肿瘤个体化治疗基因检测.doc

1、肿瘤个体化治疗基因检测2010年11月 第一部分 项目背景一、肿瘤临床转化医学背景21世纪伊始，人类基因组研究成果斐然，在循证医学的浪潮推动下，基因组学、rna组学和反应组学等生命科学与医学领域交融，转化，率先在肿瘤个体化靶向治疗领域进入了nccn和asco、csco各种肿瘤临床治疗规范。在一系列转化应用中，使患者明显获益，各种基于循证医学的肿瘤多中心、大样本、随机性双盲的前瞻性研究结果，共同提示基因检测用于肿瘤转化医学靶向治疗和个体化化疗，不仅是肿瘤医药学领域里程碑式的革命，也将诊断病理学科带入了分子病理、个体化治疗的新时代。美国kalorama information公司在2007年发表了

2、关于分子诊断的专题市场调查报告“分子诊断：全球主要市场”（molecular diagnostics: major world market）。报告预计从2006年到2016年分子诊断市场的平均年增长率达到41.5%。药物基因组学在这10年间将有184%的平均年增长率，预计癌症相关基因的检测平均年增长率将达到68%。据我国卫生部统计，20世纪90年代我国肿瘤发病率已上升为127例/10万人。近年来我国每年新增肿瘤患者160170万人，总数估计在600万人左右，肿瘤已经成为我国的第一死亡原因。肿瘤患者对治疗有效性的提高需求迫切，2007年我国医院肿瘤用药销售额累计约为158.7亿元人民币，同比上

3、一年增长高达61.2%，大大高于其它医疗药品的市场增长幅度。但抗肿瘤药物广泛应用的同时，给患者带来严重的问题：治疗的有效率不高、针对性不强、副反应较多、费用昂贵等。基于药物基因组学临床检测的肿瘤个体化治疗为上述问题解决带来曙光，美国asco已公布的多个临床实验已证实，通过检测肿瘤患者肿瘤组织中的基因突变靶点及基因snp分型、mrna基因定量表达，为临床提供靶向及个体化化疗的依据，能显著提高治疗的有效率，降低药物毒副作用。如：2009年1月美国asco消化肿瘤会议总结：选择k-ras野生基因型患者应用egfr单抗使美国2008年节约了601亿美金，并把这一晚期患者生存期提高了11.5个月。会议达

4、成了一项pjo决议，肠癌患者必须在靶向治疗前进行k-ras基因检测。国际上的相关组织如美国临床肿瘤学会（asco）、美国放射肿瘤学会（astro）和欧洲肿瘤学术机构esmo，以及中国抗癌协会临床肿瘤学协作专业委员会(csco)等均积极提议：在医院开展预测预报职能的肿瘤个体化治疗的检测项目。开展肿瘤诊疗个体化、靶向诊疗工作，开展预测预报职能的转化医学分子病理检测项目，把基础研究中某些经循证研究成熟的项目在规范化的医疗系统平台上进行转化应用，过渡到临床肿瘤的术前、术后、姑息、支持等各阶段的治疗方案应用，配合跟进临床路径进行检测。首先针对肿瘤病人的各种个体化/靶向治疗需求，用药前进行临床预测分析和治

5、疗预后评估，根据个体化肿瘤临床方案和路径设计检测项目，深入nccn癌症综合治疗规范内容体系内，规范检测结果，引导临床路径治疗方案，努力使不同个体基因特征的肿瘤病人治疗获益，减少毒副作用，减少升白、止吐（泻）负担，提高无病生存期和延长生存预后；其次可使晚期癌症患者根据nccn规范再次得到针对性的个体化/靶向治疗，提高生存质量，体现临终关怀和困难病例检测救助。更重要的方面是为不具备基因靶点病人节省费用和毒副作用，减少了患者经济、心理负担。国家卫生部于2007年6月4日发布了卫生部临床检验项目目录中，规定了相关临床基因检测项目，其中涉及肿瘤个体化治疗及诊断的检测项目占了主要位置。药物基因组学检测：l

