第11章分类和鉴定.ppt

1、第十一章微生物的分类及鉴定，牙齿章节的内容，第一，分类单位2，命名规则3，分类鉴定方法4，微生物的分类系统，已记载的生物150多万种中，微生物有15万20万种。分类是理解客观事物的基本方法。我们要认识、研究和利用各种微生物资源，必须对它们进行分类。分类：根据特定原则(表型特征相似性或系统发展相关性)对微生物进行分类，根据相似性或相关性级别按系统排列，并说明每个分类群的特征，以便检查和确认未分类的微生物。(基于现有数据构建系统的过程)，分类学的具体任务是根据认证、分类、命名、命名：命名规定为每个分类群赋予唯一的名称。(分类系统构建过程的阶段之一)，认证(识别或识别):通过现有微生物分类系统，通过

2、特征测量确定未知或新发现的微生物或未明确分类的微生物应属于分类群的过程。(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)，微生物分类学：经典分类学(表型)，微生物系统学(亲缘关系，进化规律)，1。种类或以上的系统分类单位、系统、门、钢、颈、科；在域下重新划分界限。(见P262)，物种、生物分类的基本分类单位和分类等级。在高等生物中，“生殖隔离”被认为是区分物种的标准，微生物的种类：指具有非常特征相似性的菌群。牙齿菌群与其他菌株有明显的差异。2 .物种，p268，新物种：学名sp.nov或nov sp。典型菌株或模式菌株，物种的具体代表：叫“模式种”，亚速和指定模式种；以上分类单位指定模式中(typ

3、e genus)；模型菌株应送到菌种保存机构，以便准备考试和索赔。3 .物种以下的分类单位，1)子物种(subspecies)和变种(variety):2)类型(form或type):常指亚种以下的细分。同种或亚种不同菌株之间的性状差异不能分为新亚种时，可以细分为不同类型。(见P269)，例如抗原特征的差异徐璐分为不同的血清型。根据噬菌体分解反应分为不同的噬菌体，3)菌株(strain)。从自然界分离出来的所有微生物的纯培养物都可以称为一个菌株。实验方法(例如，通过诱发突变获得的某一菌株的变异型也可以称为新菌株，可以与原菌株区别开来)。菌株是微生物分类及研究工作中最基本的运行主体，菌株和性状没

4、有区别。菌株之间没有鉴别特征的差异，命名其他菌株不需要分类学依据。徐璐不同类型的细菌之间存在鉴别特征的差异，命名或鉴定不同类型的细菌必须有分类学依据。，枯草芽孢杆菌as 1.398，芽孢杆菌BF 7658，蛋白酶产生菌，-淀粉酶产生菌，2，微生物名称，微生物名称：俗称学例如：Bacillus可以缩写为“B”或“Bac”。分离的菌株仅被鉴定为属，未被鉴定为种子的情况下，sp。(单数)或spp。(多个)。例如，在Bacillus sp，(2)分类学文献中，学名=俗名宗名(第一地名)智慧地名地名年度必需(斜体)可省略(政体)(3)在三人法中有亚种或变种的时候，学名是三人法学名=俗名歌词subsp或v

5、ar亚种或变种的歌词斜体停滞(可省略)斜体(不能省略)，2 .一些常见微生物的学名应该熟悉微生物学教程P367-368。菌种鉴定阶段：获得测定纯培养物所需的鉴定指标，权威菌种鉴定手册分类鉴定方法：经典分类鉴定法、微生物遗传型鉴定细胞化学成分鉴定现代方法数值分类、(1)经典分类鉴定法、形态特征、生理学特征、生态学特征、经典鉴定指标：(见P263)，生活史、生活史当前API系统“enter otube”“bio log”全自动和手动系统，(2)现代分类鉴定方法，1。微生物基因型鉴定，特征：形态及生理生化特性比较；P265，(1) DNA碱基比例测定，“GC碱基比例”:(G C) mol%=(G C

6、 )/(A T G C) 100%，DNA碱基配置是各种生物的稳定特征，即使个体基因突变，碱基配置也发生了很大变化，a)每个生物种都有特定的GC%范围，可以用作分类评估的指标。细菌的GC%范围为25%到75%，变化范围最广，更适合于细菌的分类评价。b)GC%测量主要用于鉴定难以区分表型特征的细菌，用于验证表型特征分类的合理性，在分子水平判断物种的亲缘关系。C)使用原则：G C %的比较主要用于分类鉴定中傅晶、亲缘关系密切的生物，应具有类似的G C含量。如果不同生物的G C含量差异很大，则表明关系很远。但是具有相似G C含量的生物不一定表示它们之间有密切的亲缘关系。同一物种内不同菌株GC%含量的

