医学类光合细菌分类鉴定及保存课件

光合细菌分类、鉴定及保存,宁波大学生命科学与生物工程学院,光合细菌应用中存在的问题 光合细菌分类学进展 宁波大学在光合细菌方面的研究 第二届分子微生物生态研讨班,光合细菌应用中存在的问题 菌种不纯 菌种鉴定不准 实验环境因子复杂,实验数据缺乏统计学分析 应用效果评价困难 光合细菌分类学进展 宁波大学在光合细菌方面的研究 中国生态学会微生物生态专业委员会宁波大学培训基地,光合细菌分类鉴定研究进展,伯杰细菌鉴定手册 Bergeys Manual of Determinative Bacteriology 1923年第1版 1974年第8版 1994年第9版 都停留在对光合细菌的形态生理描述上,所有的光合细菌都被单独放到红螺菌目1个目中,红螺菌目 红螺菌科 外硫红螺菌科 绿硫菌科 绿色丝状细菌,伯杰氏系统细菌学手册,近年的分子系统学研究表明,紫色非硫细菌的系统发育是多起源的,分散在变形菌门和两个纲的多个科中,与非光合细菌的系统发育混杂在一起。现在认为,光合器官的性质对种的鉴定还是重要的,但对较高分类阶元,如科、目等则没有太大意义。 伯杰氏系统细菌学手册 Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 1989年,第1版 2001年,第1版 以后的国际分类学权威书籍中,光合细菌的分类采用了完全不同的分类系统。,产氧光合细菌 蓝细菌门 (产氧光养细菌) 光合细菌,所有的紫色非硫细菌分属于变形菌门的、两个纲的5个目8个科中,共21个属:,红假单胞菌属(Rhodopseudomonas): 沼泽红假单胞菌 (Rps. palustris) 荚膜红假单胞菌 (Rps. capsulata) 球形红假单胞菌 (Rps. sphaeroides) 胶质红假单胞菌 (Rps. geletinosa) 绿色红假单胞菌 (Rps. viridis) 嗜酸红假单胞菌 (Rps. acidophila) 粪红假单胞菌 (Rps. faecalis) Rps. Rhenobacensis,红长命菌属(Rubrivivax),红细菌属(Rhodobacter),红芽生菌属(Rhodoblastus),芽生绿菌属 (Blastochloris),红螺菌属 (Rhodospirillum) 深红红螺菌 (Rsp. rubrum) 度光红螺菌 ( Rsp. photometricum) 黄褐红螺菌 ( Rsp. fulvum) 莫氏红螺菌 ( Rsp. molischianum) 中盐红螺菌 (Rsp. mediosalina),Phaeospirillum(褐螺菌属),Roseospira (玫瑰螺菌属),1999.3.中国科学院微生物研究所博士论文:紫色非硫细菌资源分类学研究. 2001. 第一章,光合细菌. 东秀珠、蔡妙英主编。常见细菌鉴定手册。 2004.第一章,光合细菌的培养. 成永旭主编,饵料培养学。 2009. 杨素萍。微生物学报。,宁波大学在光合细菌方面的研究,中国科学院微生物菌种保藏中心的绝大多数光合细菌菌种 发表2个新种,有4个可能新种待发表 应用DGGE跟踪确定单菌落的纯培养 应用分子指纹技术标记重要光合细菌菌种 应用分子指纹技术检测养殖水体种光合细菌群落演替 光合细菌菌种质量及应用效果评价体系 环境细菌菌种资源库 养殖废水和河道废水处理菌剂开发,第二届分子微生物生态研讨班,中国生态学会微生物生态专业委员会宁波大学培训基地 第二届分子微生物生态研讨班 主要培训研讨内容: 原位杂交(FISH) 环境样品DNA提取及其杂质去除 定量PCR技术及其应用,变形菌纲 红螺菌目(Rhodospirillales) 该目有2科7属。 