严超赣的静息态数据处理DataProcessing.ppt

1,Resting-statefMRI:DataProcessing,严超赣Ph.D.Candidateycg.yan北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室2008SKLCNL,2,Outline,预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果呈现文献管理,3,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,4,数据整理,被试信息整理,5,数据整理,被试信息整理,6,数据整理,被试信息整理原始数据整理,静息功能数据结构数据DTI数据,7,数据整理,被试信息整理原始数据整理,静息功能数据结构数据DTI数据,8,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,9,DICOM-NIFTI,MRIcroNsdcm2niiguiSPM5sDICOMImport,10,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,11,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,12,SliceTiming,Why?,13,SliceTiming,Why?,Huetteletal.,2004,14,SliceTiming,1:2:33,2:2:32,33,2,2-(2/33),33,15,SliceTiming,16,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,17,Realign,Why?,18,Realign,19,Realign,检查头动?,b=load(rp_name.txt);c=max(abs(b);c(4:6)=c(4:6)*180/pi;,20,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,21,Normalize,Why?,Huetteletal.,2004,22,mean_name.img,r*.img,EPI.nii,-90-126-72;9090108,333,23,Normalize,24,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,25,Smooth,Why?,减少被试间的空间结构差异；有利统计检验的有效性;,26,w*.img,平滑核,Smooth,27,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,28,去线性漂移,29,预处理,数据整理DICOM-NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealign,NormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.08,30,滤波,Why?,关心低频的活动,31,滤波,32,Outline,预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果呈现文献管理,33,ALFF,Zangetal.,2007,34,ALFF,35,ReHo,注意：预处理时不做平滑，计算完ReHo后再进行平滑。,Zangetal.,2004,36,ReHo,37,功能连接,提取协变量头动参数:rp_name.txt全脑信号、脑脊液、白质信号,38,提取协变量,39,提取协变量,40,提取协变量,41,提取协变量,42,提取协变量,43,提取协变量,44,提取协变量,45,功能连接,提取协变量头动参数:rp_name.txt全脑信号、脑脊液、白质信号协变量组合：,RPCov=load(rp_name.txt);BCWCov=load(ROI_FCMap_name.txt);Cov=RPCov,BCWCov;save(Cov.txt,Cov,-ASCII,-DOUBLE,-TABS);,46,功能连接,Voxel-wiseROI-wise,r=0.36,47,Voxel-wise,48,Voxel-wise,49,Voxel-wise,50,Voxel-wise,51,Voxel-wise,52,Voxel-wise,53,Voxel-wise,1by1,Cov.txt,54,ROI-wise,55,ROI-wise,56,ROI-wise,1by1,Cov.txt,57,Outline,预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果呈现文献管理,58,统计,单样本T检验双样本T检验,59,单样本T检验,统计准备ALFF:mALFFReHo:smReHoFC:zFC,60,单样本T检验,mALFF-1,smReHo-1,m图像1by1,i1-1,61,单样本T检验,m*-1图像;zFC图像,存放SPM.mat的目录,62,单样本T检验,上一步生成的spm.mat,63,单样本T检验,上一步生成的spm.mat,1,64,单样本T检验,HeightthresholdT=2.687659p0,PD_1T.imgCON_1T.img,Mask_2T.img,i1+i20,67,双样本T检验,两组的m*图像;zFC图像,存放SPM.mat的目录,Mask_2T.img,68,双样本T检验,上一步生成的spm.mat,69,双样本T检验,上一步生成的spm.mat,1-1,70,双样本T检验,HeightthresholdT=Infp0.05(FDR)Extentthresholdk=0voxels,spmT_0001.img,71,Outline,预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果呈现文献管理,72,结果呈现,SPM5xjviewrest_sliceviewerMRIcroN,73,结果呈现SPM5,74,结果呈现SPM5,75,结果呈现xjview,76,结果呈现xjview,77,结果呈现rest_sliceviewer,78,结果呈现MRIcroN,79,结果呈现MRIcroN,80,Outline,预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果呈现文献管理,81,文献管理,82,文献管理,83,文献