FCS Express中文使用手册V3 0

FCS ExpressData Analysis Software for Flow Cytometry中 文 使 用 手 冊 V 3.0美 商 必 帝 股 份 有 限 公 司 台 灣 分 公 司 Tel : 02-27225660 Ext 241Easily Print / Save Experiment Layout讓 用 戶 可 輕 地 編 輯 實 驗 版 面 。多 種 統 計 、 圖 像 輸 出 方 式 ，適 用 於 科 學 文 、 口 頭 發 表 。學 習 本 章 後 應 能 夠 ：用 FCS Express V3 分 析 式 據 。繪 製 和 應 用 Gate（ 圈 選 門 ）。應 用 Quadrant 工 具 產 生 四 象 限 統 計 資 、 輸 出 。批 次 分 析 ， 並 將 統 計 結 果 輸 出 爲 Excel 試 算 表 。以 多 種 工 具 輸 出 圖 像 、 實 驗 面 版 。應 用 Marker 工 具 產 生 直 方 圖 統 計 資 。BD Biosciences 1簡 介FCS Express V3 是 一 在 Windows 98/NT/ME/2000/XP 環 境 下 運 作 的 式 據 分 析 軟體 ， 由 加 拿 大 商 De Novo Software 公 司 銷 全 球 ， David Novo 及 其 團 隊 所 研 發 設 計 。 FCSExpress V3 適 用 於 分 析 本 公 司 所 有 式 細 胞 儀 產 出 的 據 檔 案 ， 含 FACScan、 FACSort、FACSCalibur、 FACSCanto、 FACSArray、 FACSAria、 LSR 系 機 型 。 只 需 將 產 出 的 listmode的 據 檔 ， FCS2.0 或 3.0 皆 可 ， 直 接 放 入 隨 身 碟 、 或 燒 光 碟 ， 再 到 個 人 電 腦 用 FCSExpress V3 軟 體 執 分 析 。FCS Express V3 機 分 析 軟 體 在 公 共 儀 器 使 用 ， 可 增 加 式 細 胞 儀 使 用 效 能 。 特 別 在儀 器 使 用 高 峰 期 ， 用 戶 往 往 沒 辦 法 預 約 到 足 夠 時 間 同 時 上 機 檢 測 樣 品 與 分 析 實 驗 據 。 我們 建 議 將 上 機 所 得 據 存 放 至 PC 相 容 之 媒 體 （ 磁 片 、 或 隨 身 碟 ）， 再 攜 至 自 己 實 驗 室 之 個人 電 腦 ， 用 FCS Express V3 軟 體 進 機 分 析 。 FCS Express V3 軟 體 提 供 使 用 者 雙 色 或多 色 分 析 功 能 ， 除 可 以 製 作 一 維 直 方 圖 、 二 維 散 點 圖 、 密 圖 、 等 高 線 圖 、 及 三 空 間 圖譜 外 ， 可 作 文 字 處 之 中 間 插 圖 ， 亦 可 將 各 圖 譜 或 統 計 資 輸 出 至 其 他 相 關 進 階 功 能 軟體 ， 如 Acrobat Pdf, Microsoft Word, PowerPoint, Excel， 適 用 於 文 發 表 ， 及 會 議 報 告 使用 。請 進 範 習 。 此 外 教 學 光 碟 中 有 七 個 教 學 影 片 ， 包 含 進 階 功 能 如 AutomaticCompensation、 Using Text Boxes、 Using Gates、 Using Quadrants、 Exporting Data、Importing FACSDiva、 Exporting PPT and PDF， 歡 迎 多 加 用 。BD Biosciences 2範 習請 上 網 / 下 載 Demo 版 軟 體 ， 可 隨 即 進 安 裝 工 作 。 下載 Demo版 軟 體 前 須 先 註 冊 ， Denovo 公 司 會 寄 試 用 碼 到 個 人 e-mail 信 箱 ， 將 試 用 碼 轉 存到 C:Program FilesDe Novo SoftwareFCS Express V3次 目 中 ， 即 可 試 用 這 個 超 優 的 式 分 析 軟 體 。從 事 範 習 之 前 ， 請 本 公 司 用 戶 用 隨 身 碟 到 HD:/BD Applications/CellQuestPro/Sample Files/ 下 複 製 十 二 個 預 存 據 檔 Norm001-012， 或 用 自 己 預 存 的 式 據 檔 習 。 將 Norm001-012 複 製 至 C:Program FilesDe Novo SoftwareFCS Express V3CQPro 次 目 中 ， 可 供 範 習 之 用 。1. 開 啟 FCS Express 軟 體1. 軟 體 安 裝 完 成 後 ， 軟 體 集 中 應 有 FCS Express V3的 ICON， 可 點 擊 該 ICON 啟 動 FCSExpress。 啟 動 軟 體 ： 開 始 軟 體 集 FCS Express V3 FCS Express V3。 如 圖 。BD Biosciences 32. 軟 體 開 啓 後 ， 會 出 現 一 User Selection 對 話 框 。 