MS 问题集锦.doc

新手求答：1.一步计算完成后，有两个文件.xtd和.xsd。再继续下一步计算，在哪个文件上进行操作呢？2.到最终运算结束，分析文件的时候，要分析哪个文件呢？.xtd还是.xsd的，还是分析不同的参数要选不同的文件呢？1、一般xtd里全选，复制，新建xsd，粘贴出来即可；或者导入table取总能量最低的2、除非分析性质随时间变化，一般就用xsd分析xtd是轨迹文件，xsd是结构文件，下一步的计算一般选xsd文件，计算结束后分析不同的参数需要选不同的文件。1.Error calculate_finite_basis : Convergence failed when doing finite basis set correction这不提示了吗，应该是基组精度选择不合理改变一下参数也许能收敛，提高截止能量，降低一下K点或精度2.使用doml3计算磁性时，设置自旋多重度，发现Multiplicity: Select the multiplicity from the dropdown list to perform a calculation on a specific spin state. Available options are:AutoSingletDoubletTripletQuartetQuintetSextetSeptetOctet最高只能设到8。是吗？input文件中可以修改设到更高的多重度吗?有的文献的多重度可达到11。这是怎么回事？use formal spin的那个勾是表示使用formal spin作为初试自旋，而每个原子的formal spin是可以任意设置的。如果是采用formal spin达到目的，那么formal spin设置有什么限制没？根据什么规律设置？自旋多重度和总磁矩有关系吗？3. 1 MS结构优化后的Optimization coverenge图中各线分别是什么意思？与结构优化之间的关系？2 xsd与xtd两个结构图，是xsd为优化后的结构吗？如果以优化后结构继续计算性质，是不是只要打开此文件再calculation？1、 这三个在下面不是有说明吗？分别是能量变化，最大位移和最大力，当三者达到你设置的精度一下，就是分别低于相应的三条虚线时，scf完成2、对，xsd是最后优化好的结构，xtd应该是动画那种，要计算性质，就打开xsd文件calculation就ok了不过从图的全貌来看，并不是三者都达到基线以下了啊？如位移，还在基线以上。基线的确定是什么标准呢？即纵坐标表达的含义，其标准的规定以什么为原则？从这个例子来看，似乎是以能量趋稳作为判断收敛的标准即可，不需要三者同时达到是吧？最后，这个标准是不是选择精度后就默认的，而不是自主规定？能不能自己规定，在哪里规定呢？4. Dynamics calculation - Aborting dynamics.An unphysical integration step (100 Angstroms) has been detected.Try reducing the time step or relaxing the structure first.感觉应该是初始结构不好吧，所以让你relaxing the structure first。可能某一步的位移有异常，或者你试试减小步长，增加精度5.最近看到很多虫友提示gateway无法连接的问题，总结一下大致有两种情况：1、防火墙或者其他安全软件阻止gateway的启动，使gateway处于停止状态，从而导致gateway无法连接2、另外一个是gateway timeout 太小使得访问gateway太频繁而出现问题遇到上述第一种问题，可以尝试一下解决方法：首先从控制面板-管理工具-服务，然后查看MaterialsStudioGateway(18888)的状态，看一下gateway是否已启动，若停止，右键启动gateway，建议大家右键选择属性，修改启动类型为“自动”。有可能会出现不能启动的问题，查看一下360的云查杀，可能是gateway被列为可疑进程而被中止，把gateway添加到信任列表，再启动gateway就可以了。第二种问题可以通过 server console里面的设置增加gateway timeout来减小访问gateway频率补充一下：gateway必须在有网络连接的情况下才能启动，只要显示有连接就可以了1.