荧光定量PCR之绝对定量分析——标准曲线的绘制.doc

.荧光定量PCR之绝对定量分析标准曲线的绘制1. 绝对定量定义 绝对定量是用已知浓度的标准品绘制标准曲线来推算未知样品的量。 将标准品稀释至不同浓度，作为模板进行PCR反应。以标准品拷贝数的对数值为横坐标，以测得的CT值为纵坐标，绘制标准曲线，对未知样品进行定量时，根据未知样品的CT值，即可在标准曲线中得到样品的拷贝数。 * Log(起始浓度)与循环数呈线性关系，通过已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线，即得到该扩增反应存在的线性关系 * 由样品CT值，就可以计算出样品中所含的模板量2. 绝对定量标准品标准品的一些标准* 必须用与扩增目的基因相同的引物进行扩增，并且扩增效率相同 * 标准品必须是经过准确定量的（我们通常用的是ASP-3700紫外光/可见光微量分光光度计） * 标准品必须是标准化的（例如，同一化的细胞数） * 在每组实验时，必须用相同的阈值设定来确定CT值 标准品可以是含有目的基因的线性化的质粒DNA，也可以是比扩增片段长的纯化后的PCR产物，当然也可以是基因组DNA，甚至cDNA，但前提是所有的作为标准品的核酸都必须保证稳定。3. 标准品的制备 一般一条标准曲线取四到五个点，浓度范围要能覆盖样品的浓度区间，以保证定量的准确性。一般一个点重复三至五次，对于常期稳定使用的标准品可以适当减少重复的次数。 倍比梯度稀释方法：1v原液（标准品i）+9v稀释缓冲液，得标准品ii 1v标准品ii+9v稀释缓冲液，得标准品iii 1v标准品iii+9v稀释缓冲液，得标准品iv 1v标准品iv+9v稀释缓冲液，得标准品v依次倍比稀释拷贝数的计算：详见核酸拷贝数的计算4. 实例标准品的制作：将标准品依次进行10倍稀释，ASP-3700 测得其拷贝数1.55108copy /ul 标准曲线的绘制（1cycle=1min） 设置对照：浓度为1.55107、1.55106、1.55105、1.55104、1.55103、1.55102、1.55101的标准样品各一个，设空白对照PCR反应：以不同浓度标准品作为模板 标准品的扩增曲线 标准品的溶解曲线 标准品的标准曲线图 X Log 7 6 5 4 3 2 1 Y CT值 12.01 14.89 17.92 21.18 24.56 27.89 31.25扩增效率（E）计算：E=10-1/斜率=10-1/-3.23=2.04，E%=(2.04-1)100%=104%若未知样本的CT值为19.11，将CT值代入线性方程：即19.11=34.29-3.23X，所以X=(19.11-34.29)/(-3.23)=4.7Quantityunknow=104.7=50118 copies核酸拷贝数的计算一、分步推理如何计算核酸拷贝数1A260吸光度值=dsDNA 50ug/ml=ssDNA 33ug/ml=ssRNA 40ug/ml 核酸浓度(OD260)(dilution factor)33或40或50=ng/ulMW代表 克/摩尔，单位dolton：1dolton即表示1g/mol 1摩尔=6.02x1023摩尔分子(拷贝数)平均分子量(MW)：dsDNA=(碱基数)(660道尔顿/碱基)ssDNA = (碱基数)(330道尔顿/碱基) ssRNA=(碱基数)(340道尔顿/碱基)得到拷贝数计算公式：(6.02x1023拷贝数/摩尔)(浓度)/(MW g/mol)= copies/ml.即(6.02x1023)(g/ml)/(DNA length660)=copies/ml. 或(6.021023)(ng/ul10-9)/(DNA length660)=copies/ul.例：3000碱基质粒，浓度100 ng/ulMW=3000bp660dalton/bp=1.98106daltons，即1mol=1.98106g (100ng10-9)g/1.98106摩尔数 copy数摩尔数6.02102331010copies/ul.二、这是一个小小的计算器，使你计算更加方便快捷，免去算数之苦http:/www.bioask.me/html/541.html什么是拷贝数？ /html/540.html如何计算拷贝数？计算方法：(6.021023拷贝数/摩尔) (浓度g/ml) / (MW g/mol) = co