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文档简介

1、designed by morrain1基因本体论(gene ontology)概览报告：孔垂亮导师：高 琳日期：10/09/272为什么要建立gene ontology 解决生物学定义混乱的现象，使各种数据库中基因产物功能描述相一致 使得在不同生物数据库中的查询具有极高的一致性 允许在各种水平查询基因产物的特性3gene ontology widely adopted agbase4go(gene ontology)是: 基因本体联合会(gene onotology consortium)所建立的数据库，旨在建立一套适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而

2、更新的语义(terms)词汇标准。5go语义的分类 分子功能(molecular function)描述在个体分子生物学上的活性，如催化活性或结合活性。 生物学过程(biological process)由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程。 细胞组件(cellular component)指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中(如糙面内质网，核糖体，蛋白酶体等)，即基因产物在什么地方起作用。67语义信息id: go:0043473 name: pigmentationnamespace: biological_processdef: the deposition or aggreg

3、ation of coloring matter in an organism, tissue or cell. goc:krcsynonym:noneis_a: go:000815089语义之间的关系 is a、part of (细胞质)(细胞器)(线粒体)(细胞器膜)10语义关系之间的推导 is a is a is a part ofpart of part of11语义关系之间的推导 part ofis a part of 与is apart of part of12基因产物的注释 由参与合作的数据库来完成的，它们使用go的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释 注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等 注释必须提供支持这种基因产物和go术语之间联系的证据13amigo141516171819202122232425go的应用 go的局限性 go 不是基因序列或基因产物数据库，相反的，go强调基因产物在细胞中的功能。 go不能反映此基因的表达情况 用于基因组分析 用于基因表达分析 go可能的应用26go可能的应用 整合来自于不同生物的蛋白组信息。 判定蛋白结构域的功能。 找到在疾病/衰老中异常表达的基因的功能类似性。 预测与一种疾病相关的

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