红螺菌科(Rhodospirillaceae)6个属 醋酸杆菌科(Acetobacteraceae)1个属 红细菌目(Rhodobacterales) 有1科4属 红细菌科, ( Rhodobacteraceae) 根瘤菌目(Rhizobiales) 有3科7属 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)2个属 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)3个属 红游动菌科(Rhodobiaceae)2个属 变形菌纲(Betaproteobacteria) 伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales) 1科 丛毛单胞菌科Comamonadaceae2个属 红环菌目(Rhodocyclales) 1科 红环菌科Rhodocyclaceae,变形菌纲 3个目6个科 (1) 红螺菌目(Rhodospirillales) 该目有2科7属。 红螺菌科(Rhodospirillaceae) 红螺菌属(Rhodospirillum) 褐螺菌属(Phaeospirillum) 红螺细菌属(Rhodospira) 红弧菌属(Rhodovibrio) 玫瑰螺菌属(Roseospira) 红篓菌属(Rhodocista) 醋酸杆菌科(Acetobacteraceae)只有红球形菌属(Rhodopila)1个属。,(2) 红细菌目(Rhodobacterales) 有1科(红细菌科,Rhodobacteraceae)4属: 红细菌属(Rhodobacter)、红海菌属(Rhodothalassium)、小红卵菌属(Rhodovulum)和最近才发现的Rhodobaca。,(3) 根瘤菌目(Rhizobiales) 有3科7属。 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)有红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)、红芽生菌属(Rhodoblastus)2个属。 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)有芽生绿菌属(Blastochloris)、红微菌属(Rhodomicrobium)、红菌属(Rhodobium)3个属。 红游动菌科(Rhodobiaceae)有红游动菌属(Rhodoplanes)和Roseospirillum 2个属。,2变形菌纲(Betaproteobacteria) (1)伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales) 1科(丛毛单胞菌科Comamonadaceae)2个属:红长命菌属(Rubrivivax)、红育菌属(Rhodoferax)。 (2)红环菌目(Rhodocyclales) 1科(红环菌科Rhodocyclaceae) 红环菌属(Rhodocyclus)。,西医学是最近三四百年来建立在解剖学、生物学及现代科学技术基础上、发展起来的一门以“解剖人、肉体人”为概念的、新兴的现代医学科学理论体系。主要采用科学实验方法，从宏观到微观，直至目前的分子基因层次水平，发展极为迅速，超过其它任何一门医学科学，成为世界医学史上的主流。 可见中西医学，一个是以“功能人”为概念的独特的哲学医学理论体系，一个是以“解剖人、肉体人”为概念的新兴的现代医学科学理论体系，二者都不是以完整人为研究对象的科学，从理论讲二者都不是科学的，势必影响各自发展。事实也证明这一切，中医长期停滞不前、疗效也不确实。西医尽管发展到目前的基因分子层次，但疾病发病率居高不下，对绝大部分疾病发病原因认识不清、发病机理弄不明白，治疗受到制约，在小小SARS、禽流感面前竟束手无策，在糖尿病、癌症、心脑血管疾病、尿毒症等相当多疾病面前更是不得不求助或借助中医治疗。一个是疗效不确实，一个是有些甚至相当多疾病无法治疗，这就是中西医学结合的缘由。然而，由于二者是两套理论、两股道上跑的车，风马牛不相及，从理论上讲就没有结合的可能，只是形式上的融合罢了。故出现西医对治疗不了的疾病只好求助中医，而中医则往往采用西医诊断中医治疗，以及中西治疗法一块用的局面。 至于循证医学、比较医学、后现代医学、行为医学等所谓“医学”，都称不上一门独立的医学科学，关于这一点在灵魂医学有关章节中将有相关点评。 