分类与命名课件

第四章病毒分类和命名P21~43第四章病毒分类和命名病毒是一类比较原始的、有生命特征的、能够自我复制和严格细胞内寄生的非细胞生物病毒的定义随着分子病毒学的发展而不断延伸类病毒、卫星病毒、朊病毒的发现丰富了病毒学的内容病毒分类学是随着病毒学尤其是分子病毒学的发展而建立起来的，并逐渐走向成熟。生物资源种类类群已知种估计种已知种占的比例%病毒54504000001.3细菌66601000006.7真菌7200015000005藻类4000040000010被子植物27000032000084原生动物4000020000020线虫150005000003昆虫950000800000012鱼类190002400080鸟类91989500~

100哺乳动物41704300~100仅从1994年的不完全统计，已有新发现约40种病毒对人类健康构成新的威胁；AIDS、疯牛病、肝炎、感冒、SARS；第四章病毒分类和命名一、病毒分类与命名的沿革二、关于病毒密码程式三、病毒分类进展及最新分类系统一、病毒分类与命名的沿革1.1961以前各自研究领域的科学家提出或建立一些分类系统，进展缓慢，缺乏国际间的协作；2.1962~1966借助国际微生物学术会议(1966,莫斯科)，建立国际病毒命名委员会(ICNV，InternationalCommitteeforNomenclatureofVirus)3.1966~1970Wildy任ICNV主席期间，组织国际间的协作，发表ICNV的第一次报告4.1971~今病毒分类与命名的工作得到巩固和发展一、病毒分类与命名的沿革1961以前植物病毒分类法(1)Johnson＆Hoggan

提出的分类标准(1935):病毒传播方式及昆虫介体自然的寄主植物范围及鉴别寄主在活体外的存活期致死温度症状特点一、病毒分类与命名的沿革1961以前植物病毒分类法(2)Hansen(1956):强调拉丁双名法的属名应反映出寄主类别、传播方式及病毒颗粒形态，分4目：蚜传病毒目(Aphivirales)叶蝉传病毒目(Cicavirales)无介传病毒目(Invirales)介传传病毒目(Xenovirales)一、病毒分类与命名的沿革2.1962~1966成立国际病毒命名委员会(ICNV），制定4项基本方针：必须明确列出病毒的组（或属）提出这些组的代表成员（种）提出各组（或属）的名称探讨利用密码进行分类的方法存在问题：（1）存在明显的不调和态度（2）脊椎动物病毒分类与其他病毒分类差别显著（3）需同时应用专门知识并采取共同途径（4）制定病毒学工作者愿意采用的病毒名称一、病毒分类与命名的沿革1966~1970Wildy

任ICNV主席,第一次报告——病毒的分类与命名，描述并划定43个属（或相当于属的组、群）及其他成员；

《病毒学论文集》第5卷采用了密码进行分类（每个密码包括4对符号）；通过了“国际病毒命名法则”，共18项。病毒分类的国际组织机构1病毒命名分会委员会（SCNV)1951

SubcommitteeonVirusNomenclature巴西里约热内卢：第五届国际微生物学会议SCNV推荐病毒分类的8条标准：1、形态和复制方法2、化学成分和物理性质3、免疫学性质4、对物理、化学因子的敏感性5、自然传播方式6、与寄主、组织或细胞的关系7、包括内含体形成的病理学8、症状学（1951年第五届国际微生物学会）把早期分类学上的生物学特性，特别是症状学特性降到相对次要的地位病毒分类的国际组织机构国际病毒分类委员会

病毒命名筹备委员会(PCNV)1963PreparatoryCommitteeforNomenclatureofVirus

国际病毒命名委员会(ICNV)1966InternationalCommitteeforNomenclatureofVirus国际病毒分类委员会(ICTV)1973年InternationalCommitteeonTaxonomyofVirusICNV的宗旨：1、建立一个国际公认的病毒分类系统2、为各分类组群确定一个国际公认的名称3、通过举行会议、出版报告、交流病毒学家关于病毒分类和命名的最新结果

