实验一数据库的使用及序列比对.ppt

实验一 数据库的使用及序列比对 实验目的 1、掌握目前常用的数据库及相关网站 2、掌握序列比对工具BLAST、FASTA的使 用方法。 内容 1.进入生物信息学中常用的一级数据库和二 级数据库网站，了解网站提供的服务信息 。 2.根据给出的序列，利用BLAST、FASTA程 序在数据库中进行学列比对。 序列一 (NCBIblast网址： /BLAST/） lesson.seq.screen.Contig34 TTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGCCAGTTTTTTTTTTTATTTGTAAAGCTCTGCCATAAACTTCTAGCGTGTGCCAATGGTCACCTGCCACACT CGCACCAGGTTGTCCGTGTAGCCAGCAAACAGAGTCTGGCCATCAGCAGACCAGGCCAGGGAGGTGCACTGGGGTGGTTCTGCCTTGCT GCTGGTACTGATAACTTCTTGCTTCAGTTCATCTACAATGATCTTTCCCTCTAAATCCCAGATCTTGATGCTGGGGCCTGTGGAGCACA CAGCCAGTAGCGGTTAGGGCTGAAGCACAGGGCGTTGATGATGTCCCCACCATCTAGCGTGTAAAGGTGTTTGCCTTCGTTGAGATCCC ATAACATGGCCTGGCCATCCTTGCCTCCAGAAGCACAGAGGGATCCATCTGGAGAGACAGTCACCGTGTTCAGATAGCCTGTGTGGCCA ATGTGGTTGGTCTTCAGCTTGCAGTTAGCCAGGTTCCATACCTTGACCAGCTTGTCCCAGCCACAGGAGACGATGATAGGGTTGCTGCT GTTGGGCGAGAAGCGGACACAAGACACCCACTCTGAGTGGCTCTCATCCTGGACAGTGTATTTGCACACACCCAGGGTATTCCATAGCT TGATGGTTTTATCTCGAGATCCAGAGACAATCTGCCGGTTGTCAGAGGAGAAGGCCACACTCAGCACATCCTTGGTATGGCCCACAAAT CGCCTCGTGGTGGTGCCCGTTGTGAGATCCCAGAAGGCGCAGGGTTCCATCCCAGGAGCCTGAGAGGGCAAACTGGCCATCTGAGGAGA TAACCACATCACTAACAAAGTGGGAGTGACCCCGCAGAGCACGCTGTGGAATTCCATAGTTGGTCTCATCCCTGGTCAGTTTCCACATG ATGATGGTCTTATCTCGAGAGGCGGAGAGGATCATGTCCGGGAACTGCGGGGTAGTAGCGATCTGGGTTACCCAGCCGTTGTGGCCCTT GAGGGTGCCACGAAGGGTCATCTGCTCAGTCATGGCGGCGGCGAGAGCGTGTTCGCTGCAGCGACGAGGATGGCACTGGATGGCTTAGA GAAACTAGCACCACAGTCGACC 序列二 query_seq MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWF TALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSP RWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQ LPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMAS GGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTAT KQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMS RIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKK KTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADST QA 具体步骤 1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果 作业 将序列一和序列二在数据库中查询的结果 分值最高的前十个序列信息整理到word文 档中，发到邮箱61452112 在文件名中写清楚班级、学号、姓名 选择物种 选择blast程序 选择数据库 序列或目标序列的GI号 以文件格式上传 与核酸相关的数据库 与蛋白质相关的数据库 这里一般都是默认值 点击这里有更详细的参数设置 显示的最大结果数 E值 配对与错配 空位罚分 进行比对的数据库 图形化结果 blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了， E值越小也是这样 最大序列 相似度 序列覆盖 度 最大评分 随机匹配 的可能性 Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分 ，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和 的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越 高则Score值越大。 E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残 基（或碱基）随机排列的序列进行打分，得到 上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机 情况下得到该Score值的可能性越低。 E值（Exp