6、 tsmrna定量表达与5-fu个体化化疗用药指导l cyp2c19基因分型与用药指导l cyp2d6药物基因组学临床检测与用药个体化用药l cyp3a4基因分型与用药指导l dpyd药物基因组学临床检测与氟尿嘧啶类药物代谢分析l egfr基因突变检测预测易瑞沙等tki类药物敏感性l ugt1a1基因型及伊立替康用药指导l ercc1-3药物基因组学临床检测及铂类用药l k-ras药物基因组学临床检测及用药指导l c-kit和pdgfr基因检测突变与格列卫类药物敏感和耐受的用药指导。癌症诊断：l kras药物基因组学临床检测与疾病诊断l p53突变与肿瘤基因诊断l hnpcc非息肉性大肠癌基因

7、诊断l fad多发息肉性大肠apc癌基因诊断l 遗传性乳腺癌brca1基因诊断l dcc基因突变与结肠癌诊断其他临床疾病基因诊断项目：l 常见非综合征类耳聋分子筛查l hfe与血色病的基因诊断l sry基因与性发育异常分子诊断l azf基因与少精无精异常分子诊断l 进行性肌营养不良dmd缺失突变分子诊断l 肝豆状核变性（wilson病）分子诊断二、nccn和中国病理科建设操作规程nccn（美国国家综合癌症网）对全世界包括asco、csco、esmo等学术团体和中国版nccn指南产生深刻的影响。在近年来nccn不断发布更新的指南中，80%的内容来自转化医学和个体化治疗，这些新的临床方案和生物标志

8、主要依赖病理学科的资源和技术应用才能实现，唯有发展个体化治疗病理技术和项目，才能为肿瘤治疗规范打好基础，才能使当前非医疗机构基因检测的混乱局面逐渐纳入医疗机构多元化办医的正规渠道，使患者最终获益。 早在20世纪90年代，国家卫生部颁发医疗机构临床项目和收费管理绿皮书上，已经把基因测序（dna测序）等熟化的分子病理项目分类在病理科的分子病理亚类中（编码2707）管理应用，近年来有些省市物价局已近有了“肿瘤个体化治疗相关基因定量表达”和“荧光原位杂交（fish）”的明确定价。根据卫生部办公厅关于印发病理科建设与管理指南（试行）的通知 （卫办医政发200931号）要求。第一章 总则第三条 医疗机构病

9、理科是疾病诊断的重要科室，负责对取自人体的各种器官、组织、细胞、体液及分泌物等标本，通过大体和显微镜观察，运用免疫组织化学、分子生物学、特殊染色以及电子显微镜等技术进行分析，结合病人的临床资料，做出疾病的病理诊断。具备条件的病理科还应开展尸体病理检查。第二章 执业条件第八条 二级综合医院病理科至少应当设置标本检查室、常规技术室、病理诊断室、细胞学制片室和病理档案室；三级综合医院病理科还应当设置接诊工作室、标本存放室、快速冰冻切片病理检查与诊断室、免疫组织化学室和分子病理检测室等。其他医疗机构病理科应当具有与其病理诊断项目相适应的场所、设施等条件。三、生物医学技术临床转化专项基金-肿瘤个体化/靶

10、向治疗项目1、项目名称生物医学技术临床转化专项基金-肿瘤个体化/靶向治疗项目2、项目发起单位中国健康促进基金会中华医学会健康管理学分会北京迪诺基因科技有限公司3、项目背景中国健康促进基金会是国家卫生部直属机构，是中华医学会的伙伴单位，2007年成立以来，以医学健康领域的高科技进展普及推广为核心任务，特别是2009年以来，肿瘤援助基金和个体化药物基因组学专项基金吸引了全国三甲综合医院共400多家单位参加。2009年春，卫生部针对医院病理学科发展的现状发布了病理科建设与管理规范，明确提出病理学科发展分子病理的要求。中国健康基金促进会为了扶持我国病理学科的发展，更好的发挥肿瘤援助基金和个体化药物基因