中、西医学的起源大致相同。主要包括：救护、求食的本能行为。如动物受伤会舐其伤口、遇热会避入水中，人与动物一样有着本能救护。人类的求食本能在寻找食物时，逐渐发现了葱、姜、蒜、粳米、薏米等虽为食物或调味品，却具有治病作用；生活经验创造了医学。先古人类通过劳动制造出利器，从而产生了砭石、骨针等医疗器具，逐渐掌握了运用工具治疗疾病的经验。与此同时，人们发现活动肢体可以舒筋活络，强身健体，“导引术”、“五禽戏”的形成，也是古代人们积累生活经验后产生的保健养生观；医、巫的合与分。由于原始人受制于智力尚未开化，对自然界的变化以及宇宙间的一切反常现象，心存恐惧，难以做科学、合理的解释，因而误以为有超自然的力量主宰其中。故巫、医合流曾是中、西医学共有的一段历史。 医学教材 东、西方文化历史背景是中、西医学形成、发展的土壤。公元2世纪东、西方的两位医学巨匠张仲景和盖伦，传承了不同的学术思想，创建了迥异的医学范式，发展和完善了不同的理论体系，使中、西医学各自走向了两条完全不同的发展道路。 在汉代医学家张仲景所著述的伤寒杂病论之前，就有内经、难经、本草经等古典医药典籍。张仲景总结了汉代以前的医学成就，继承了内经等基本理论和丰富的医药知识，结合自己的临床实践，写成了伤寒杂病论。其贡献在于确立了中医学辨证论治的理论体系，为后世中医临床医学的发展，奠定了坚实的基础。 在西方，盖伦的一生生活在罗马帝国时安东尼父子的执政期。彼时，罗马帝国的繁荣，为盖伦的医学成就、以及西方医学的昌盛，提供了可靠的政治、经济、科技和文化保证。盖伦继承希波克拉底的学术思想，著述200余部著作，现存的83部著作中，内容涉及解剖、生理、病理、卫生、药物、希波克拉底文集研究、哲学、语言学、逻辑学、数学、历史、法律等。倡导实证医学，他的科学方法论具有重视实验、疾病局部定位思想、重视形式逻辑、强调演绎法等特点，对后世西医学的发展影响深远。 编辑本段东西方医学差异 中、西医学运用不同的思维模式诊治疾病，其基本理论各成体系并有根本差异。中西医学的差异不仅仅是有否实证的科学理念，最主要的是两种文化体系的差别。从理论上讲，中西医学是两种不可能统一的医学体系。“中体西用”曾成为中西医汇通派的指导思想，但由于两种医学的根基不同，硬在中医之体上套上西医之用，近一个世纪的事实证明，“汇通医学的体用判断脱离了中西医学的事实认识，以价值认识代替了事实认识，决定最终结果劳而无功”，因此，中、西医学应并存共荣而不必强求统一。 古代(经典)中医史 中国的中医学起源于三皇五帝时期，相传伏羲发明了针灸并尝试草药。在公元前3000多年，中国的轩辕黄帝写下了人类第一部医学著作祝由科，后世人在这部医药著作的基础上不断增补删改，逐渐形成了后来的黄帝内经和黄帝外经，并由祝由科里将纯粹的医药分离了出来，形成了后来的中医学。而其中的黄帝内经则在世界上第一个提出了“不治已病治未病”这一防病养生保健康的预防医学观点。 轩辕黄帝早在周代(公元前1046年公元前771年)就建立了世界上第一个医院和医疗制度，周代的医疗机构设有医师、上士、下士、府（管药库）、史（管记录）、徒若干人。下面又分食医（管饮食卫库）、疾医（内科）、疡医（外科）、兽医四种，这是世界上最早的医学分科。医师总管医药行政，并在年终对医生进行考核；周礼记载“岁冬则稽其事，以制其食”，就是说，医生每年都要通过年终考核增减俸禄。 当时的患者已经分科治疗，而且建立病历。“死终则各书其所以，而入于医师”，规定在死者病历上要写明死因，然后送交医师存档，以便总结医疗经验，提高医疗技术。这也是世界上最早的病历制度。 在春秋战国（公元前770年前221年）时期名医辈出，秦国有名医医缓，齐国有长桑和他的徒弟扁鹊。扁鹊发明了中医独特的辨证论治，并总结为“四诊”方法，即“望、闻、问、切”。扁鹊看病行医有“六不治”原则：一是依仗权势，骄横跋扈的人不治；二是贪图钱财，不顾性命者不治；三是暴饮暴食，饮食无常者不治；四是病深不早求医者不治；五是身体虚弱不能服药者不治；六是相信巫术不相信医道者不治。后世则尊称他为神医扁鹊。春秋战国时流行的主要医学著作有黄帝内经、黄帝外经、扁鹊内经、扁鹊外经、白氏内经、白氏外经和旁篇这七本，合成“七经”。 