SSH计算机集群_fluent计算说明.doc

能动学院计算机集群应用步骤一、 申请账户通过提交项目基本情况及所需资源来获得账户和密码二、 下载客户端SSH Secure Shell Client，账号连接 图1 客户端界面1、 edit-settings-connection，设置默认连接用户信息，见图2所示：host：7（学校计算机网络节点IP：此为大连理工大学能动学院集群）user：申请的用户名port：端口号22设置好后，以后每次只要点击就可以通过输入密码连接。 图2 连接设置2、 连接后界面 图3 登陆后界面3、 之后就可以输入命令了。4、 基本常用命令学习ls 查看该路径下的文档 （注:是LS，不要搞成1S）vi +文件名 对该文件进行编辑cd+具体路径 进入该路径的文件夹下比如：cd /home/liugf/fluentcd空格. 进入上级文件夹cd 进入下级文件夹按键盘delete或者backspace 回删文字* 表示所有东西i 编辑模式（用于更改job文件及oar文件，输入i才能更改文件内容）cp * ./文件名/ 复制所有东西到上一级文件夹里rm 删除Esc（键盘按键）: wq ：退出编辑并保存（用于用于更改job文件及oar文件）qsub job.sh 提交任务（在计算文件存放路径下提交）qstat 查看任务qdel 1234.power（具体任务的ID号） 删除任务，用于计算过久或者计算出错时查看硬盘下还有多少空间 du sh 三、 将linux版本的fluent上传到高性能计算机中心并安装（liugf的账号已经安装，后来人不用管安装的事了，要学的可以学学） 1、软件下载地址：已经发到郭老师163信箱附件中。文件名为：fluent6.3.26.sh2、上传，通过点击进入如下界面： 该界面是一种ftp上传软件，可通过鼠标拖拽，把个人机的文件上传到计算结点给用户分配的存储空间上。左为个人电脑，右为计算结点。 图4 上传文件界面5、 安装fluent（1）建立安装目录/home/liugf/fluent，把安装文件放在该目录下，liugf为账户名，可根据需要更改。（注：盘符下的文件夹不能有中文名）（2）对tar文件解压缩后出现sh格式的文件，可以直接安装该文件。 安装命令：sh fluent6.3.26.sh 注意：安装过程中需要输入安装目录，途中最后一行/home/changhua/回车即可。在之后的安装过程中*（1）直接回车*（2）直接回车*（3）yes回车*（4）yes回车*（5）安装完成* (6)最后也是最重要一步，license.dat文件的复制！把下载的license.dat文件复制到/Fluent.Inc/license/中！*四、 运行计算程序1、 运行前要知道的东西（1） 有四个重要文件*.dat、*.cas、job.sh、Fluent.sh，其中job.sh和Fluent.sh是根据你具体的计算更改的。（2） 每计算一个算例，都要把上面四个文件放在同一个文件夹里。2、 文件上传前要先对job.sh、Fluent.sh两个文件进行编辑。（1） job.sh的编辑#!/bin/sh# Simple multi-node Fluent job# Request 8 CPUs, with =1 CPU used per system#PBS -l nodes=1:ppn=8（要用8个CPU进行并行计算）# Give the job a descriptive name for emails (name must start with a letter)#PBS -N Fluent_1 （任务名字）# Change to directory from which job was submittedcd $PBS_O_WORKDIR# set number of processors to run on# (list of node names is in file $PBS_NODEFILE)nprocs=wc -l $PBS_NODEFILE | awk print $1 # Run default version of Fluent in parallel across nodes in $PBS_NODEFILE/home/changhua/fluent1/Fluent.Inc/bin/fluent（fluent安装路径） -g 3d（模型是2d（二维）还是3d（三维）.） -t$nprocs -cnf=$PBS_NODEFILE -pib.dapl -mpi=hp Results.dat (2) Fluent.sh的编辑rc TB.cas （读入cas文件）rd TB.dat （读入dat文件） /solve/iterate 3000 （稳态求解时候的迭代次数）/file/write-case-data （计算完成之后要保存）/home/changhua/E/tb （保存的目录，最后那个tb 是文件名，会生成tb.cas和tb.dat）Exit yes (退出)3、 文件上传到同一个文件夹中就可以开始计算了。需要输入命令： qsub job.sh然后系统会给出一个任务号，如：12345.power这时候就表示任务已经提交上去了。 以下内容为参考学习内容，遇到问题时可以看看下面的东西。可能会有收获！ 强制删除文件夹命令：（无论文件夹是否为空） Rm rf 文件夹名（3） Fluent.sh文件修改简介假设我的计算文件在这个路径下：/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesl 首先进入该路径cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesl 要编辑job文件，输入vi Fluent.sh，进入Fluent.sh文件，可以看到 图5 job文件的内容l 输入i，进入可以编辑的模式。稳态计算的job范例：命令解释/file/read-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap.cas 读入case和data文件下一句是文件路径/grid/reorder/reorder-zones重组网格，有利于计算（待验证）/file/auto-save/root-name /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap设置自动保存的文件名/file/auto-save/case-frequency 1000/file/auto-save/data-frequency 1000每算100步保存一个case和data文件/solve/iterate 150000迭代150000步/file/write-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap 计算完成，保存文件/exit y结束fluent运算非稳态计算的job范例：（经过俺的多次摸索，总算成功了。）命令解释/file/read-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap.cas 读入case和data文件下一句是文件的路径/grid/reorder/reorder-zones重组网格，有利于计算（待验证）/file/auto-save/root-name /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap设置自动保存的文件名/file/auto-save/case-frequency 200/file/auto-save/data-frequency 200每算100步保存一个case和data文件/solve/set/time-step