[农业]论文栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究.doc

论文：栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究【中文摘要】栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北部沿海一个非常重要的养殖种类。物理图谱是基因组测序、基因绘图、遗传改良和选育的关键工具。本课题组在BAC文库基础上构建了栉孔扇贝物理图谱,我们采用ABI 3130xl测序仪对两个BAC库总共81,408个BAC克隆进行了指纹分析。经过数据处理,我们最后得到了3,072条contig片段,每个contig平均包含41.2个克隆,平均大小521Kb,所有contig加起来总长度接近1.6Gb,覆盖1.3倍基因组。为了验证物理图谱contig组装的正确性,我们利用BAC-FISH技术将包含栉孔扇贝核苷二磷酸激酶基因(NDPK)的两个BAC克隆定位到染色体同一位置上;而在物理图谱上,这两个BAC克隆也是位于同一条contig上。BAC克隆的共定位结果从一个角度直观地证明了图谱组装的正确性。同时,核苷二磷酸激酶是一类存在广泛、高度保守,在细胞能量和信息传递中具有重要作用的酶,NDPK基因的染色体定位将对深入研究该基因的结构、功能以及应用于生产实践提供理论支撑。物理图谱的构建及低拷贝基因定位工作,将对栉孔扇贝基因组和染色体的深入研究以及图谱整合、染色体鉴别、图位克隆等工作.【英文摘要】Zhikong scallop(Chlamys farreri) is one of most economicly important aquaculture species in China. Physical map is a crucial tool for genome sequencing, gene mapping, genetic improvement and selective breeding. We have developed a genome-wide, BAC-based physical map for the species recently. A total of 81,408 clones from two scallop BAC libraries were fingerprinted using ABI 3130xl Genetic Analyzer. After Data processing, A total of 3,072 contigs were assembled. Each contig contains an average of 41.2 clone.【关键词】【英文关键词】【目录】栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究摘要5-6Abstract6第一章 文献综述7-22第一节 栉孔扇贝7-91.1 栉孔扇贝简介71.2 栉孔扇贝的基因组学研究7-9第二节 细胞遗传图谱的研究进展9-10第三节 荧光原位杂交技术10-223.1 FISH 原理103.2 BAC-FISH 技术10-133.3 FISH 技术的应用133.4 FISH 技术的应用13-22第二章 栉孔扇贝高密度物理图谱的构建22-301 材料与方法22-242 结果（详见本课题组研究论文Zhang et al., 2011）24-283 讨论28-30第三章 利用FISH 技术研究栉孔扇贝BAC 克隆的共定位30-44第一节 栉孔扇贝185 核糖体RNA 基因的染色体定位30-351.1 材料与方法30-331.2 结果33-341.2.1 探针合成331.2.2 18SrDNA 的 FISH 定位33-341.3 讨论34-35第二节 栉孔扇贝NDPK 基因的BAC-FISH 定位35-412.1 材料与方法35-372.2 结果37-392.3 讨论39-41第三节 栉孔扇贝BAC 克隆的共定位41-443.1