蛋白质组学技术服务

蛋白质组学技术简介Abriefintroductionofproteomicstechnologies 主讲人 彭苑霞广州辉骏生物科技有限公司 1 2 一 蛋白质组学的背景 3 4 疾病VS正常用于寻找疾病相关的蛋白质标志物 研究疾病发病机制 药物处理VS对照阐明药物作用机制 寻找新的药物作用靶点 蛋白质磷酸化研究 蛋白质乙酰化研究 蛋白质相互作用研究 5 蛋白质组学研究的应用 二 蛋白质组学技术 6 双向电泳 2DE 第一向 等电聚焦 以蛋白质的等电点差异进行分离 第二向 SDS PAGE 根据蛋白质分子量大小差异进行分离 7 应用广 几乎可适用于所有物种 但对低丰度蛋白 极小 极大 极酸 极碱 难溶性蛋白难以分离 2DE原理 A小鼠脑组织B血清C动物细胞D拟南芥E胞外蛋白F线粒体 8 实验样本 目的 探讨囊藻毒素 MCLR 的毒性作用机制 寻找其毒性作用靶点 Zebrafishembryos 2DEproteomicsanalysis WBandRT qPCRanalysis 9proteinsarecorrelationwithMRLRtoxicmechanism 75spotschangedsignificantand40proteinswereidentified MCLRexposure 9 客户文章 荧光差异双向电泳 DIGE DIGE 用三种荧光染料 Cy2 Cy3 Cy5 标记不同组别的蛋白 其中Cy3和Cy5分别标记两组蛋白 Cy2标记所有组别蛋白的混合物 作为内参使用 在激光扫描仪中用三种不同波长的激光进行扫描 在同一张凝胶中可得到三组蛋白的图谱 10 DIGE的应用范围基本与2DE相同 DIGE原理 Mix IEF SDS PAGE DIGE实验流程 11 DIGE的优势 2DE Expressioninsample3andsample4increaseandoversample1and2 Expressiondecreaseinsample3 12 A 大鼠脑组织 B 植物根 C 植物花柱 D 大鼠肝脏组织 E 细菌膜蛋白 F 寄生虫 13 实验样本 4typesofT gondii DIGEproteomicsanalysis GO KEGGPATHWAY 110spotschangedsignificantand56proteinswereidentified Biologicalregulation metabolicprocess transporteractivityGlycolytic gluconeogenesispathway RT qPCRanalysis 12proteinsweredetectedinmRNAlevel 14 目的 研究不同表型线虫的蛋白质组表达差异情况 客户文章 SILAC 体内同位素标记技术培养基中添加轻 中 重型同位素的必须氨基酸进行细胞培养 使细胞内蛋白被稳定同位素标记 收获并裂解细胞 提取蛋白 按蛋白量等比例混合 酶切后 经过二维液相色谱分离组分 进入质谱仪进行质谱鉴定 质谱仪可检测到成对出现的肽段信号峰 通过定量软件可以得到蛋白质相对定量信息 15 SILAC的适用于是可传代的细胞中的蛋白质的鉴定与定量 SILAC原理 16 HPLC SILAC实验流程 Extract Mix Digest MS SANLVAAR 17 WhySILAC 标记效率高 可达100 定量准确 降低了由样品制备过程引起的误差 高通量 可同时进行3组实验 同时鉴定并定量数百至数千种蛋白质 灵敏度高 检可测测到纳克级水平 操作方便 在缺乏L 赖氨酸和L 精氨酸的培养基中添加同位素标记的这两种氨基酸 操作方便 18 SILAC LC MS MSproteomicsanalysis WBanalysis 77proteinsup regulatedand50proteinsdown regulated GO IPA 19 目的 探索口蹄疫病毒的感染机制 客户文章 iTRAQ 体外同位素标记技术蛋白质被酶切后形成多肽 用iTRAQ同位素试剂标记多肽N末端或赖氨酸侧链基团 标记后的肽段经过液相分离 进行一级质谱和二级质谱分析 在二级质谱前 被标记的不同样本中的同一种肽段表现为相同的质荷比和其他理化性质 而在二级质谱中 信号离子表现为不同质荷比 113 119 121 的峰 根据波峰的高度及面积 可以鉴定出蛋白质和分析出同一蛋白质不同处理的定量信息 20 iTRAQ原理 SILAC的适用于是可传代的细胞中的蛋白质的鉴定与定量 21 LabeledwithiTRAQreagents Mix Digest HPLC MS MS iTRAQ实验流程 WhyiTRAQ 标记效率高 可达97 高通量 可同时标记4 8个样品 高灵敏度 可检测纳克级样品 应用广 可标记各种动物 植物 微生物 血浆 体液 细胞培养物等样本 可标记修饰后的氨基酸 可进行蛋白质翻译后修饰的定性 定量研究 22 目的 研究SlyA过表达与细菌荚膜多糖合成的关系 toconstructSlyAoverexpressionstrain qPCRofCPSgenecluster iTRAQproteomics QuantitativeassayofCPS 77up regulatedproteinsand143downregulatedproteins 生物信息学分析 