生物信息学实验核酸序列分析

核酸序列分析核酸序列分析 【实验目的实验目的】 1、掌握核酸序列检索的基本步骤； 2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）； 3、掌握使用 DNAclub 软件进行核酸序列的基本分析； 【实验内容实验内容】 1、使用 Entrez 信息查询系统检索人瘦素 (leptin) 的 mRNA、基因组 DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其 含义； 2、使用 DNAclub 对上述核酸序列进行分析 3、使用 DNAclub 软件对人瘦素 (leptin) 的 mRNA 序列进行可读框架分析； 4、使用 NCBI 查询系统进行人瘦素 (leptin) 的基因组序列分析 【实验方法实验方法】 1、调用 Internet 浏览器，并在其地址栏输入 Entrez 网址： /Entrez ； 2、在 Search 后的选择栏中选择 nucleotide； 3、在输入栏输入 homo sapiens leptin; 4、点击 go 后显示与 LEP 相关的序列信息， 5、查找人 leptin 的 mRNA 或基因，点击序列接受号后显示序列详细信息； 6、将序列转为 FASTA 格式保存 7、将上述核酸序列输入 DNAClub 软件进行序列基本分析(反向或互补序列 转换，开放阅读框寻找，序列翻译，酶切位点查找)； 8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组 DNA (Contig) 的序列接受号及 序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息； 9、分析人瘦素 (leptin) 的基因组序列；查找外显子与内含子序列。 【作业作业】 1、归纳对人瘦素 (leptin) 的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果； 2、写出人 leptin mRNA 序列酶切位点 3 个。 ORIGIN 1 GTAGGAATCGGTAGGAATCG CAGCGCCAGCCAGCGCCAGC GGTTGCAAGGGTTGCAAGg taaggccccg gcgcgctcct tcctccttct 61 ctgctggtct ttcttggcag gccacagggc cccacacaac tctggatccc ggggaaactg 121 agtcaggagg gatgcagggc ggatggctta gttctggact atgatagctt tgtaccgagt 10681 ctccttgcag tgtgtggttc cttctgtttt cagGCCCAAGGCCCAAG AAGCCCATCCAAGCCCATCC TGGGAAGGAATGGGAAGGAA 1074110741 A AATGATGCATTGGCATTGG GGAACCCTGTGGAACCCTGT GCGGATTCTTGCGGATTCTT GTGGCTTTGGGTGGCTTTGG CCCTATCTTTCCCTATCTTT TCTATGTCCATCTATGTCCA 1080110801 AGCTGTGCCCAGCTGTGCCC ATCCAAAAAGATCCAAAAAG TCCAAGATGATCCAAGATGA CACCAAAACCCACCAAAACC CTCATCAAGACTCATCAAGA CAATTGTCACCAATTGTCAC 1086110861 CAGGATCAATCAGGATCAAT GACATTTCACGACATTTCAC ACACGACACGgtaag gagagtatgc ggggacaaag tagaactgca 10921 gccagcccag cactggctcc tagtggcact ggacccagat agtccaagaa acatttattg 13021 aggcagccca gagaatgacc ctccatgccc acggggaagg cagagggctc tgagagcgat 13081 tcctcccaca tgctgagcac ttgttctccc tcttcctcct gcatagCAGTCAGT CAGTCTCCTCCAGTCTCCTC 1314113141 CAAACAGAAACAAACAGAAA GTCACCGGTTGTCACCGGTT TGGACTTCATTGGACTTCAT TCCTGGGCTCTCCTGGGCTC CACCCCATCCCACCCCATCC TGACCTTATCTGACCTTATC 1320113201 CAAGATGGACCAAGATGGAC CAGACACTGGCAGACACTGG CAGTCTACCACAGTCTACCA ACAGATCCTCACAGATCCTC ACCAGTATGCACCAGTATGC CTTCCAGAAACTTCCAGAAA 1326113261 CGTGATCCAACGTGATCCAA ATATCCAACGATATCCAACG ACCTGGAGAAACCTGGAGAA CCTCCGGGATCCTCCGGGAT CTTCTTCACGCTTCTTCACG TGCTGGCCTTTGCTGGCCTT 1332113321 CTCTAAGAGCCTCTAAGAGC TGCCACTTGCTGCCACTTGC CCTGGGCCAGCCTGGGCCAG TGGCCTGGAGTGGCCTGGAG ACCTTGGACAACCTTGGACA GCCTGGGGGGGCCTGGGGGG 1338113381 TGTCCTGGAATGTCCTGGAA GCTTCAGGCTGCTTCAGGCT ACTCCACAGAACTCCACAGA GGTGGTGGCCGGTGGTGGCC CTGAGCAGGCCTGAGCAGGC TGCAGGGGTCTGCAGGGGTC 1344113441 TCTGCAGGACTCTGCAGGAC ATGCTGTGGCATGCTGTGGC AGCTGGACCTAGCTGGACCT CAGCCCTGGGCAGCCCTGGG TGCTGCTGATGAGGCC TTGAAGGTCA 13501 CTCTTCCTGC AAGGACTACG TTAAGGGAAG GAACTCTGGC TTCCAGGTAT CTCCAGGATT 16081 CACTAGATGG CGAGCATCCT GGCCAACATG GTGAAACCCC GTCTCTACTA AAAACACAAA 16141 AGTTAGCTGA GCGTGGTGGC GGGCGCCTGT AGTCCCAGCC ACTCGGGAGG CTGAGACAGG 16201 AGAATCGCTT AAACCTGGGA GGCGGAGAGT ACAGTGAGCC AAGATCGCGC CACTGCACTC 16261 CGGCCTGATG ACAGAGCGAG ATTCCGTCTT AAAAAAAAAA AAAAAAAAGT TTGTTTTTAA 16321 AAAAATCTAA ATAAAATAAC TTTGCCCCCT GC 在 genbank 查询到有关 leptin 基因的资料，阅读资料回答以下问题： 在 genbank 的登录号是哪个？属于 leptin 的哪一种分子类型？来源于什么物种？该基因在 染色体上的定位情况？ Leptin 基因有几个外显子，几个内含子？哪一段是 ORF 区域，其编码的蛋白质检索号是哪 个，编码的蛋白质包含多少氨基酸，信号肽、成熟肽序列分别为哪一段， LOCUS NM_000230 3444 bp mRNA linear PRI 13-DEC-2009 DEFINITION Homo sapiens leptin (LEP), mRNA. SOURCE Homo sapiens (human) source 13444 /organism=“Homo sapiens“ /mol_type=“mRNA“ /chromosome=“7“ /map=“7q31.3“ gene 13444 /gene=“LEP“ /db_xref=“GeneID:3952“ exon 129 /number=1 exon 30201 /number=2 CDS 58561 /product=“leptin precursor“ /protein_id=“NP_000221.1“ sig_peptide 58120 mat_peptide 121558 exon 2023427 /number=3 LOCUS NC_000007 16352 bp DNA linear CON 10-JUN-2009 DEFINITION Homo sapiens chromosome 7, GRCh37 primary reference assembly. ACCESSION NC_000007 REGION: 127881331127897682 GPC_000000031 SOURCE Homo sapiens (human) FEATURES Location/Qualifiers source 116352 /organism=“Homo sapiens“ /mol_type=“genomic DNA“ /db_xref=“taxon:9606“ /chromosome=“7“ gene 116352 /gene=“LEP“ /note=“Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefseq.“ /db_xref=“GeneID:3952“ mRNA join(129,1071410885,1312716352) /product=“leptin“ /note=“Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefseq.“ /transcript_id=“NM_000230.2“ /db_xref=“GeneID:3