艾滋病疫苗专题文献引文特征的可视化分析.docx

艾滋病疫苗专题文献引文特征的可视化分析谭婉君，张世玉，王 伟摘要以 Web of Science 的艾滋病疫苗研究文献作为数据来源，利用引文分析可视化软件 HistCite，找出代表艾滋病疫苗研究领域发展的重要文献，并分析文献之间引用与被引用关系和引用序列，获得引文编年图谱，梳理出艾滋病疫苗研究领域的发 展规律和历史发展轨迹，为国内外相关领域的研究人员提供一定的参考。关键词艾滋病疫苗; 引文分析; 引文编年图; HistCite中图分类号512 91文献标志码A文章编号1671 3982( 2014) 09 0065 04Visual analysis of features of citations in papers on AIDS vaccineTAN Wan jun，ZHANG Shi yu，WANG Wei( Department of Medical Informatics，School of Public Health，Jilin University，Changchun 130021，Jilin Province，China)Corresponding author: WANG WeiAbstractImportant papers representing the advances in AIDS vaccine research were retrieved from Web of Sci- ence using HistCite The citation chronological chart was plotted by analyzing the relation between their citation fre- quency and cited frequency，and analyzing their citation sequences，which shows the development rules and histori- cal development path in AIDS vaccine research，and provides a certain reference value for the researchers in related fields at home and abroadKey wordsAIDS vaccine; Citation analysis; Citation chronological chart; HistCite艾滋病( AIDS) 是一种病死率高、传播范围广的传染性疾病，且尚未发现有效的治愈方法1。研制 有效的艾滋病疫苗是控制艾滋 病流行甚至根除艾 滋病 的 理 想 途 径2。2012 年 1 月 13 日，国 务 院 正 式印发中国遏制与防治艾滋 病“十 二 五 ”行 动 计 划，提出我国将投入大笔资金用于防艾，并采取措 施加快艾滋 病 药 物 市 场 放 量，加 大 科 研 力 度，积 极 开展国际 合 作 与 交 流。癌症免疫疗法和疫苗设计 策略列入了 2013 年底 Science 挑选的年度“十大科 学突破”名单中。因此全面分析艾滋病疫苗研究领 域的历史发 展 轨 迹，准确把握其发展脉络和趋势， 对于研究人员来说具有现实意义。文献之间的引用关系是研究学科发展的重要 依据。本文利用引文分析可视化软件 HistCite 对艾 滋病疫苗研究文献进行可视化引文分析，全面揭示 其研究领域的发展规律和历史发展轨迹，并描述文 献研究的主要路径，以期为研究人员开展工作提供 有价值的信息。1 材料与方法1 1数据来源选取 Web of Science( WoS) 为数据来源，检索策略为: 主题 = AIDS vaccines or HIV vaccines or AIDSvaccine or HIV vaccine，时间跨度为所有年份，检索时 间为 2014 年 6 月 11 日。将检索到的文献以全记录 ( 包含引用的参考文献) 格式保存为文本文件，导入 HistCite 软件中，经过数据处理形成一个包含 12 611 篇文献的数据集合。1 2 分析方法采用引文时序分析方法，对文献间的引证关系作者单位吉林大学公共卫生学院医学信息学系，吉林 长春 130021作者简介谭婉君( 1990 ) ，女，吉林敦化人，硕士研究生。通讯作者王 伟( 1958 ) ，男，吉林长春人，系主任，教授，博士生 导师。E mail: w_w jlu edu cn。66中华医学图书情报杂志 2014 年 9 月 第 23 卷第 9 期Chin J Med Libr Inf Sci，Vol 23 No 9 September，2014进行时间上的分析，用引文之间的时序关系图表现某个研究主 题 的 来 龙 去 脉，展现科学发展历 史3。 