发病率时，须定义一个计算发病率的时间段 “年龄标化率”用于比较不同地区人群的发病率，通常使用“世界标准人口”，也可改为“中国标准人口”（如2000年普查人口）等,导出/报告,导出全部或部分CanReg4数据库记录到一个外部文件 有两个主要的作用： 将数据文件转入到另一个程序如“EXCEL”或 “ACCESS” ，以便做进一步分析。 产生一个报告或一个病例清单，以便能在“WORD”等文件中浏览并打印。,导出/报告的步骤：,选择想导出的记录：可使用筛选、排序/范围工具 选择想导出的变量： 选择标题或变量名：标题、变量名选项 导出文件的格式：一般都生成文本文件，默认扩展名为“.TXT”，若指定为“逗号”的文件其扩展名为：“.CSV” “Tab键” - 将每个变量以TAB符（制表符）分割 “逗号” - “逗号分割变量”将每个变量用引号括起来，后用逗号分开 “固定的宽度 ，无空格” - 根据变量的最大宽度，在其结尾填补空格 “固定的宽度 +1空格” - 与上同, 但各栏间有一个空格，更易于浏览 “固定的宽度 +2空格” - 如上, 但各栏间有两个空格 “Epi Info 6” - 可将文件存成扩展名为“.REC”的Epi-Info 6的文件格式,频数/表格 - 频数,从 Excel（或一个文本文件）中剪切一列数据，然后粘贴到A栏 点击“频数A”产生这列数据的频数分布 选择“从最多的开始”把从原先以字母排序的显示转为以频数由多到少排序 用相同的方法可对B栏也产生频数分布,频数/表格 - 表格,剪切并粘贴数据到A栏 把数据库中相同的记录的第二栏数据粘贴到B栏 点击“表格 AxB” 产生以A为行、B为列的交叉表格 点击“表格 BxA” 产生以B为行、A为列的交叉表格 点击“短标题”按钮截取列的标题,频数/表格 - 一般情况,如果列的第一行包含了标量名称，选择“变量名在第一行” 可将结果剪切并粘贴回Excel对数据进行作图 点击“清除” 按钮清除所有格子中的数据 通过调整视窗的大小改变格子的大小,五、CanReg4数据管理 数据管理模块,查看工作文件 备份 名字/性别检查 （中文版不适用） 重卡搜寻 用户/密码 选项,查看工作文件,工作文件存放的默认文件夹： CR4SHARECANREG4CR4-WORK 可以打开的最大文件个数：10,备份,备份程序将压缩并加密所有的数据, 且复制字典、人口数据以及登记处CanReg4系统定义等。 可复制备份到软盘、光盘、移动磁盘等计算机以外的地方。 默认的备份文件存放的文件夹： CR4SHARECANREG4CR4-BACK,备份文件,备份文件至少有三个： Cr4-xxx.db (字典等) Cr4-xxx.mb0, Cr4-xxx.mb1. (记录数据库) Cr4-xxx.ob(登记处定义等) 以上数据文件全部为加密后的文件。 注：“xxx”为登记处编码,重卡搜寻,本选项可以查找数据库记录中可能的重卡和多原发肿瘤卡。 用于查重的变量及所占权重： 姓名 : 20 姓名拼音 : 12 省（市、区、县 ）: 6 身份证号 : 20 出生日期 : 9 默认的最小匹配量为：65%,运行重卡搜索,可改变最小匹配量 可根据登记号选择搜索范围 显示多原发肿瘤一对卡选项： 将在报告中显示多原发肿瘤病例记录 仅检验以前的病例选项： 仅检查早先的病例,用户/密码,可以改变用户密码 可以为数据库添加密码 可以增加和删除用户 可以管理网络用户,用户管理,这个选项允许管理员管理程序的其它用户 每个使用者有自己的登录名字、密码和权限 管理员：可以使用全部选项的权限 登记员：除确定罕见的病例或可能的重卡外，可以完成大多数的数据录入。没有改变字典和用户管理权限 分析员：不能对数据库做任何改变。仅能使用浏览或分析选项,选项,选择程序语言 选择屏幕显示字体大小,IARC/IACR 肿瘤登记工具软件 IARC/IACR Cancer Registries Tools,软件的安装,目前最新版本为2.05: iarccrgtools_205.zip， 将下载的文件, 解压缩到一个临时文件夹中，点击setup安装，一路Next下去, 完成安装。,软件的运行,程序安装完毕后，在windows开始菜单，点击：IARCcrgTools运行程序,Conversions编码转换,肿瘤分类编码历史发展,ICD-6 1946,ICD-7 1955,ICD-8 1965,ICD-9 1975,ICD-10 1992,ICD-O-3 2000,ICD-O-2 1990,ICD-O-1 1976,MOTNAC 1968,SNOP 1965,SNDO 1951,1961,以解剖学为主,以形态学为主,解剖学和形态学,MOTNAC 1951,STAT CODE 1956,第二章 肿瘤,第二章 肿瘤,第二章 肿瘤,IARC/IACR Cancer Registries Tools 提供了如下编码转换,ICD-9 (1975) to ICD-O-2 (1990) ICD-9 (1975) and ICD-O-1 morphology (1976) to ICD-O-2 (1990) ICD-10 (1992) to ICD-O-2 (1990) ICD-10 (1992) and ICD-O-2 morphology (1990) to ICD-O-2 (1990),IARC/IACR Cancer Registries Tools 提供了如下编码转换,ICD-O-1 (1976) to ICD-O-2 (1990) ICD-O Field Trial Edition (1988) to ICD-O-2 (1990) ICD-O-2 (1990) to ICD-O-3 (2000) ICD-O-2 (1990) to ICD-9 (1975) ICD-O-2 (1990) to ICD-10 (1992) ICD-O-3 (2000) to ICD-10 (1992),编码转换需注意的问题,编码必须准确和完整 对解剖学部位要求使用ICD四位数编码，要编到小数点后一位 对形态学编码，要求有第5位行为编码， 否则会造成在编码转换过程中的错误和汇总统计分析错误 编码转换软件不能将所有编码全部转换，有一部分编码，需要由人工转换,编码转换需注意的问题,男性阴茎癌ICD-9编码三位为187，四位编码为187.1-9，而无187.0编码，若编码为187.0，则会在编码转换时报错: The following cases cannot be converted to ICD-O-2 20010571 187.0 1 1964-07-06 37 2001-08-25 6 ? 