PUBMED数据库检索方法 吴华彰.ppt

PubMed文献检索 遗传学教研室 吴华彰 PubMed是个什么样的数据库? PubMed如何使用? 检索技巧与操作 PubMed数据库简介 我们检索的PubMed是学校购买的吗？ PubMed是美国国立医学图书馆开发的生物医学信息书 目数据库MEDLINE的免费网络版 PubMed包含多少种期刊，能覆盖全部的医学领域吗？ 可检索1950年以来世界70多个国家和地区出版的5,500余种生物医 学期刊上发表的文献 内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生 、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、 社会医学等领域。 NLM National Library of Medicine ( 美国国立 医学图书 馆） NCBI National Center for Biotechnology Information (美国国家生物 技术信息中心 ） ENTRE Z PUBMED Nucleotide Structure Genome Popset OMIM Protein PubMed生物医学文献 Nucleotide核苷酸序列数据库 Protein蛋白质序列数据库 Structure大分子三维蛋白质结构 Genome完整的基因组汇编 Popset以DNA和Pro.分析生物间的进化关系 Taxonomy分类学数据库 OMIM孟德尔人类遗传学数据库 Books生物医学网络版图书 Probeset基因表达选集 3D Domain特定功能域三维结构 Entrez系统包含的数据库 PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMed PubMed - indexed for MEDLINE 属于Medline收录范围，建立ti、 au、ab等基本书目信息。 （暂）不属于Medline收录 范围，但也建立ti、au、ab 等基本书目信息。 赋予MeSH、PT等字段并被index。 PubMed数据库简介 PubMed和Medline的区别？ PubMed文献包括三部分: Medline文献 占据绝大部分 OldMedline 1966年以前的Medline文献 非Medline文献 Medline收录期刊的非生物医 学文献及最新文献。 PubMed与Medline 指标标 检检索系 统统 检检索年限收录录范围围检检索方法检检索结结果 Medline 1965 上个月Medline (IM、IDL、 INI） 专业专业 性 要求高 部分有全 文链链接 PubMed 1949本周Medline、 Premedline、 Publisher 简简化 部分有电电 子期刊全 文链链接 检索词输入框 使用指南 使用工具 辅助检索 Nucleotide(DNA序列)数据库 Protein氨基酸（蛋白质）序列数据库 Genome(基因组序列)数据库，提供所有基因与染色体纪录与 图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的 基因排序工作得来的。 Structure（分子结构模型）数据库，这个数据库保存的是由X 线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。 OMIM(人类孟德尔遗传学)在线数据库。 PMC可链接到NCBI 提供的免费全文期刊。 检索途径与方法 基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 限定检索 - Limits Search 主题词检索 - MeSH Browser 特定文献查找- Citation Matcher 临床查询 Clinical Queries 检索特点 检索运算符AND、NOT、OR必须大写。 (vitamin c OR zinc) AND common cold 支持截词检索（*），但对词组无效。 如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、 bacterium等最多600个单词。 截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动 扩展功能将不再被执行，如：heart attack 将不映射 到 MeSH 词 Myocardial Infarction。 截词检索可以截词检索可以 扩大检索范围扩大检索范围 提高查全率。提高查全率。 bacter*bacter*TITI 检索特点 强制检索：双引号 “ ” 或限定字段 “endocrine disruption ” endocrine disruption 注意：所有的 “ ”、*、 ( )、- 都必须是英文状态下 输入。 单词检索 综述类文章总篇数 可免费获得全文数 cancer 检索出文章总篇数 词组检索/短语检索 特定字段检索 常用检索字段 检索格式：检索词字段标识 电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称 最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号 作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的 分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 字段检索之题名检索 字段检索之刊名检索 字段检索之著者检索 自由词检索：检索某一作者发表的文献 作者姓名书写格式 西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name 。 美国肯尼迪总统名为： John Frank Kenedy，Kenedy为 Last name（姓）。 Frank为Middle name，比较少看到，多看到 John F. Kenedy，中间名缩写了。 如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如： Kenedy, John F. 基本检索：检索某一作者发表的文献 2、作者姓名书写格式 中国人姓名格式：Last name、First name。如：钟世镇，就有 如下拼写形式可供检索： Zhong shi-zhen； Zhong，shi zhen Zhong，shi-zhen zhong sz 基本检索：检索某一作者发表的文献 Barry J. Marshall J. Robin Warren v检索某作者发表的文献： Marshall BJ Warren JR 输入采用姓前名后，姓全拼，名缩写 02年以后实现了作者姓名智能转换，可用全拼姓名 检索（仅限于02年以后的文献）。 