网上生物医学信息介绍-河南大学.ppt

网上生物医学信息介绍,北京万方数据股份有限公司 2002年5月 系列培训教程（二） 张秀梅 杨春红,1. 网上生物医学文献类型,文摘型数据库 全文型数据库 事实型数据库 生物医学专业网站 生物医学整合知识平台,2. 文摘型生物医学数据库,pubMed数据库 TOXNET数据库 EMBase荷兰医学文摘 CBMdisc中国生物医学文献光盘数据库 OCLC FirstSearch检索系统 BA&BP美国生物学文摘 CA化学文摘 ISI Chemistry,Medline 1996今 70多国家 4500余种生物医学期刊 43种语言 90%英文 78%有英文摘要 数据周更新 37万条/年 Premedline 未标引记录 Medline Publisher Supplied Citations 出 版 商 Pubmed,2.1 PubMed数据库(1) (/PubMed) 免费,Mesh,标引,美国NCBI(National Center of Biological Information) 研制,截止2001年2月28日,已与1724种期刊连接.,2.1 PubMed数据库(2),能指引检索者使用医学主题词表中规范的术语进行有效检索。MeSH(Medical Subject Headlings)由美国国立医学图书馆编制，是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索时使用的权威性词表。它以标准的术语描述生物医学概念，共收录18000个主题词，通过注释，参照系统和树状结构，表达了MeSH词的历史演变，揭示了MeSH词间的语义关系，成为指引检索者使用规范化生物医学术语进行有效检索的工具。,MeSH Browser:,2.2 TOXNET数据库(1) (),毒理学数据库 毒理学文献 有毒化学制品释放系统 化学信息（术语、标识与结构）,11种 事实型 书目型 DB,美国国立图书馆创建,2.2 TOXNET数据库(2),表格内容后续,2.2 TOXNET数据库(2),2.3 荷兰医学文摘(1),Embase是荷兰Elsevier Science B.V.出版 商建立的书目文献数据库. 1974年今 800多万条 445000条/年增 70余个国家的4000多种期刊 EMBase突出药物文献和药物信息40% 药物方面副主题词多 药物信息字段多,1,EMBase(Excerpta Medica Database),2.3 荷兰医学文摘(2),2,EMBase与MEDLINE数据库比较,1980今 千种期刊、汇编、会议论文 总1816623条 20万条/年增 涵盖中文科技资料目录(医药卫生) CMCC中文生物医学期刊目次数据库 CBMdisc的词表 Mesh 及中医药学主题词表 中国分类法,2.4 中国生物医学文献光盘数据库 (CBMdisc),中国医学科学院医学信息研究所研制,1967年创建 ohio州 1992年推出 FirstSearch 70多个数据库 30多个可检全文 7500种期刊的联机全文 3000中期刊的电子版 900多万篇全文,2.5 OCLC FirstSearch检索系统(CBMdisc),图书馆联机计算机中心创建 （Online Computer Library Center）,1926年两刊合并生物学文摘 美生物学会联合会负责编辑 生物学文摘公司出版 1964年BA的编辑出版机构为“生物科学情报” （BioScience Informatiom Service） 简称BIOSIS 主任：维特BIOSIS Previes,2.6 BA&BP（1）,BA 美国生物学文摘Biologocal Abstracts 前身是美国细菌协会编辑出版社的细菌学文摘 美国植物学会植物学文摘,2.6 BA&BP（2）,包括 生物学文摘 Biological Abstracts,BA Biological Abstracts/RRM (Reports,Review,Meetings) 收录 5500种生命科学期刊及非期刊文献 10000条/周更新,BP Biosis Preview,周刊，2卷/年，26期/卷 150个国家 14000种科技期刊 1/4与生物医学相关 26个国家 2个国际组织的专利资料 学位论文、会议文献、科技报告、存档资料、图书 56种语言 占世界化学化工文献总量的98%,2.7 化学文摘(Chemical Abstract) “开启化学文献宝库的钥匙”,1907年创刊，前身美国化学研究评论 美国化学会志,2.8 ISI Chemistry,该库收集了公布在全球核心化学期刊和国际专 利出版物上所有最新发现和改进的有机合成方法， 提供翔实的化学反应综述和详尽的试验细节，以及 新化合物的化学结构和相关性质(制备与合成方法、 化学反应与生物活性),两个子库 化学反应中心(Reaction Center) 1840年今 60多种化学反应 2万多个专利反映 42000个/年增 化合物中心(Compound Center) 1960年今 530万种有机化合物 20万种/年增,PML数据库 OVID数据库 SDOS全文检索系统 EBSCO数据库 中国期刊网,3.1 网上获取医学文献全文的途径,访问免费电子期刊网站 http:/www.health.library.mcgill.ca/ejournal/ fulltext.htm/ /lists/freeart.dt 通过作者的Email直接索取 一些二次文献数据库提供原文连接服务(Pubmed) 查全文数据库 机构代查,该公司1938年创建 宗旨:为图书馆、政府、院校师生提供高质量信息 业务范围:连续出版物、新闻报纸、图书、学位论 文、学术性收藏品 文献量:55亿条 PML光盘版 网络版,3.2 ProQuest Medical Library数据库,PML由Bell&Howell Information and Learning (原UMI公司)出版,从MEDLINE起家,目前包括人文、社会、科技近百DB 一半为生物医学 Ovid Web