20011875 187.0 1 1937-05-19 64 2001-05-19 6 ? 20021877 187.0 1 1942-02-17 60 2002-02-07 6 ?,编码转换需注意的问题,女性卵巢和其他子宫附件癌的ICD-9编码为183，卵巢癌的编码为183.0，若在编码时编仅编三位码183，则会在ICD-9转ICD-10时，转换成C57.9（女性生殖器官,未特指），而非卵巢癌的C56。,Tools工具,IARCcrg Tools软件工具,IARC CHECK 程序： Check程序对登记的病例记录的变量分二步进行审核, 一是检查变量是否完整并在编码范围内的有效性检查，二是对不同变量之间是否合乎逻辑的一致性进行检查； Multiple primaries check 程序： 按照 IARC/IACR 多原发肿瘤定义规则，检查多原发肿瘤；,IARC CHECK 程序,IARC CHECK 程序最早是为了审核五大洲发病率第六卷数据，由Dr.Parkin等人编写的 先前的版本对解剖学部位和形态学编码的审核是基于ICD-O-1和ICD-O-2，当前版本是基于ICCD-O-3,Check 程序变量的有效性审核,出生日期：必须是按照指定格式的有效日期，如1968/07/01 发病日期：必须是按照指定格式的有效日期，如2006/03/08 发病年龄：必须是数字格式，不大于105岁；如果出生日期和发病日期完整，年龄可以通过计算获得；如果出生日期不详，则年龄字段必须是空白或是999（年龄不详） 性别：必须是有效编码，如1、2或9(不详)，不能有其它,Check 程序变量的有效性审核,解剖学部位编码：必须是有效的ICD-O-3编码, 如气管编码为C33, 或C33.9, 不能编码为C33.0、C33.8 形态学编码：必须是有效的ICD-O-3编码，如没有8006/3这个编码 行为编码：必须是0, 1, 2, 3 (或特殊编码 6 或 9) 分级编码：必须是有效的ICD-O-3编码,Check 程序变量的一致性审核,Age/Incidence and birth dates 年龄/出生日期与发病日期 Age/Site/Histology (ICD-O-3) 年龄/部位/组织学 Site/Histology (ICD-O-3) 部位/组织学 Sex/Site 性别/部位,Check 程序变量的一致性审核,Sex/Histology (ICD-O-3) 性别/组织学 Behaviour/Site (ICD-O-3) 行为/部位 Behaviour/Histology (ICD-O-3) 行为/组织学 Grade/Histology (ICD-O-3) 分级/组织学 Basis of diagnosis/Histology (ICD-O-3) 诊断依据/组织学,IARC/IACR Cancer Registries Tools 使用对数据格式的要求,数据库文件必须以文本格式存放, 变量以间固定格式分隔 每一病例用一行,要求必须包括以下变量: (1)登记号； (2)性别； (3)年龄； (4)出生日期； (5)发病日期； (6)解剖学部位编码(ICD-O-3)； (7)组织学编码(ICD-O-3)； (8)肿瘤行为编码(ICD-O-3)； (9)肿瘤分级编码(ICD-O-3)； (10)诊断依据编码；,数据格式举例,200301001 2 70 19321022 20030405 20030722 7 0 C20. C209 8010 39 C209 8010 39 200301002 1 39 19630911 20030205 20030811 2 0 C22.9 C220 8000 39 C220 8000 39 200301003 1 64 19380413 20030106 20030708 2 0 C34.9 C349 8000 39 C349 8000 39 200301004 2 44 19590530 20031002 20040525 7 0 C66. C669 8010 39 C669 8010 39 200301005 2 65 19380714 20030723 20040205 2 0 C20. C209 8000 39 C209 8000 39 200301006 1 76 19261025 20030509 20040124 2 0 C34.0 C340 8000 39 C340 8000 39 200301007 1 59 19431003 20030410 20030521 2 0 C22.9 C220 8000 39 C220 8000 39 200301008 2 78 19241125 20030122 20030805 2 0 C22.9 C220 8000 39 C220 8000 39 200301009 1 83 19191119 20030506 20030807 2 0 C16.9 C169 8000 39 C169 8000 39 200301010 1 72 19310209 20031005 20050818 7 0 C22.9 C220 8010 39 C220 8010 39 200301019 2 84 19180511 20030225 20040208 7 0 C53.9 C539 8070 39 C539 8070 39 200301020 1 74 19290116 20030819 20040419 7 0 C16.1 C161 8010 39 C161 8010 39 File specification: 1- 9 Year and ID 11-11 Sex 13-15 Age 17-24 Date of birth 26-33 Date of diagnosis 35-42 Date of death 44-44 Basis 46-46 DCO 48-52 ICD-10 54-57 ICD-O2 59-62 ICD-O2-morphology 64-65 I CD-O