在秦朝（公元前221年公元前207年）出现了世界上最早的专门法医“令史“。 秦律规定，死因不明的案件原则上都要进行尸体检验，司法官如果违法不进行检验，将受到处罚。秦代的封诊式对法医鉴定的方法、程序等有较为详细的记载。在人命案件中，鉴定检验的主要内容有尸体的位置、创伤的部位、数量、方向以及大小等。令史检验完成之后，必须提交书面报告，称为“爰书”，是世界上最早的法医鉴定和现场勘察报告。秦代还在世界上第一个建立传染病医院“疠迁所”，并制定了最早的治疗传染病的隔离制度。据1975年湖北省云梦睡虎地出土秦简中记载：当时规定，凡经医生在给病人检查后发现有鼻梁塌陷、手上无汗毛、声音沙哑、刺激鼻腔不打喷嚏等症状者，一律送至疠迁所隔离治疗。这说明中国古代对传染性疾病的治疗措施，很早就已经是得力有效的。 到了西汉时期(公元前202年公元8年)，中医的阴阳五行理论已经非常完备，名医则有太仓公淳于意和公乘阳庆。东汉出现了著名医学家张仲景和华佗。张仲景完善了中医的辨证理论，他还是世界上第一个临床医学大师，被尊称为医圣。他著有伤寒论疗妇人方、黄素方、口齿论、平病方等等医书，最终流传下来的医书被并被后人编纂为伤寒杂病论和金匮要略 近代、现代医学史 近代的医学 西方近代医学是指文艺复兴以后逐渐兴起的医学，一般包括16世纪、17世纪、18世纪和19世纪的欧洲医学。 16世纪 封建社会后期，手工业和商业发展，手工工厂出现，生产力的增长也促进对新市场的寻找。1492年哥伦布发现新大陆,1497年达伽马发现好望角,15191522年麦哲伦环绕世界一周。许多药物（如鸦片、樟脑、松香），由东方传入欧洲，美洲发现后，欧洲也有了金鸡纳、愈创木、可可果。 由于资本主义的兴起，首先在意大利形成了资产阶级的知识分子。他们的特点是敢于向教会思想挑战，反对宗教迷信的束缚。他们的口号是：“我是人，人的一切我应该了解”，以此来反对神学的统治。他们一方面传播新文化,一方面竭力钻研和模仿古代希腊的文化,因此此时期称为“文艺复兴”。1543年哥白尼出版天体运行论，是科学史上文艺复兴的开始。 医学革命。文艺复兴运动中，怀疑教条、反对权威之风兴起。于是，医界也产生了一场以帕拉切尔苏斯(14931541)为代表的医学革命。 中世纪的医学校中,主要讲阿维森纳的医典,以及加伦和希波克拉底的著作。教师照本宣科，一切墨守成规，毫无生气。文艺复兴的狂潮，很快就波及医学领域。帕拉切尔苏斯指出人体的生命过程是化学过程。他在巴塞尔大学任教时主张用流行的德语写书和讲演，使医学易为大众所接受，这是一件伟大的改革。他重视实践，反对烦琐的经院哲学，反对中世纪顽固的传统和权威观念，他说：“没有科学和经验，谁也不能成为医生。我的著作不是引证古代权威的著作，而是靠最大的教师经验写成的”。他勇敢地向墨守成规和盲目崇拜进行斗争，公开焚毁了加伦和阿维森纳的著作。 细胞病理学。19世纪初细胞学说提出，到19世纪中叶德国病理学家R.菲尔肖倡导细胞病理学，将疾病研究深入到细胞层次。他学说的基本原理包括：细胞来自细胞；机体是细胞的总和；疾病可用细胞病理来说明。 细菌学的建立。19世纪中叶，由于发酵工业的需要，由于物理学、化学的进步和显微镜的改进，细菌学诞生了。 现代科学技术，不是单单研究一个个事物，一个个现象，而是研究事物、现象的变化发展过程，研究事物相互之间的关系。由“整理材料”的科学，发展成为严密综合起来的体系。 近代医学经历了1617世纪的奠基，18世纪的系统分类，19世纪的大发展，到20世纪与现代科学技术紧密结合，发展为现代医学。20世纪医学的特点是一方面向微观发展，如分子生物学；一方面又向宏观发展。在向宏观发展方面，又可分为两种：一是人们认识到人本身是一个整体；二是把人作为一个与自然环境和社会环境密切相互作用的整体来研究。20世纪以来，基础医学方面成就最突出的是基本理论的发展，它有力地推进了临床医学和预防医学。治疗和预防疾病的有效手段在20世纪才开始出现。20世纪医学发展的主要原因是自然科学的进步。各学科专业间交叉融合，这形成现代医学的特点之一。 综合医学 宇宙伦理学（张云飞著）中提出了一种“综