作者全名检索 在作者全名后加上字段标识符fau即可，有两种形式： zou quanmingfau或quanming zoufau 第一作者检索 在作者姓名后加上字段标识符1au即可。检索彭曦以第 一作者发表的文章。 如要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献，可以在基本检索输入框中 输入：cancer AND (diagnosis OR therapy)，点击“Go”进行检索。 复合检索式检索(AND、OR、NOT) PUBMED检索机制及规则 词汇的自动转换功能 PUBMED具有自动词语匹配功能，系统将按顺序自动使 用如下3种索引，对检索词进行转换后再进行检索。 Mesh转换表、刊名转换表、著者索引。如果在Mesh表 找到相匹配的主题词，系统用Mesh词和Text Word进行 OR组配检索。 采用检索词自动转换系统，文本词和 主题词各检索一次，查全率高，但是 检索结果的相关性会下降！ aspirin 强制检索 十年间发表的人类乙肝疫苗 临床试验研究的英文文献？ 限定检索 限定检索 限定检索 条件限定检索 v 生物体和性别的限定 v 语种和子集的限定 v 文献类型和年龄组的限定 例：检索2002-2008年有关2-12岁儿童肺炎(pneumonia)的 综述文献 高级检索 通过作者、杂志、关键词（标题、摘要或全文）、发表年 份、语种等方面，结合“AND”、“OR”进行限定性的检索。 高级检索（advanced search) 请在PubMed数据库中检索南方医院(Nanfang Hospital, nan fang hospital)发表的篇名中含有糖尿病(diabetes)的文献 高级检索（advanced search) 选择正确的检索式： Nan fang hospital AND diabetes Nan fang hospital AND diabetesti Nan fang hospital OR nanfang hospitalad AND diabetesti Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad AND diabetesti (Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad) AND diabetesti PubMedPubMed主题检索主题检索 医学主题词表数据库(MeSH Database) 医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引 和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检 索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可 以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用， 显示主题词之间的相互关系。 医学主题词表数据库(MeSH Database) 利用主题词进行检索方法: 1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面； 2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词； 3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词； 4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览 窗口； 5、点击Search PubMed将显示检索结果。 PubMedPubMed主题检索主题检索 主题词数据库主题词数据库 在在PubMedPubMed首首 页导航栏的右页导航栏的右 下角下角 主题词数据库主题词数据库 PubMedPubMed主题检索主题检索 输入普通词输入普通词 查找对应主题词查找对应主题词 MeSHMeSH 主题词检索可主题词检索可 以指导用户高以指导用户高 质量地检索医质量地检索医 学文献学文献 PubMedPubMed主题检索主题检索 一般一个主题一般一个主题 词还要配合一词还要配合一 个副主题词进个副主题词进 行组合检索行组合检索 选择副主题词选择副主题词 PubMedPubMed主题检索主题检索 Search Box with ANDSearch Box with AND 点点Sent toSent to 将将 检索词添加到检索词添加到 检索表达式浏检索表达式浏 览窗口览窗口 PubMedPubMed主题检索主题检索 Search Search PubMedPubMed 主题词检索可主题词检索可 以达到比较满以达到比较满 意的查全率和意的查全率和 查准率查准率 PubMedPubMed主题检索主题检索 主题词检索是主题词检索是 在有主题标引在有主题标引 的的MedlineMedline数数 据库中检索据库中检索主题词检索结果主题词检索结果 PubMedPubMed主题检索主题检索 普通词不是规普通词不是规 范化的主题词范化的主题词 检索结果相关检索结果相关 度低度低 普通普通词检索结果词检索结果 PubMedPubMed主题检索主题检索 临床查询检索临床查询检索 “Clinical queries”Clinical queries”是专门为临床医生研究设计的内置的 是专门为临床医生研究设计的内置的 临床方法学临床方法学“过滤器过滤器” ” （Clinical Methodology FiltersClinical Methodology Filters），）， 这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人 员员Haynes RBHaynes RB等人在等人在19941994年提出来的，并进行了查全率和查准率年提出来的，并进行了查全率和查准率 分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检 索策略，即可检索所需的临床研究文献。索策略，即可检索所需的临床研究文献。 使用方法: 1、点击主页左侧导航栏的Clinical Queries进入临床查 询页面； 2、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定 检索结果是查全(sensitive)，还是查准(specific)； 3、点击GO按钮执行检索。 例如：检索“鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的 研究文献” 临床查询检索临床查询检索 临床查询在临床查询在 PubMedPubMed首首 页导航栏的页导航栏的 中间部分中间部分 临床查询临床查询 临床查询检索临床查询检索 临床查询主要临床查询主要