二、关于病毒密码程式cryptogram核酸类型核酸分子量病毒粒子外形寄主种类：：：核酸链类型核酸含量核衣壳外形传播方式/传播介体

R/1:2/5:E/E:S/ORNA/SS:200万Da/5%:截头杆状/截头杆状:种子植物/确切介体不详R/1:2.3/5+0.6-1.3/5:E/E:S/Ne(TRV)1966年，国际病毒命名委员会ICNV建立“编码子委员会”1977年终止三、病毒分类进展及最新分类系统病毒的命名与分类仍然很乱，不够统一命名：地名(马尔堡，布尼亚)、人名(Rous,Epstein&Barr)症状或病理特征(花叶，登革热，脊髓灰质炎等)病毒粒子形态(弹状、丝状等)宿拼字、字母、数字(Bromo,T4,ΦX174)分类：动物病毒分类等级——科、属、种植物病毒——组、亚组、种4、病毒最新分类系统：1999年第7次分类报告：3个目、64科、233属有尾噬菌体目caudovirales3科dsDNA单分子负链RNA目mononegavirales

4科-ssRNA套病毒目nidovirales2科+ssRNA未确定目55科未确定目、科（独立属）29属亚病毒感染因子：subvirus卫星病毒satellites类病毒viroids2科朊病毒prions不是所有病毒都必须隶属某个目，在没有适当目的情况下，科可以是最高的病毒分类等级2002年，在巴黎召开ICTV会议，产生6个新科，8个新属另有3个属名发生变化4、病毒最新分类系统：2005年第8次分类报告(1259页)：5450个病毒3个目；73科、11亚科；289属1950种最大特点：进一步明确了“种”作为病毒分类系统中的最小分类阶元，在每一个确定种下面列出了至少1个、至多几十个不同的分离物以及它们在GenBank上的登录号，增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系统树图，并将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科/属中，使读者对病毒粒子空间结构有更详细的了解。三、病毒分类进展及最新分类系统1、病毒“种species”的定义：Avirusspeciesisdefinedas“apolytheticclassofvirusesthatconstitutesareplicatinglineageandoccupiesaparticularecologicalniche”

构成一个复制谱系——系统进化特性(共同祖先）占据特定的小生境——特定的生物学特性、地理分布、寄主范围、致病机理等具有多个分类特征——多原则分类“Species”:一个基本分类单元，一大群表型特征高度相似，亲缘关系极其接近，与同属内其它物种有明显差异的菌株的总称。病毒命名的一般规则：病毒命名不是采用Linnaeus创立的双名法．地名、人名(如Rous、EB)症状或病理特征(如花叶、登革热、脊髓灰质炎)病毒粒子形态(如弹状、丝状、纺锤状)宿拼字、字母、数字(如T4)为了使病毒命名能够统一，ICTV在原有的病毒分类和命名规则的基础上，于1996年8月在耶路撒冷召开的第十届国际病毒大会上，公布了病毒分类和命名38条规则。1998年在ICTV常务委员会的提议下，又批准了41条新的分类和命名规则。（一般规则、种的规则、属的规则、科的规则…书写规则…）病毒命名的一般规则：1、分类和命名应是国际性的．并普遍适用于所有病毒；2、国际病毒分类系统采用目(order)、科(family)、亚科(subfamily)、属(genus)、种(species)分类阶元；3、ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际专家小组确定；4、人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予考虑，它们的分类由公认的国际专家小组负责；5、分类阶元只有在病毒代表种的特性得到充分了解和在公开出版物上进行过描述，以致于明确了它们的分类地位，并使其分类阶元与其他类似的分类阶元相区别时，才能确定；6、当病毒种有明确的科、而分属末确定时，这一病毒种在分类学上称为该科的未确定种(unassignedspecies)。病毒种的鉴别同一病毒属内不同病毒种的鉴别，主要依据下列7个特征：基因组序列的相关性；天然的宿主范围；细胞和组织的嗜亲性；致病和细胞病变特点；传播方式；生理生化性质；抗原特