动态跟踪科学领域主题演化规律，揭示学科知识发 展变化及其相互作用的特征与规律，追溯学科发展 轨迹，为发现的新知识增长点提供技术支撑4。引文编年图是引文时序分析的主要手段3，它 不但可以观察到某一学科专题 发展的沿革和继承 关系，还可发现这一专题研究在某一时间段内的发 展程度5。将从 WoS 下载的艾滋病疫苗相关文献导 入引文编 年 可 视 化 软 件 HistCite ( 版 本 为 12 3 17) 中，对文献进 行 统 计 分 析，并选取本地被引次数最 高的 26 篇文献生成可视化引文编年图，反映艾滋病 疫苗研究领域的历史发展轨迹，并描述其文献研究 的主要路径。2结果与分析2 1总体描述HistCite 读取数据运行后，以表格形式将所有文 献记录按 照 年 代 由远及近的顺序排列显示。当 前文献集合总共 12 611 篇文献，分布在 1 458 种期刊上，涉及 35 891 位著者，引用参考文献 22 7874 篇， 关键词 10 510 个。表 1 显 示 出 文 献 记 录 在 当 前 文 献集合中被引 用 次 数 ( LCS) 和 在 WoS 中 的 被 引 用 次数( GCS) ，以及该篇文献引用的参考文献总数量( NC )和属于当前文献集合的 参 考 文 献 数 量( LC) 。利 用 HistCite 的 作 图 功 能，试 验 性 选 择LCS 排名 靠前的文献生 成 引 文 编 年 图。从 结 果 上 看，涉及文献数量较多时，生成的编年图过于复杂， 甚至出现环 形 引 文 网 络，可视化分析效果不好; 涉 及的文献数量过少，则不能清晰地表达该研究领域 的发展脉络。通常根据文献计量学中的“二八律”， 把被引频次较高的前 20% 的论文作为高被引论文。 但是本 文的数据集合大，故按照统计学的一般规 律，选 取 累 计 LCS 值 占 总 量 的 前 10% 的 文 献，即 LCS 最高的前 26 篇文献( LCS 200) 进行重点分析( 表 1) ，生成引文编年图( 图 1) 。图 1 中，节点数为26，连接数为 56; LCS 最小值为 216，最大值为 715。表 1艾滋病疫苗领域 LCS 最高的前 26 篇节点相关文献信息序号文献号第一作者出版年份刊名LCS累计 LCSLCS 累计百分比 / %12345678910111213141516171819202122232425269611081522888655127575447542352121315233800137344483279173965524823491385083748912961028337236059Schmitz JEAmara Shiver JW Barouch DH Buchbinder SP Burton D Baba TW Walker LM Flynn MN Mascola J Barouch DHLi M Zwick MB Betts M Binley JA Gaschen B McElrath MJPitisuttithum P Kiepiela P Allen TMWu XL Shibata Parren PWHI Haynes BF Haynes BF Keele BF19992001200220002008200420002009200519992002200520012006200420022008200620072000201019992001201220052008ScienceScience Nature Science LancetNat Immunol Nat Med ScienceJ Infect Dis J Virol NatureJ Virol J Virol BloodJ Virol Science LancetJ Infect Dis Nat Med Nature ScienceNat MedJ VirolNew Engl J MedScienceP Natl Acad Sci Usa71561959353050338037736435335033932731831829929729729628326826726625923423021471513341927245729603340371740814434478451235450576860866385668269797275755878268093835986188852908292960 781 462 112 693 253 664 084 484 865 255 625 986 336 687 017 337 657 988 298 588 889 179 459 719 9610 267中华医学图书情报杂志 2014 年 9 月 第 23 卷第 9 期Chin J Med Libr Inf Sci，Vol 23 No 9 September，2014图 1 艾滋病疫苗研究领域 LCS 最高的前 26 篇文献引文编年图图 1 最左侧自上而下的空间顺序表示由先到后的引文年代，与年份平行的带数字圆圈表示 1 篇 文 献，圆圈中的数字即该节点文献在文献集合中的序 号，其大小与文献的 LCS 值成正比。