Gateway数据库检索 400中期刊全文 100种电子期刊，回溯至1993年 HTML，实现Medline、生物医学全 文期刊和循证医学DB之间的互链,3.3 OVID数据库,OVID Technologies.Inc 由Mark Nelson 1984年创立,SDOS 原名为EES(Elsevier Electronic Subscriptions) SDOS 系统提供1200多种电子期刊(包括Pergamon NorthHolland出版物)的订阅服务 1200种电子期刊分为12类与生物医学相关的为 Agricultural and Biological Sciences Clinical Medicine Life Science,3.4 Elsevier Science公司 SDOS全文检索系统,Elsevier Science是荷兰一家著名的出版公司 Science Direct Onsite(SDOS)是该公司开发的系 统,提供用户在本地访问其基于Web的全文电子期刊,EBSCO Publishing50多个电子文献数据库 近3000种期刊全文+文摘索引期刊 4000种 学术期刊全文数据库(Academic Search Fulltezt Elite,ASFE) 1530种期刊全文+近2700种期刊索引和文摘 其中SCI收录的核心刊993种(含全文350种) 生物医学期刊554种 检索系统 EBSCO host,3.5 EBSCO数据库,EBSCO公司是世界上最大的提供文献服务的专业 公司之一,国内核心期刊 1994年今 全文400多万篇 专业特色期刊 题录1000万余条 网上数据日更新 理工(3)、 农业、医药卫生、文史哲、经济政 治与法律、教育与社科、电子技术与信息科学 9个专辑、126个数据库，其中医药卫生747种 题录数据库 摘要数据库 全文数据库 专题数据库,3.6 中国期刊网,清华同方光盘股份有限公司 光盘国家研究中心 共同创建 中国学术期刊(光盘版)电子杂志社 1999年6月起上网,5300种,4. 事实型数据库,分子生物数据库 药物三维结构数据库 医学图谱 病理切片库 专利信息资源,4.1 分子生物数据库,基因序列数据库 NCBI的GenBank 蛋白序列数据库(Pro.aa.) 日内瓦大学SwissProt (6万余种Pro.2200个aa.) 结构数据库:小分子结构数据库(Cambridge Structural DB) 大分子结构数据库(Protein DataBank,PDB) 分子疾病数据库OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) 生物信息学算法 基于Web的信息储存、查找与检索 如：NCBI建立的Entrez系统 欧洲分子生物实验室SRS系统 分子可视化,PubMed生物医学文献 Neccleotide核苷酸序列数据库 Protein蛋白质序列数据库 Structure大分子三维结构 Genome完整的基因组汇编 Popset以DNA和Pro.分析生物间的进化关系 Taxonomy分类学数据库 OMIM孟德尔人类遗传学数据库 Books生物医学网络版书 Probeset基因表达选集 3D Domain特定功能域三维结构,4.2 Entrez系统包含,4.3 药物三维结构数据库,美国国立癌症研究所药物信息系统三维数据库 (NCI Drug Information System 3D Database) 40多万种药物三维结构 美国国立癌症研究所三维数据库(NCI3D) 126554个化合物的三维结构信息 艾滋病药物结构 /aidsdrg4.htm/ 三维药物结构数据库(日本) 具有药物活性的化学物质三维结构DB,4.4 医学图谱,可视人计划(The Visible Human Project) /research/visible/ 1986年NLM发起 男女尸体详尽三维精细解剖图 CT、MRI、冷冻切片三种技术 目标：创造一个知识结构体系，可以方便地实现将 可视的图像知识与文本知识链接成一个整体 全脑图谱(the Whole Brain Atlas) 哈佛医学院 Keith A.Johnson 麻省理工 J.Alex Becker 将人脑正常和病理结构图像与临床医学信息整合,合作开发,1900多幅病理切片 / WebPath/WebPath.hlm/,4.5 病理切片库,WebPath 美 Utah大学医学院 病理科Edward C.Klatt博士创建,5. 生物医学专业网站介绍(1),美国国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH) 健康信息(出版物、数据库) 科研基金申请情况 美国国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM) 健康信息 图书馆服务 Health A to Z 专业搜索引擎 美国医学会网站(American Medical Association) ,5. 生物医学专业网站介绍(2),Health A to Z 搜索引擎 美国国立癌症研究所(National Cancer Institute,NCI) 美国疾病预防与控制中心 (Centers for Disease Control and Prevention,CDC) 世界卫生组织(World Health Organization,WHO) Drug InfoNet http:/www.drugInfoN,First Data Drug Database /misc/formdrugs.htm/ 美国食品药物管理局(Food and Drug Administration,FDA) 中国医药信息网 国家药品监督管理局 中国中医药信息网 国家中医药管理局中医药文献检索中心,5. 生物医学专业网站介绍(3),6. 生物医学整合知识平台(1) ISI Web OF Science,ISI(Institute for Scientific Information) Web of Knowle