基因启动子序列的查找.ppt_第1页
基因启动子序列的查找.ppt_第2页
基因启动子序列的查找.ppt_第3页
基因启动子序列的查找.ppt_第4页
基因启动子序列的查找.ppt_第5页
已阅读5页，还剩16页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

基因启动子序列的查找,一、基因序列查找,NCBI选择“Gene”输入基因的名字（eg.p53）-Search,基因序列查找,选择特定物种的p53基因eg.TP53(human),基因序列查找,获得TP53基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。下拉获得更多详细信息,基因序列查找,基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。,基因序列查找,基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息点击GenBank,GenBank:获得基因详细信息：位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。,基因序列查找,FASTA:获得基因的全部序列（包括非转录区序列）。,启动子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）查找P53的基因序列；,启动子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）选择特定物种的P53基因，例如human.,启动子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）获得humanp53基因的详细信息,启动子序列的查找,2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）；在染色体上的位置：Chromosome17-NC_000017.11转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度：7668402-7687550bp.启动子区位于基因5端2000bp，即7687550-7689550bp,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；查找第一外显子的位置：在p53基因的详细信息页面中查找mRNA的详细信息，确定其在基因序列中的位置。,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度：第一外显子位于基因5端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外显子位于启动子（7687550-7689550bp）的左侧174bp：7687376-7687550bp；第一外显子+启动子：7687376-7689550bp,启动子序列的查找,4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存为FASTA格式,启动子序列的查找,4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存为FASTA格式，用word打开。,启动子序列的查找,4、下载
人人文库> 全部分类> 教育资料 > 课件下载

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论