同一行的圆圈，左边圆圈代表的文献发表时间要早于右边。以带箭 头的连线代表文献节点之间的 引 用 关 系，箭 头 指 向 的文献是被引用的文献。制中和抗体相关文献的被引频次不高。虽然艾滋病疫苗研究分为两个主要的研究 方 向，但 自 然 科 学 研 究存在 着相关性和互补 性7。从引文编年图可看 出，两者文献之间也存在相互引用。2 4历史发展轨迹对图 1 中的关键节点文献进行分析，大 体 揭 示了艾滋病疫苗研究领域的发展脉络。从细胞免疫方向看，1999 年美国哈佛大学教授 Schmitz JE 等通过动物模型实验，证明细胞免疫在控 制人体免疫缺陷病毒复制方面有一定作 用8; 2000年美国哈佛大学医学院的 Barouch DH 等 学 者 在 上 述研究的基础 之 上，研 制 出 一 种 DNA 疫 苗，被 证 明 能有效 控 制 恒 河 猴病毒血症和艾滋 病9; 2001 年 Barouch DH 教授的团队又利用人体免疫缺陷病毒 设计出 一种活载体病毒蛋白疫苗重 组 改 良 型 Ankara 牛痘病毒接种疫苗，恒河猴接种后能 有 效 抵 抗 SHIV( 人猴嵌合免疫缺陷病毒) 攻 击10; 美 国 默 克研究实验室学者 Shiver JW 于 1 年后同样用活载 体重组改良疫苗，并证明腺病毒疫苗能够有效地诱 发抗人体免疫缺陷病毒免疫 力11; 2001 年，埃 默 里 大学的 Amara 教授将 DNA 疫苗与重组病毒载体 以联合免疫方式共同接种，生成新疫苗进行实验，证 明其可诱导较强 黏 膜 免 疫12; 2005 年，美 国 加 州 大 学戴维斯分校的 Flynn MN 等设计出重组糖蛋白疫 苗用于对照试验研究，但其 期安慰剂对照试验结 果并不理想13; 2008 年，美国的 Buchbinder Susan P 基于美国默克公司研制的疫苗 试 验 结 果，证 明 以 刺 激机体产生细胞免疫反应为主的疫苗在非灵长类动 物模型中实验中有了一些有力 证 据，可 以 证 明 其 可2 2发展阶段分析图 1 显示了文献间的相互引用 关 系。可 以 看出，被引频次高的大部分文献发 表 在 1999 2002年。这一时期的文献对后期艾滋病疫苗研究的影响 较大，其中可能会存在艾滋病疫苗研究领域的奠基 性文献。2003 2005 年之间的文献节点稀少，说明 这一阶段艾滋病疫苗研究遇到 了 瓶 颈 期，导 致 有 影 响力的研究成果产出 减 少。2006 年之后艾滋病疫 苗相关研究领域的文献逐渐增 多，说明这一阶段新 的研究成果开始涌现。由于被引频次随着时间推移 不断增加，最近发表的文献被引频次相对较低，因而2009 年之后的文献并没有在图中出现。2 3 研究方向分析艾滋病疫苗研究领域的引文编年图大致分为左 右两个 区 域。阅读分析图中 的关键节点文献后得 知，强调研发强有力的具有抗病毒作用的中和抗体 ( 见图 1 中 A 部分) 和强调艾滋病疫苗研究中细胞 免疫的作用( 见 图 1 中 B 部 分) 是 艾 滋 病 疫 苗 研 究的两个主要研究方向。以上结论也在艾滋病疫苗领 域的文献综述中得到了证实。通过进一步阅读和分析得知，20 世纪 90 年代以来，因研究人员过于强调 细胞免疫而渐渐忽视了中和抗体的作 用6，所 以 研68中华医学图书情报杂志 2014 年 9 月 第 23 卷第 9 期Chin J Med Libr Inf Sci，Vol 23 No 9 September，2014以诱导很强的 T 细胞介导的免疫应答，但在人体内的研究结果则不太理想14。在研发强有力的具有抗病毒作用的中和抗体方 面，近些年相关文献研究较少，研究人员的关注点也 逐渐 偏 离。1999 年 Mascola J 等 人 通 过 实 验 研 究 研制的中和抗体的被动转移来抵御 SHIV 病毒对恒 河猴的攻击15; 2000 年 Baba TW 等人研究证明高 滴度的 IgG1 单克隆抗体的被动转移能保护猴子抵 抗黏膜感染16; 2004 2005 年仅有少数学者研制疫 苗，通过产生 中 和 抗 体 发挥抗感染能力; 2009 年 美 国学者 Walker，LM 等人从非洲感染志愿者的血清 中分离出中和抗体，对后续艾滋病疫苗研究提供了 一种新的设 计 框 架17。