首 次 使 用 者 請 點 擊 New User， 然 後 輸入 自 已 的 英 文 名 字 或 代 碼 ， 再 點 擊 OK。3. 已 建 檔 者 ， 則 可 點 選 個 人 的 代 碼 登 ， 再 點 擊 Select， 如 下 圖 。 這 樣 建 檔 代 碼 的 優 點 ， 在於 用 戶 可 以 依 自 已 習 慣 預 設 分 析 模 式 ， 編 輯 Edit Preferences， FCS Express 軟 體 會 記得 ， 有 點 客 製 化 使 用 介 面 的 功 能 。BD Biosciences 44. 建 檔 代 碼 後 ， 正 式 進 入 FCS Express 軟 體 螢 幕 。 FCS Express 介 面 的 右 半 頁 會 有 一Getting Started 工 作 區 ， 用 戶 在 此 可 選 擇 編 輯 一 新 實 驗 版 面 New 、 或 開 啓 舊 存 版 面 Open 。5. 如 用 戶 選 擇 Click here to create a blank layout。 FCS Express 介 面 的 右 半 頁 轉 換 成 PageLayout 實 驗 版 面 選 單 。 我 們 建 議 您 先 從 中 選 擇 雙 圖 習 ， 如 下 圖 。BD Biosciences 52. 編 輯 實 驗 面 版1. 選 擇 雙 圖 後 ， 實 驗 版 面 上 會 出 現 個 Click to insert plot 工 具 板 。 FCS Express 軟 體 主 要有 種 圖 形 ， 它 們 依 序 是 直 方 圖 、 單 色 散 點 、 彩 色 散 點 、 等 高 線 、 密 、 假 3D 圖 。2. 從 實 驗 面 版 中 點 擊 彩 色 散 點 圖 圖 示 。 並 在 隨 後 出 現 的 Select an FCS File 對 話 框 中 ， 去 瀏覽 至 CQ Pro 範 據 ， 徑 為 C:Program FilesDe Novo SoftwareFCS Express V3CQPro。 載 入 Norm001 據 ， 點 擊 Open 開 啓 檔 案 。3. 隨 後 會 出 現 一 Open 2D Plots 對 話 框 。 X 軸與 Y 軸 項 會 出 現 預 設 值 FSC-H 與SSC-H， 確 認 無 誤 之 後 ， 點 擊 OK 完成 。 實 驗 面 版 會 出 現 一 個Norm001 的 FSC/SSC 散 點 圖 。BD Biosciences 6可 用 鼠 修 改 圖 譜 大 小Note： FCS Express 有 種 區 域 工 具 ， 分 別 依 序 是 圓 形 、 正 長 方 形 、 多 角 形 、 隨 手 自 由 畫 、直 方 圖 Marker 轉 化 、 與 四 象 限 轉 化 區 域 。4. 我 們 在 此 習 自 由 畫 形 ， 如 下 圖 ， 點 Create FreeForm Gate 鈕 。 將 鼠 移 至 FSC/SSC散 點 圖 上 ， 並 沿 著 主 要 細 胞 聚 周 邊 畫 出 範 圍 。 完 成 區 域 界 定 後 ， 軟 體 會 問 你 是 否 產 生 一new gate 圈 選 門 ， 並 需 輸 入 相 關 命 名 ， 請 鍵 入 lymphocyte ，按 OK。5. 由 於 本 圖 為 彩 色 散 點 圖 ， lymphocyte 區 域 中 的 細 胞 會 呈 現 預 設 的 紅 色 (如 果 Gate 26 同時 存 在 ， 則 分 別 預 設 成 、 紫 、 墨 、 黃 、 棕 色 )。 同 時 圖 右 上 方 會 有 legend 明 。 我 們在 此 將 以 lymphocyte 區 域 習 據 分 析 。BD Biosciences 76. 從 實 驗 面 版 第 二 個 Click to insert plot 工 具 板 中 ， 點 擊 彩 色 散 點 圖 。 並 在 隨 後 出 現 的 Selectan FCS File 對 話 框 中 ， 點 選 Norm001 據 ， 點 擊 Open 開 啓 同 一 檔 案 。 指 定 顯 示該 檔 案 的 FL1-H 對 應 FL2-H， 並 以 lymphocyte 圈 選 。 點 擊 OK 完 成 一 個 圈 選lymphocyte 後 的 FL1/ FL2 散 點 圖 。 Norm001 檔 案 為 本 組 實 驗 之 陰 性 對 照 組 ， 我 們 將 以之 界 定 陰 性 與 陽 性 之 界 限 。7. 將 Cursor 移 至 FL1-H/FL2-H 圖 中 空 白 處 ， 按 鼠 右 鍵 會 顯 示 Pop-Up 工 作 單 。 從 Pop-Up工 作 單 中 ， 選 取 Show Quadrants 工 具 ， 然 後 在 十 字 中 心 處 點 擊 並 拖 曳 至 定 點 ， 一 般 而言 是 緊 挨 著 陰 性 細 胞 聚 ， 圖 的 十 字 中 心 應 在 （ 10, 10） 的 位 置 。BD Biosciences 88. FL1/ FL2 散 點 圖 現 在 被 區 隔 出 四 個 象 限 ， 並 自 動 顯 示 出 各 象 線 中 細 胞 所 佔