11、组专项基金的作用，特别设立了“生物医学技术临床转化专项基金”，实现基金专委会领导下的公益性配置性分子病理实验室建设运作，为肿瘤个体化治疗技术项目的转化应用进行熟化，推广和培训。现专项基金管理委员会委托江苏-迪诺肿瘤个体化临床转化基地及浙江大学迪诺遗传与基因组医学研究中心、国际基因组联盟gendia作为技术支持单位和人才培训基地。4、技术依托单位1)中国南京：江苏迪诺肿瘤个体化治疗临床转化基地该基地是apeck-ras基因中国区中心实验室（apeck-ras central lab china）和apec生物基因伦理论证单位，是国家中管局三级分子生物学实验室和临床病理诊疗平台，由两位博士生导师带

12、领20多名博硕士团队，应用国际先进的分子病理诊断设备和技术（qiagen自动核酸提纯、ecl核酸定量鉴定、qiagen自动pcr-set技术、abi基因测序、abi 7900实时定量pcr、taq-snp、genotyping、mirna、fish、甲基化测序、多重pcr片段分析、arms），配备美国lifetech基因组/rna组试剂盒。该基地遵照卫生部等颁发的分子病理规范要求，近年来在150多项病理基因特别是肿瘤个体化治疗基因检测、病理工作管理软件研发应用方面开展了大量工作，现接受国内100多家医院的标本处理，在国内病理界具有广泛的影响。技术依托单位是专项基金的技术后援单位，负责为各入选医

13、疗单位连续扶持肿瘤个体化治疗基因临床检测平台系统，保障专项基金项目落地实施。配合所在医院进行核心项目临床应用、支撑基金会技术培训、临床科研合作、属地多元化办医运作、新检测项目研发等。2)中国杭州：浙江大学-迪诺遗传与基因组医学研究中心是经欧盟认证亚洲最大遗传与基因组医学实验室，国际遗传与基因组医学联盟十大核心实验室之一，是通过国家卫生部临床检验中心评审的具有遗传与基因组医学检测临床检验资格的首家实验室，具有中国人数据库的研究机构。下设综合实验室，通过了卫生部临床检验中心的评审验收并获得资质。中心与美国哈佛大学遗传与基因组学研究中心、全球遗传与基因组医学检测联盟(gendia)、美国贝勒（bay

14、lor）医学院john welsh 心血管病分子与遗传诊断实验室等国际权威机构开展广泛的合作，并代表中国承担多项国际课题，在后基因组研究中占据了重要的国际地位。 6、项目意义1）利用成熟的基因组医学技术转化，提升临床治疗水平，提高对患者治疗的有效率、降低药物的毒副作用、增加治疗的费效比，为晚期肿瘤检测救助获益；2）建立“中国人重大疾病基因数据库”联盟，提升医院的软实力和科研水平，确立医院在所在地域的品牌领先地位。第二部分 公司介绍北京迪诺基因科技有限公司是国内从事基因组医学开发与应用的专业机构。公司总部位于北京长安街高品质的cbd商业圈核心位置cbd国际大厦。公司在药物基因组学临床检测技术方面

15、处于国内领先水平，拥有国内最权威的技术力量、最完善的技术平台。一、公司核心能力公司全资投资建立了浙江大学-迪诺遗传与基因组医学研究中心。浙江大学迪诺遗传与基因组医学研究中心于2008年获得国家卫生部临床检验中心的验收批准，是目前中国第一家通过国家卫生部审批的人类药物基因组学临床检测实验室，同时中心临床检测服务也在国内首家通过了中华医学会专家认证。中华医学会技术评审与论证意见国家药物基因组学临床检测实验室资质证书 浙江大学迪诺遗传与基因组医学研究中心迪诺江苏肿瘤个体化用药临床转化基地基因室apeck-ras基因检测中国区中心实验室公司与apeck-ras基因检测中国区中心实验室（江苏省中西医结合