通过对上述关键节点文献 的解读可以看出，艾滋病疫苗研究领域的主要发展 路径，即在细胞免疫方向上，由研究重组病毒载体疫 苗为主，到注重疫苗诱导的体液免疫和细胞免疫反 应的均衡，活载体疫苗、DNA 疫苗、多价蛋白疫苗全 面发展，各类疫苗联合免疫，再到注重抗原结构和载 体的复制性，以诱导更强的体液免疫和细胞免疫反 应。总体来看，艾滋病疫苗研究由注重中和抗体的 作用渐渐向细胞免疫方向转移。相信随着研究力量 和研究资源的不断增加，将不断开发出新的改良疫 苗，最终实现预防和治疗艾滋病的愿望。3董 克，刘德洪，江 洪，等 基于主路径分析的 HistCite 结 果改进研究J 情报理论与实践，2011，34( 3) : 113 116叶春蕾，冷伏海 基于共词分析的学科主题演化方法改进研究 J 情报理论与实践，2012，35( 3) : 79 82 李运景，侯汉清，裴新涌 引文编年可视化软件 HistCite 介绍与 评价J 图书情报工作，2006，50( 12) : 135 138 张健慧，邵一呜 艾滋病疫苗临床试验及其研发策略J 中 国 艾滋病性病，2007，13( 1) : 87 90姚 冲，曹恒斌，王大力，等 基于 Web of Science 的藏红花研究 引文可视化分析J 中华 医学图书情报杂志，2013，22 ( 12 ) :70 74，78Schmitz JE，Kuroda MJ，Santra S，et al Control of Viremia in Simi- an Immunodeficiency Virus Infection by CD8 ( + ) LymphocytesJ Science，1999，283( 5403) : 857 860456789 Barouch DH，Santra S，Schmitz JE，et al Control of Viremia and Pre-vention of Clinical AIDS in hesus Monkeys by Cytokine augmen- ted DNA VaccinationJ Science，2000，290( 5491) : 486 49210Barouch DH，Santra S，Kuroda MJ，et al eduction of Simian human Immunodeficiency Virus 89 6P Viremia in hesus Mon- keys by ecombinant Modified Vaccinia Virus Ankara Vaccina- tionJ J Virol，2001，75( 11) : 5151 5158Shiver JW，Fu TM，Chen L，et al eplication incompetent Ade-noviral Vaccine Vector Elicits Effective Anti immunodeficiency virus ImmunityJ Nature，2002，415( 6869) : 331 335 Amara ，Villinger F，Altman JD，et al Control of a Mucosal Challenge and Prevention of AIDS by a Multiprotein DNA / MVA VaccineJ Science，2001，292( 5514) : 69 74Flynn MN，Forthal DN，Harro CD，et al Placebo controlled Phase 3Trial of a ecombinant Glycoprotein 120 Vaccine to Prevent HIV 1InfectionJ J Infect Dis，2005，191( 5) : 654 65Buchbinder SP，Mehrotra DV，Duerr A，et al Efficacy Assessment of a Cell mediated Immunity HIV 1 Vaccine ( the Step Study) : a Double blind，andomised，Placebo controlled，Test of con- cept trialJ Lancet，2008，372( 9653) : 1881 1893Mascola J，Lewis MG，Stiegler G，et al Protection of Macaques a- gainst Pathogenic Simian / human Immunodeficiency Virus 89 6PD by Passive Transfer of Neutralizing antibodiesJ J Virol，1999，73( 5) : 4009 4018Baba TW，Liska V，