生物信息学

生物信息学Tag内容描述：<p>1、概念概念 生物信息学生物信息学 狭义：分子生物信息学，用信息技术存储、分析基因组、蛋白质组序列。 广义：指生物科学与信息科学与计算机科学、物理学、化学交汇融合的交叉学科。 信息信息：指能够消除人们不确定性的东西 。信息可以计算 Score：衡量匹配结果的质量，是相对的（与选取的计分依据有关） ，越高越好 E 值：值：expectation value 评估相似性，是绝对的，越低越好 P 值：值：P 0 表示越显著结果越可信， P 结果随机产生的可能性越大） 是指获得至少与两条无关序列间的偶然相似性一样高的分值的概率，低 P 值表明重 要的匹配。</p><p>2、,1,.,2,生物信息学课件,吴晓龙,.,3,讲述内容,一、生物信息学和我的实验室二、NCBI数据库,.,4,一、生物信息学和我的实验室,.,5,生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics。</p><p>3、第6章表达序列标签ExpressedSequenceTags(EST),一、表达序列与表达序列标签,什么是表达序列?基因组表达为mRNA的序列,中心法则,EST的获得技术路线,表达序列标签（expressedsequencetag,EST）,从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5末端或3末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列。</p><p>4、大学专业介绍之生物科学类3（生物化学与分子生物学、医学信息学、动物生物技术、生物安全）7生物化学与分子生物学本专业培养学生掌握生物化学与分子生物学的理论和方法，成为适宜从事科研、教学以及在医药、食品、农业、环保等行业工作的高级专业人才。主要课程：生物化学、微生物学、遗传学、细胞生物学、分子生物学、生物制药学、基因工程、发酵工程、酶工程和细胞工程、计算机基础等。8医学信息学本专业培养德智体全面发展的具有基础医学、临床医学、计算机技术、信息科学与管理科学等方面知识，具有信息技术在医学中应用、研究和开发。</p><p>5、生物信息学 1 生物信息学 说文解字：生物 + 信息 + 学 (bioinformatics) biology + information + theory 广义 应用信息科学的方法和技术，研究生物体 系和生物过程中信息的存贮、信息的内涵和信 息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器 官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息 ，或者也可以说成是生命科学中的信息科学。 狭义 应用信息科学的理论、方法和技术，管理 、分析和利用生物分子数据。 2 生命信息系统 生物所处的时空系统 物质系统，信息传递与控制，能量 3 相关学科图示 4 广义概念图示 5 狭义概念图示 6 总结：生物信息。</p><p>6、第6章表达序列标签ExpressedSequenceTags(EST),一、表达序列与表达序列标签,什么是表达序列?基因组表达为mRNA的序列,中心法则,EST的获得技术路线,表达序列标签（expressedsequencetag,EST）,从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5末端或3末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列。</p><p>7、一、名词解释：1.生物信息学： 研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。4.genbank序列格。</p><p>8、生工生工 12021202 生物信息学考试参考资料生物信息学考试参考资料 1 1、生物信息学的主要应用有哪些？、生物信息学的主要应用有哪些？ 生物信息学数据库：数据库建立、数据库整合和数据挖掘 序列分析：序列比对、基因序列注释 其他：比较基因组学、基因和蛋白质的表达分析、生物芯片大规模功能表达谱的分 析、蛋白质结构的预测、蛋白质与蛋白质的相互作用、生物系统模拟、代谢网络建模分析、 计算机进化生物学、生物多样性研究、合成生物学 2 2、生物学数据库有哪些特点？、生物学数据库有哪些特点？ 数据库的更新速度不断加快、数据量呈。</p><p>9、生物信息学复习资料陈芳 宋东光教材：生物信息学简明教程（钟扬编）1 绪论分子生物学与计算机、信息科学的结合生物信息学(Bioinformatics);Bioinformatics is the science of storing, extracting, organizing, analyzing, interpreting, and utilizing information from biological sequences and molecules. 生物信息学及其分支学科分子生物信息学(molecular informatics)即狭义的生物信息学，指应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据；生物信息学(bioinformatics)广义的生物信息学指生命科学与数学、计算机科。</p><p>10、生物信息学Bioinformatics第2讲生物信息学研究内容,主讲教师：刘吉平liujiping2004年3月,生物信息学,主要介绍的内容：什么是生物信息学？国内外生物信息学的研究历史和现状。生物信息学的研究内容和科学目标。分别解读生物分子的三大核心数据库：GenBank核酸序列数据库、SWISS-PORT蛋白质序列数据库、PDF生物大分子结构数据库。介绍国内外有关生物信息学的网站和网址。,生。</p><p>11、2012 生物信息学复习题一、选择题1. 根据 PAM 打分矩阵，下列哪个氨基酸最不容易突变？A) 丙氨酸Ala B) 谷氨酰胺Gln C) 甲硫氨酸 D) 半胱氨酸CysAla100，Gln93,Met94,Cys202. 下列哪个句子最好描述了两序列全局比对global alignments和局部比对local alignments的不同？A) 全局比对通常用于 DNA 序列，而局部比对通常用于蛋白质序列； B) 全局比对允许间隙，而局部比对不允许间隙；C) 全局比对寻求全局最大化，而局部比对寻求局部最大化； D) 全局比对比对整条序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列3. 与 PAM 打分矩阵比较，BLOSUM 打分矩阵。</p><p>12、大数据背景下生物信息学课程教学的SWOT分析摘要：生物信息学是一门以计算机为工具对生物信息进行存储、检索和分析的课程，应用前景广阔，大数据是一种新的研究模式和应用生态系统，它改变了之前以个别案例为基础的研究方式，更多地使用大规模的数据作为研究驱动。本文运用SWOT分析方法对医药院校生物信息学课程教学进行分析，制订适合医药院校发展的课程战略。 下载 关键词：SWOT分析 生物信息学 课程教学 中图分类号：G642 文献标识码：A 20世纪80年代初，美国旧金山大学的管理学教授韦里克提出SWOT分析，即优势（strength）、劣势（weak。</p><p>13、生物信息学,第三章序列比对,为什么要序列比对？,寻找进化过程中的同源序列;基于同源物鉴定的功能预测;基本假设：序列的保守性功能的保守性注意：1.蛋白质一般在三级结构的层面上执行功能；2.蛋白质序列的保守性决定于其编码DNA的保守性；,通常,本章内容提要,第一节：数学基础：概率及概率模型第二节：双序列比对算法的介绍Dotmatrix动态规划算法(Needleman-Wunsch,Smith-Wat。</p><p>14、生物信息学,第三章序列比对,为什么要序列比对？,寻找进化过程中的同源序列;基于同源物鉴定的功能预测;基本假设：序列的保守性功能的保守性注意：1.蛋白质一般在三级结构的层面上执行功能；2.蛋白质序列的保守性决定于其编码DNA的保守性；,通常,本章内容提要,第一节：数学基础：概率及概率模型第二节：双序列比对算法的介绍Dotmatrix动态规划算法(Needleman-Wunsch,Smith-Wat。</p><p>15、生物信息学课程教学大纲课程编号：课程名称：生物信息学总学时数：28学时实验学时：0学时先修课及后续课：先修课有普通生物学、生物化学、微生物学、细胞生物学、遗传学、基因工程、分子生物学。一、说明部分1、课程性质 生物信息学是生物工程专业的选修课程，适宜于已有生物化学和分子生物学基础的学生。生物信息学是一门交叉学科，是现代生物学研。</p><p>16、一、名词解释：1.生物信息学： 研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。4.genbank序列格。</p>