TCGA癌症数据库介绍专题ppt课件

TCGA数据库介绍专题 目录 前言01 xx TCGA- THE CANCER GENOME ATLAS cancer Genome Transcri ptome ClinicEpigenome Proteo me 癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average / 数据产生历 程 02 xx TCGA数据的产生历程： 1. 组织样本和临床数据来源网站 (TSS)收集的数据发送到 Biospecimen核心资源 (BCRs)。 2. BCRs提交临床数据和元数据到 数据协调中心 (DCC)和测序中心 (GSCs),获取组织变异数据 ,然后 提交给 DCC。 3. GSCs提交跟踪文件 ,序列比对 后文件到癌症基因组学中心 (CGHub)。 4. 提交给 DCC和 CGHub的数据可 供研究团队和基因组数据分析中 心 (GDACs)使用。 5. 分析 pipeline以及由 GDACs产 生的数据结果通过 DCC保存到研 究社区（ community）中。 /abouttcga/overview BARCODE解读03 xx 详细请见： /display/TCGA/TCGA+barcode DATA TYPES AND LEVELS04 xx DATA TYPES Data Level Level Type Description 1 Raw Low-level data for single sample 单个样本的低级数据单个样本的低级数据 Not normalized 未标准化未标准化 2 Processed Normalized single sample data 标准化的单个样本标准化的单个样本 Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalities 解释异常的个体解释异常的个体 3 Segmented/ Interpreted Aggregate of processed data from single sample 单个样本整合在了一起单个样本整合在了一起 Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases) 根据根据 probe的位置分组的位置分组 4 Summary/Regio ns of Interest (ROI) Quantified association across classes of samples 量化关联类的样本量化关联类的样本 Associations based on two or more 两个或多个的关联两个或多个的关联 Molecular abnormalities 分子水平的异常分子水平的异常 Sample characteristics 样本特性样本特性 Clinical variables 临床变异临床变异 DATA LEVLES 注意： 低水平的测序数据存储在 CGHub /, 申请下载 时需要 DUNS number. The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing, cataloging, and accessing cancer genome sequences, alignments, and mutation information from the Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium and related projects. 目前已有的癌 症种类 05 癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average 详细见： TCGA publication guideline, /publications/publicationguideli nes 数据下载及 解读 06 xx 最简单的方法： /tcga/tcgaHome2.jsp 第 1封邮件通知下载申请已经提交 第 2封给出下载链接 Step4 Step 4 文件内容 File_manifest.tx