Mostenzymesassociatedwithglycolysisandcitratecyclepathwaywerereduced whileproteinsassociatedwithCPSsynthesiswereinduced 23 客户文章 蛋白质组学技术小结 24 辉骏生物科技有限公司简介 25 广州辉骏生物科技有限公司 原广州慧晶生物科技有限公司 位于广州市萝岗区科学城国际企业孵化器 是一家专注于生命科学技术服务的科技企业 公司以蛋白质组学为中心 包括各类分子生物学实验 为广大客户提供全方位的蛋白质组学相关 一站式 课题服务 辉骏生物愿与所有致力于生命科学及医药卫生领域的研究伙伴竭诚合作 开发拥有自主知识产权的创新性技术和产品 开创生物医药新天地 部分客户发表的文章 Bah A M etal ComparativeproteomicanalysisofTyphaangustifolialeafunderchromium cadmiumandleadstress JHazardMater184 191 203 2010 Dai H etal ComparativeproteomicanalysisofaluminumtoleranceinTibetanwildandcultivatedbarleys PLoSOne8 e63428 2013 Fan H etal Quantitativeproteomicsusingstableisotopelabelingwithaminoacidsincellculturerevealsproteinandpathwayregulationinporcinecircovirustype2infectedPK 15cells JProteomeRes11 995 1008 2012 Fu H etal Mitochondrialproteomicanalysisandcharacterizationoftheintracellularmechanismsofbis 7 tacrineinprotectingagainstglutamate inducedexcitotoxicityinprimaryculturedneurons JProteomeRes6 2435 46 2007 Han P etal TranscriptandProteinProfilingAnalysisoftheDestruxinA InducedResponseinLarvaeofPlutellaxylostella PLoSONE8 e60771 2013 Lan T Q Wei D Yang S T Liu X EnhancedcellulaseproductionbyTrichodermavirideinarotatingfibrousbedbioreactor BioresourTechnol133 175 82 2013 Li G etal Proteinexpressionprofilinginthezebrafish Daniorerio embryosexposedtothemicrocystin LR Proteomics11 2003 18 2011 26 Li Y etal ProductionofbiomassandlipidbythemicroalgaeChlorellaprotothecoideswithheterotrophic Cu II stressed HCuS couplingcultivation BioresourTechnol148 283 92 2013 Li Y etal ProductionofbiomassandlipidbythemicroalgaeChlorellaprotothecoideswithheterotrophic Cu II stressed HCuS couplingcultivation BioresourTechnol148 283 92 2013 Qiu N etal Proteomicanalysisofeggwhiteproteinsduringtheearlyphaseofembryonicdevelopment JProteomics75 1895 905 2012 Sun H etal Differencesingrainultrastructure phytochemicalandproteomicprofilesbetweenthetwocontrastinggrainCd accumulationbarleygenotypes PLoSOne8 e79158 2013 Xi L etal DifferentiallyexpressedproteinsofpathogenicPenicilliummarneffeiinyeastandmycelialphases JMedMicrobiol56 298 304 2007 Ye Y etal Quantitativeproteomicsbyaminoacidlabelinginfoot and mouthdiseasevirus FMDV infectedcells JProteomeRes12 363 77 2013 Zhou D H etal Changesintheproteomicprofilesofmousebrainafterinfectionwithcyst formingToxoplasm