7、差异必须在45%以下。同一物种的差异必须小于1015%。GC%含量已作为建立新的微生物分类单位的基本特征，对物种、属、甚至科的分类评价具有重要意义。形态及生理生化特性及两个类似菌株的GC%含量差异大于5%，将不会是同一物种。如果大于15%，就不会是同一个带。20世纪80年代以前，斯皮里兰不同种类的G C含量范围达3866%，此后伯杰氏手册(1984年)结合不同的特点，分为螺属、海洋螺杆菌三种。根据科举形态特征，微球菌属(Micrococcus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)被认为是关系非常密切的两种，长期放在一个科。G C含量的差异(分别为3038%，6475%)表明了亲缘关系。

8、艰难的菌株鉴定，新的物种命名，建立新的分类单位时G C含量是重要的必要鉴定指标。、分类学的意义主要是建立新分类单位的基本特征，将G C含量大不相同的种类排除在分类单位之外。G C含量比较主要用于分类鉴定中的否定。(2)核酸的分子杂交，徐璐其他生物DNA碱基排列顺序的相似性直接反映了生物之间亲缘关系的透视，碱基排列顺序的差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。直接分析和比较DNA的碱基序列，核酸分子杂交(hybridization)是徐璐其他微生物DNA碱基序列的相似性，P265，核酸分子交配：a)DNA-DNA交配；(比较亲缘关系相对较近的微生物之间的亲缘关系)，b)DNA-rRNA杂交

9、，(比较亲缘关系相对较远的微生物之间的亲缘关系)，C)核酸探针，(使用特异性探针快速识别细菌等)，(3)提高rRNA，核苷酸，基本原理：用RNA酶水解rRNA后，产生一系列寡核苷酸片段，如果两个茄子或两株微生物的亲缘关系越近，产生的寡核苷酸片段的序列也越相似，反之亦然。T1RNA酶水解(特异性水解G相三端磷酸酯结合)，纯化rRNA(32P标记)，一系列寡核苷酸片段(长度未以G结尾)，二维传记分离，rRNA寡核苷酸的指纹测定，寡核苷酸序列分析(6个核苷酸序列分析)，c)16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析。d)rRNA在细胞中的含量很大(细胞中约90%的RNA)，很容易提取。e)16SrR

10、NA普遍存在于真核生物和原核生物(真核生物的动分子为18 SRNA)中。所以它可以作为衡量任何种类生物进化的工具。利用p261，16SrRNA建立分子进化树的美国科学家卡尔沃斯根据16SrRNA序列分析，提出了“三动力学说”和生命的第三种形态古菌、动物界和植物界、原核生物和真核生物(20世纪60年代)。(1977，Carl Woese)、(bacteria)真核生物(Eubacteria)真核生物(Eukaryotes)、(1977，Carl Woese)、(Bacteria)as生命的起源和(Bacteria)as生命的起源克服了细菌分类只依赖形态学和生理生化特性的限制，建立了新的分类理论。

11、有些生物大分子，例如16SrRNA和18SrRNA，分子序列的变化量与分子进化的时间成正比，因此牙齿生物大分子用分子计时器真实地记录了各种生物的进化过程。通过比较徐璐不同群体生物大分子序列的变化量，可以确认彼此的系统发育相关性或进化距离。，分子计时器：p260，(4)微生物全基因组序列测定，2根据大量表现型的相似性进行统计，分类特性：使用尽可能多的性状，每个性状的同等重要计算相关系数Ssm或SJ: SSM=(A D)/(A B C D)P270，bergeys manual of determin ATI ve bacteriology(伯杰氏情感细菌学手册)，1980年代末，伯杰氏系统细菌学

12、手册(bergeys manual of systematic bacteriology)1957年第七板块以来，吸收了国际上细菌分类学者参与写作，其近代版反映了出版时代细菌分类学的最新成果，确立了国际上全面分类细菌的权威地位。4 .分类系统，1 .原核分类系统、蜂鸣器手册是目前细菌分类、识别的最重要依据，其特点是非常详细的描述，包括细菌各种物种的特征以及执行鉴定所需的实验的具体方法。2 .细菌分类系统，Ainsworth system of fungi，第七板块(1983年)第八板块(1995年)的影响力很大。1.分类单位(7级)种是基本分类单位2。命名1)学名的国际命名法对名法2)常见微生物的学名3。分