ClusterManual惠普说明书.doc

中南大学信息科学与工程学院HP计算集群使用手册盛羽（）陈钢（）2008年10月31日 ver0.03本手册的最新版本请访问为了满足学院内各科研项目对高性能计算资源的要求，在湖南省和学校网络中心等部门的支持下，学院新购入惠普高计算服务器和相关存储设备（以下简称HP集群）。为了方便大家的使用，规范设备的维护和管理，请大家在使用该计算资源前仔细阅读本手册。1. 集群概况高性能计算集群的软硬件环境都比传统的服务器复杂，为了便于后续的介绍，先在此对HP集群的软硬件基本情况做大致介绍。1.1. 硬件配置HP集群的管理节点和计算节点的基本硬件配置如下表所示：节点类型型号处理器内存管理节点HP ProLiant DL380R05Intel E54302DDR2-667 8GB计算节点HP ProLiant BL460cIntel E54302DDR2-667 8GB图表 1 HP集群硬件配置在下面的介绍中16个计算节点分别简称为节点1，节点2节点16。HP集群的存储设备配置如下：型号MSA60 2U LFF JBOD硬盘型号HP750GB 3G SATA 7.2K 3.5” MDL HDD硬盘数量7RAID配置RAID5+1可用空间3.75TB图表 2 HP集群存储设备配置存储系统分为划分为两个分区，作为NFS挂载在Linux节点的/data和/scratch目录下。如有需要可以向管理员申请权限。1.2. 软件配置节点1至节点4的操作系统为Windows Server 2008 64bit，节点5至节点16的操作系统为RHEL 5.2 x86_64。RHEL 5.2中已经安装有GCC、JDK等基本的编译和开发工具，以及R、Matlab2008a、NS2等常用软件，并能提供MPI、OpenMP等并行计算环境。系统中的软件会根据用户实际需求逐步添加，若有特殊需求请联系管理员。1.3. 网络拓扑HP集群的网络拓扑结构如下：272021222822-16Windows节点图表 3 HP集群网络拓扑图对Linux节点（即节点5至节点16）的访问只能经过管理节点。Windows节点（即节点1至节点4）的访问可以直接使用远程桌面访问。节点访问和登录的具体过程稍后详述。2. 集群帐号申请在使用本集群值钱需要向管理员申请帐号，获得相应权限后方可使用。本集群的帐号仅供教师申请，教师帐号可以分配给所辅导的学生使用。申请帐号请如实填写下面这份表格（双击打开后填写），经导师签字后交到计算机楼302盛羽老师处。3. 集群基本使用集群的使用与普通的服务器并没有本质差别。现在本集群中Linux节点的访问主要通过SSH，Windows节点的访问方式为远程桌面。鉴于Windows在科学计算中使用较少，并且一般读者都对Windows比较熟悉，所以本章以介绍Linux为主，在章末会简要介绍Windows节点的登录。3.1. Linux节点本章将从四个方面对本集群中Linux节点的使用做基本介绍，这四个方面分别是：远程登录、文件传输、软件使用以及作业提交。为了方便用户，本章会介绍相应的免费软件。相关软件可以从或下面介绍的地址下载。3.1.1 远程登录Linux节点的登陆通过SSH协议实现，推荐使用的软件是putty。使用方法如下：1. 从http:/the.earth.li/sgtatham/putty/latest/x86/putty.zip下载putty的Zip压缩包。2. 解压后双击putty.exe，打开如下界面：图表 4 Putty设置界面在Host Name (or IP address)一栏中填入管理节点的IP地址：27。端口号为缺省的22，Connection type为SSH。3. 点击图表4中的Open按钮，打开如下界面：图表 5 Putty登录界面输入管理员分配的用户名，回车。然后输入密码。注意，在输入密码时屏幕不会有任何显示，输入完后直接回车即可。如果用户名和密码输入正确，会看到如下界面：图表 6 Putty成功登录界面4. 接下来是登录到各个计算节点。假设现在登录到节点6。命令如下图中所示：图表 7 成功登录计算节点然后输入密码，同样也不会有回显。登陆完成后即可开始输入Linux的命令。3.1.2 文件传输客户端与服务器之间的文件上传和下载通过SFTP实现。推荐使用的客户端是FileZilla。下面介绍一般的使用方法。1. 从/下载FileZilla软件。2. 根据图表8中的设置输入主机地址、用户名、密码和端口号，点击“快速连接”。图表 8 FileZilla软件使用3. 连接成功后的情况如图9所示。此时即可在远程服务器与本地客户端之间通过拖拽实现文件的上传和下载。3.1.3 GCC编译器和MatlabGCC编译器是由GNU（）组织开发的开源编译器包，其中包含有C、C+、Fortan、Java等多种程序设计语言的编译器。Matlab则是当前最流行的数学和系统模拟软件。下面分别对两者在Linux命令行环境下的使用做基本介绍。在本地用文本编辑器（比如记事本、NotePad+等）新建文件，输入下面的C+代码。#include using namespace std;int main()cout Hello! HP Cluster! endl;return 0;代码 1 简单的C+代码将这段代码保存为hello.cpp文件，然后通过前文介绍的FileZilla上传到远程服务器上。然后使用Putty用自己的帐号登录到服务器。输入：ls就能看到刚才上传的文件，然后用下面的命令对这段代码已经编译：g+ hello.cpp o hello编译完成后即可运行这段程序，命令如下：./hello如何一切顺利，就能看到这样的输出：Hello! HP Cluster!C程序的编译和运行方法与此类似，只是需要将其中的g+编译器替换为gcc编译器即可。下面介绍Matlab在Linux命令行环境下的使用。Matlab的使用可以分为两种常用的方法，第一种是命令行中交互式的使用；其二是将代码写在文件中，交给Matlab自动运行。前者一般用于代码的调试，后者一般用于计算作业。下面分别介绍。如前所述，通过putty登录到服务器，然后输入：matlab就能启动Matlab，进入交互操作状态。非常简单。如果要批量的运行计算作业，第一种方法就很不方便了。此时可以将代码写入文件中，通过FileZilla上传到服务器中。然后使用下面的命令运行该文件中的代码（假设该文件的文件名为test.m）：matlab test.m运行结束后会自动退出matlab。3.2. Windows节点Windows节点的登录相对简单，使用Windows操作系统自带的远程桌面即可。以节点4的远程桌面登录为例：图表 9 Windows节点的远程桌面登录其他三个Windows节点的IP地址分别为20，21，22。连接成功后的操作与本机Windows操作系统基本相同，不再赘述。4. Q&A暂无，欢迎大家提出问题。5. CHANGELOG2008-10-31 陈钢（）；盛羽（）Ver0.03* 添加文件上传