NCBI分子生物学数据库应用简介.ppt

NCBI分子生物学数据库 应用简介,温州医学院附属第一医院检验科 陶志华,NCBI分子生物学数据库 /,美国国立医学图书馆（NLM）于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心（National Center of Biotechnology Information,简称NCBI）。,GenBank数据库(Nucleotide) (1988) 三维蛋白结构的分子模型数据库（MMDB） 在线人类孟德尔遗传(OMIM）数据库 生物门类（Toxonomy）数据库 等,Entrez 数据库检索系统(1991) BLAST相似性检索系统,数据库：,检索系统:,NCBI数据库内容简介,一. Nucleotide(GenBank),该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三部分数据组成。,Nucleotide 包含：,所有已知的核苷酸及蛋白质序列 与之相关的生物学信息 参考文献,二 . Genome,即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、临近序列图谱以及一体化基因物理图谱。,三. Structures,即结构数据库或称分子模型数据库（MMDB），包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDB（Protein Data Bank）获得。,四. Taxonomy,即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。,五. PopSet,包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。,六. OMIM,孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类基因和基因疾病的目录数据库。该数据库包括原文信息、图片和参考信息，同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息。,NCBI数据库检索,1. ENTREZ高级检索系统：,在检索框中输入检索词，检索词间默认逻辑关系为AND 还可用来检索核酸与蛋白质序列、MEDLINE相关文献或专利（PubMed）、 基因组及MMDB分子结构模型库信息。,显示格式 ：,Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式 ,2. BLAST相似性检索系统,BLAST （Basic Local Alignment Search Tool） 是用于序列相似性检索的一个重要数据库，是区分基因和基因特征的工具。该软件能在15秒内完成整个DNA数据库的序列检索。 在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页 可通过WWW途径或E-mail途径查询。,3. 向GenBank递交数据,GenBank数据的一个主要来源是通过作者直接递交；目前许多期刊也希望刊登的 文章中的DNA或氨基酸序列能在发表前输入数据库。,NCBI为此设计了方便、快捷的数 据递交软件： BankIt: 直接通过WW