16、肿瘤研究中心）结成战略伙伴，成立了迪诺江苏肿瘤个体化用药临床转化基地。面向医院临床开发的肿瘤个体化治疗项目，切实提高肿瘤患者靶向及化疗治疗的有效率，减少治疗的毒副作用，提高治疗的费效比，深受肿瘤患者及临床一线医生的欢迎。二、公司团队公司相继从apeck-ras中国区中心实验室、美国tufts 大学医学院、中国科学院北京基因组学研究所等著名院所引进多名具有临床资质的遗传与基因组医学和肿瘤临床医学、临床病理学专家，组成科学家团队，该团队有多年的临床肿瘤和病理规范治疗经验，能出具国内最具规范的分子病理检测及临床应用报告，并提供全方位的咨询服务。赖仁胜教授：南京中医药大学博士生导师、江苏省中医院病理科

17、及国家三级分子实验室主任、主任医师、江苏省中西医结合肿瘤研究中心转化医疗实验室主任，全球前五名医药跨国公司之一美国默克公司授权apec（亚太区）k-ras中国区中心实验室主任，江苏省中西医结合病理肿瘤转化医疗专业委员会主任委员（筹）。赖仁胜教授，从事临床病理诊断工作达38年，其病理诊断的专业水准较高并在行业内有一定知名度。2003年起在医院开展临床基因组测序分子诊断及临床应用工作，紧跟美国asco肿瘤分子诊断的最新进展，建立了综合临床、病理、分子诊断等多项技术的临床病理基因检测平台系统，在肿瘤基因诊断及个体化治疗领域取得了卓越成绩。其开展的肿瘤基因诊断项目超过150项，积累个体化治疗病例已超过

18、3000余例。仅2009年k-ras基因突变检测完成400余例，送检病例来自北京、上海等全国各地的医院。目前，其率领的学术团队经过6年的病理基因组学应用实践，已拥有包括归国学者、博硕士分子病理和生物医药领域近20名成员的优秀人才团队。白玉杰教授：医学博士，分子生物学专业博士，毕业于第四军医大学。现任浙江大学迪诺遗传与基因组医学研究中心副主任，教授。科技部国际合作计划评议专家库同行评议专家，国家自然科学基金项目评议专家，陕西省临床基因扩增检测质量控制中心专家委员会委员，美国癌症研究协会（aacr）会员。曾在美国tufts 大学从事博士后工作，从2003年开始，在国内较早开展药物基因组学及个体化用

19、药的应用性研究。田薇教授：生物学博士，毕业于中国科学院北京基因组学研究所。现任职于浙江大学遗传与基因组医学研究中心副主任/教授。曾参加中科院遗传所北京华大基因研发中心国家重大课题人类基因组计划1%项目；国家973项目sars-cov遗传与变异规律的研究。 第三部分 肿瘤个体化治疗简介一、肿瘤个体化治疗与药物基因组学临床检测抗肿瘤药物的广泛应用，在国内外均给患者带来严重的问题：治疗的有效率不高、针对性不强、副反应较多、费用昂贵等。基于药物基因组学临床检测的肿瘤个体化治疗为解决上述问题带来曙光。美国asco公布的多个临床实验已证实，通过检测肿瘤患者肿瘤组织中的基因突变靶点、mrna基因表达及snp

20、分型，为临床提供靶向及个体化化疗的依据，能显著提高治疗的有效率。肿瘤个体化治疗包括靶向治疗与个体化化疗两个部分。1、 靶向治疗通过实时定量、基因测序、fish等技术检测肿瘤患者基因突变及拷贝信息，根据检测结果使用对应的靶向生物药物治疗：单克隆抗体和小分子化合物等。例如：k-ras基因突变检测：用于结直肠癌、胃癌、头颈部癌及肺癌的egfr单抗，即爱必妥类靶向治疗。k-ras作用egfr基因突变检测：用于肺癌（非小细胞与突变的外细胞肺癌）egfr小分子抑制剂易瑞沙和特罗凯靶向治疗。egfr在肺癌中作用bcr-abl融合基因和c-kit、pdgfr基因突变检测：用于慢性髓样白血病、胃肠道间质瘤(ki

