Pubmed与Highwire简介.ppt

生物学文献检索PubMed与Highwire简介,常民changmin,PubMed,/entrez/query.fcgi?NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBINationalLibraryofMedicine，NLMNationalInstitutionofHealth，NIH,PubMed简介,PubMed由创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)，目前美国国立医学图书馆（NLM）、国际MEDLARS成员（中国为第16个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国教育部、卫生部认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。,PubMed,PubMed是查找众多与生物医学健康主题密切相关信息的优秀数据库系统。PubMedcomprisesmorethan21millioncitationsforbiomedicalliteraturefromMEDLINE,lifesciencejournals,andonlinebooks.Citationsmayincludelinkstofull-textcontentfromPubMedCentralandpublisherwebsites.PubMed收录了全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，从1950年至今已超过一千五百万记录。1997年6月起提供全免费服务，数据周二至周六每天更新.,PubMed-Entrez检索系统,Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。,PubMed,数据来源1MEDLINE(1966至今)2PreMEDLINE3Publishersuppliedcitations4Oldmedline(19511965)5InProcessCitations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-inprocess,MEDLINE,收录了全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，目前文摘条目1300万篇，年报道量近40万条，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。记录标注PubMed-indexedforMEDLINE,PreMEDLINE,临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向Medline移加一次。记录标注PubMed-inprocess,PublisherSuppliedCitation,出版商直接向PubMed递送的电子文献。其中有一部分在Medline中未收录。记录标注PubMed-assuppliedbypublisher,/pubmed,常用工具,WelcometoPubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,在靠近页面上部的地方，即是供我们输入所需查询内容的检索框。在检索框中输入查询词，然后单击“Search”按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：PROTEIN,Nucleotide,STRUCTURE,POPSET等等。,如何使用PubMed,在主界面的下方框（如上图），有：SingleCitationMatcher输入期刊的信息可以找到某篇的文献或整个期刊的内容。BatchCitutionMatcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。ClinicalQueries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。Topic-SpecialQueries这一部分为特殊要求设置的，主要仍是健康和医疗。MeSHDatabase可以用它来分层流览MeSH表。JournalsDatabase期刊浏览。ClinicalTrials临床试验。E-Utilities电子应用。LinkOut这是文献的数据库链接。,Pubmed检索规则,AutomaticTermMapping词汇自动转换1、MeSHTranslationtableVitaminc转换为“ascorbicacid”MeshTermsORvitamincTextWord想要查验检索词的转换情况，并进行调整和保存检索策略，可查看“Searchdetails”,词汇自动转换,2、JournalsTranslationtableNewEnglandjournalofmedicine转换为“NEnglJMed”Journal三种不同表达方式刊名全称、MEDLINE刊名缩写格式、ISSNJrId:1JournalTitle:AADEeditorsjournalMedAbbr:AADEEdJISSN:0160-6999ESSN:IsoAbbr:NlmId:7708172,JrId:2JournalTitle:AANAjournalMedAbbr:AANAJISSN:0094-6354ESSN:IsoAbbr:NlmId:0431420,3、PhraseListColdcompresses在前两个表中均未找到，而在短语列表中找到这个词4、AuthorIndex姓前（全称）、名后（首字母缩写）SmithJC当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，并且有1或2个字母在词后时，PubMed就会到作者索引中查找。,词汇自动转换,词汇自动转换,如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语劈开，用AND将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找，直到找到相应的词为止。例：pressurepoint转换为(“pressure”MeSHTermsORpressureTextWord)ANDpointAllFields),Pubmed检索规则-短语检索,如果在短语上加双引号，系统将只在PhraseList中查找，不再进行转换。例如：“singlecell”“oxygenfreeradicals”,AND、OR、NOT必须大写。lungANDapoptosis;vitamincORascorbicacid；LeadpoisingNOTchildren运算优先级为（）NOTANDOR。例如：drugtherapyAND（asthmaORhayfever）布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识例如：dnamhANDcrickauAND1993dp查带文摘的文献（1975年以后出版的文章）检索词ANDhasabstract例如，NeoplasmsANDhasabstract,Pubmed检索规则-布尔逻辑运算：,Pubmed检索规则-截词检索：*,例：输入infect*，可检出infection、infectious,infective,infectivity,infector等输入depend*，可检出depend,dependent,dependable,dependence,dependency等截词检索只限于单词，对词组无效，,Pubmed检索规则-检索途径与方法,基本检索-BasicSearch高级检索-AdvancedSearch(preview/index)限定检索-LimitsSearch期刊检索-JournalDatabases主题词检索-MeSHDatabases引文匹配-CitationMatcher临床查询-ClinicalQueries,Pubmed基本检索,直接输入检索词或检索式,Pubmed基本检索,检索步骤：输入检索词，点Search按钮或按回车检索词的输入形式：输入单词或短语或表达式，也可用*及“”如，aspirin；stomachulcerIddmANDapoptosisasthmaKamadaA或asthma,KamadaA著者姓名：wengxz、“wengxz”au刊名标题：刊名全称、缩写、ISSNJournalofleukocytebiology、Jleukocbiol、0741-5400,基本检索,备注：刊名后附加字段标识符刊名与主题词相同的期刊genetherapyta、scienceta、cellta单个词刊名的期刊,Scanningta带括号刊名的期刊，录入时应将括号省略JHandSurgAm输入格式为JHandSurgAm,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：livercancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即livercancerANDtherapy（livercancer）ANDtherapy,基本检索举例1：肝癌的治疗,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：施一公（ShiYau）；作者单位为：清华大学（Tsinghuauniversityad）。用AND将二者组合起来。结果为：Results:1to20of45；但分析具体结果，第三个结果不是命中结果，主要原因是重名的问题。,基本检索举例2：清华大学施一公教授发表的文献,高级检索,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：施一公（ShiY）；作者单位为：清华大学（Tsinghuauniversityad）。作者为：施一公（ShiY）的检索结果；作者单位为：清华大学（Tsinghuauniversityad）的检索结果。现在我们要利用检索历史