如何用MS中的DMOL3模块，算完一个分子的所有性质之后，看到它的电荷密度差分布图， 比如氯化氢，都知道氢分子丢电子，氯分子的电子，所以氢分子的电子密度减小，氯分子的等咋，如何在从图中表现?在计算的时候，properties选项卡里面勾选Electron density。算完之后在输出文件.xsd中用Dmol的Analasis，选中Electron density，点import，就可以看到等值面。之后用工具条切片。工具条在viewtoolbarsvolume visulization中。点击Creat slices，有切片了。再右键调节color mapps，已经切片了，那么再看在volume visulization工具条中是不是有个按键color maps？或者在你的xsd窗口中右键，点击color maps。在弹出的窗口中有个From 0.0 To 200多的数字，表示电子密度的大小。这些数是可调节的，把To 200多的那个数调节到20或者100看看。顺便能把等直面给删了，点中等直面蓝色的球，按delete2. 利用MS中dmol3模块对有机分子进行优化并计算电荷密度，从计算结果文件中能看到电荷密度的具体数值，但想用Analysis中的view功能查看电荷密度分布图时view按钮为灰色，请问怎么解决？必须要有成功的output文件，选上所优化的结构，就可以view了.有输出的以outmol为后缀的文件，在里面也可以查到电荷的密度，但就是没法view如果计算结果收敛了，在“. DMol3 Energy”目录下，“.xsd”文件上双击，analysis的view键就由灰变白了，点击view后，在xsd上右键label，就可以将需要显示的数据标在xsd文件上3 用Dmol3做出来的吸附，可以对比吸附前后键能的变化DMol3结构优化时能量发生突变，最终也能收敛 初始结构应该是比较合理的（用分子力学优化过），用DMol3结构优化（高精度），开始30-50步能量一直在单调降低，然后突然增加，再慢慢降低，有的结构会多次突然增加。最终得到能量与最初的能量差不多，甚至更高，但优化成功结束。从结构上看，键角或空间位置有不合理之处。如果收敛出现突变的话，最终结构往往有不合理之处（如键角和空间位置）。顺便问一下，能否对特定结构进行频率分析？正在尝试对最终和最初结构分别用DMol3进行单点能量计算，勾选Frequency。不过好像很费时间。嗯，算频率是个不错的想法。突 变后的构型如果出现虚频，就说明不是真正的极小点请问MS中切面时蓝色框代表什么意思呢蓝色框的意思是切后以切面为顶面的晶体构造，可以看到，写着U、V的那个实线面和切面是平行的。至于U和V，应该是晶向指数中的U和V两个参数(，蓝色框框就是你切出来的slab不包含真空层的区域。U ，V是表面二维基矢。)蓝色框就是一个预告图，或者告诉你，切面是沿平行于实线蓝色面切的4 MgO是225号Fm-3m结构，Mg在0位置，O在0.5位置。那么按照(100)切割后，要按照新的面来取最小的周期重复面。那么，最小的新的面则是四个相同原子围一个中心的不同原子，也就是平面的“体心”，可以看到，这其实是在惯用NaCl晶胞中取了任意一个面，连接四条边的中点组成的平面图形。根据简单的计算可以知道，新的正方型的边长是a/sqrt(2)，即图中白线长度，也即新的晶胞的Lattice Parameter为b=a/sqrt(2)。并且转换后，需要以一个正方型的定点为新的原点，于是，相对新原点，中心原子的位置为（0.5,0.5,0），就是0.5b=0.5*a/sqrt(2)=a/2*sqrt(2)5 我看到文献提到Cerius2 的BFDH方法确定一种晶体可能的生长面。MS里面有没有方法可以确定矿物晶体的各种可能的生长面？生长的话应该是优先沿着表面能低的面 也就是密排面能带绘制第一步，选择模型文件，选择模块里的analysis（castep和dmol）一样第二步，选折能带结构（band stucture），点击view，画出能带，按CTRLC拷贝数据。也可以导出，再在origin里面导入，不过CTRLC快一些第三步：处理数据，不管CTRLC还是导出导入，都是两行数据，第一行是能带结构的横坐标，从0到1，反复。第二行是能量值，所以一组数据表示一条能带。要把能带按顺序排列需要不断地cut（ctrl+x)paste(ctrl+v)，最后把重复的横坐标去掉。第四步：画能带结构，（由于反复cut，paste慢，所以用我做好的文件作能带）第五步：把横坐标的字去掉，纵坐标改称energy，