21、t阳性、无法手术的或转移性) 小分子类酪氨酸激酶抑制剂格列卫靶向治疗。bcr-abl基因突变与耐药2、个体化化疗通过实时定量、微卫星、基因分型，mrna定量等技术，检测患者肿瘤标本、血液标本中mrna基因表达、snp分型等，根据检测结果来确定患者对特定化疗药物的敏感性及药物对个体的毒性反应，以配合临床使用合适的化疗药物及化疗剂量。有助于对不同的患者制定相应的个体化化疗方案，减少化疗药物使用的盲目性，提高患者治疗的有效性，降低化疗药物的毒副作用，减少升白和止吐药物应用，明显降低治疗费用。例如：乳腺癌化疗：阿霉素蒽环类药物（top抑制剂）毒效性基因表达，对部分优效减毒的病人分层筛选；铂类、紫杉类、

22、5-fu类相关基因实时定量表达，帮助选择化疗方案。结直肠腺癌化疗：检查ts mrna、ercc1mrna与brca1mrna定量表达，观察铂类、紫杉类毒效性。ercc1及顺铂作用示意图二、迪诺基因肿瘤个体化治疗用药检测目录类别检测项目涉及肿瘤样本类型预测内容结果疗效靶向治疗egfr突变外显子18,19,21,(ca)n非小细胞肺癌、食道癌、头颈肿瘤等石蜡白片或胸水300ml预测吉非替尼（易瑞沙）、厄罗替尼（特罗凯）、尼妥珠单抗（泰欣生）疗效突变不突变n16短期外显子20(t790m)突变不突变k-ras突变密码子12,13,61肠癌、肺癌、胃癌、甲状腺癌石蜡白片预测西妥昔单抗（爱比妥）、帕尼单

23、抗（维克替比）疗效，甲状腺癌辅助诊断突变braf突变v600e突变her-2/cep17fish乳腺癌、胃癌石蜡白片乳头状癌诊断扩增预测曲妥珠单抗（赫赛汀）疗效扩增c-kit突变外显子9,11,17胃肠间质瘤、肉瘤石蜡白片预测伊马替尼（格列卫）疗效突变pdgf突变外显子14、18突变大部分降低jak-2突变外显子12，14真性红细胞增多症，原发性骨髓纤维化、原发性血小板增多症2ml抗凝血或骨髓活检辅助临床诊断突变预测化疗和干扰素疗效突变abl突变酪氨酸激酶区点突变髓细胞白血病2ml抗凝血或骨髓活检预测伊马替尼（格列卫）疗效突变vegf/-actinvegfr/-actinmrna肠癌、肺癌、胃

24、癌、乳腺癌、肾癌石蜡白片+2ml抗凝血预测贝伐单抗（阿瓦斯丁）、索拉非尼、恩度疗效高表达个体化化疗ercc1/-actinmrna肺癌、胃癌、肠癌、卵巢癌、宫颈癌、乳腺癌、胰腺癌、胆囊癌石蜡白片+2ml抗凝血预测铂类疗效低表达brca1 /-actinmrna预测铂类疗效低表达紫杉醇类和长春碱类药物疗效高表达rrm1/-actinmrna肺癌、胰腺癌、胆管癌、石蜡白片+2ml抗凝血预测吉西他滨疗效低表达ts/-actinmrna胃癌、肠癌、肺癌、乳腺癌、石蜡白片+2ml抗凝血预测氟尿嘧啶类药物疗效低表达肺癌预测培美曲塞疗效低表达top-a/cep17fish/mrna乳腺癌石蜡白片+2ml抗凝

25、血预测蒽环类药物疗效扩增预测蒽环类药物毒性扩增、缺失毒性ugt1a1启动子区多态性肠癌、肺癌、胃癌、乳腺癌等2ml抗凝血预测伊立替康毒性7/7 纯合子毒性6/7;6/6毒性三、肺癌个体化治疗基因检测项目检测技术检测样本临床指导意义egfr（肺癌靶向治疗）基因测序/基因分型石蜡组织白片10张或胸水100ml提示例如易瑞沙，特罗凯等靶向药物的疗效k-ras+b-raf（肺癌靶向治疗）基因测序石蜡组织白片10张或胸水100ml提示例如爱必妥等靶向药物的疗效cyp3a4（肺癌靶向治疗）基因分型石蜡组织白片10张或抗凝血2ml提示例如易瑞沙，特罗凯等靶向药物的疗效以及半衰期晚期非小细胞肺癌化疗（新辅助）

26、：吉西他滨+铂类定量石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml按基因表达高低选择顺铂或其它毒效优化性药物以及评估吉西他滨类药物的毒效性和复发风险晚期非小细胞肺癌化疗：长春瑞滨+顺铂定量石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml基因表达高低评估铂类毒效性，微管蛋白的解聚状态表达高低，评估长春瑞滨类药物疗效和复发风险晚期非小细胞肺癌化疗：紫杉类+顺铂定量石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml微管蛋白的解聚状态，评估紫杉类药物毒效性，基因表达评估铂类的毒效性复发风险进展的非小细胞肺癌化疗：多西他赛+顺铂定量石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml基因表达主要针对紫杉类、

27、次要针对铂类评估它们的毒效性复发风险小细胞癌化疗：依托泊苷+顺铂定量石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml针对铂类毒效性评估疗效复发风险小细胞癌化疗：环磷酰胺+阿霉素定量/fish石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml评估蒽环类毒效和预后复发风险转移性小细胞癌：伊立替康+顺铂定量+测序+片段分析石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml针对方案毒效性评估疗效复发风险egfr无突变：检测其扩增+多靶点药物基因表达定量+fish石蜡组织白片10张或胸水100ml+抗凝血2ml爱必妥或索拉菲尼，贝伐单抗（配伍个体性化疗）四、结直肠癌及胃肠间质瘤个体化治疗基因检测项目检测技术

28、检测样本临床指导意义k-ras+b-raf（肠癌靶向治疗）基因测序石蜡组织白片10张提示例如爱比妥、维克替比等靶向药物的疗效c-kit（胃肠间质瘤靶向治疗）基因测序石蜡组织白片10张提示格列卫等靶向药物的疗效以及抗药性pdgfr（胃肠间质瘤靶向治疗）基因测序石蜡组织白片10张提示格列卫等靶向药物的疗效以及抗药性肠癌辅助化疗folfox定量石蜡组织白片10张+抗凝血2ml针对铂类/5-fu毒效性评估疗效复发风险肠癌辅助化疗5-fu/lv定量石蜡组织白片10张+抗凝血2ml针对5-fu毒效性评估疗效复发风险晚期肠癌新辅助capeox 西妥昔单抗或capeox 贝伐昔单抗定量+基因测序石蜡组织白片10张+抗凝血2ml提示例如爱比妥、阿瓦斯丁等靶向药物的疗效；基因表达高低评估铂类毒效性。晚期肠癌化疗folfiri定量+基因分型石蜡组织白片10张+抗凝血2ml基因表达高低评估铂类毒效性；基因多态性评估伊立替康毒性。晚期肠癌化疗贝伐单抗+5-fu 定量+fish石蜡组织白片10张+抗凝血2ml提示例如阿瓦斯丁等靶向药物的疗效，基因表达评估/5-fu毒效性晚期肠癌化疗capeox定量石蜡组织白片1