NCBI数据库的使用与功能介绍.ppt

NCBI数据库 邱婷 NCBI分子生物学数据库http www ncbi nlm nih gov 美国国立医学图书馆 NLM 于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心 NationalCenterofBiotechnologyInformation 简称NCBI NationalCenterofBiotechnologyInformation NCBI首先创建GenBank数据库 在重点开发GenBank的同时 又于1991年开发了Entrez数据库检索系统 该系统整合了GenBank EMBL PIR和SWISS PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息 并通过相关链接 将他们有机地结合在一起 NationalCenterofBiotechnologyInformation 以IL6基因为例 如何查找基因序列 mRNA Promoter如何查找连续的mRNA cDNA 蛋白序列 Mapviewer是NCBI网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具 通过Mapviewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置 基因序列 内含子及外显子的排列 基因的细胞遗传学图 EST SNP等等许多有用的信息 利用Mapviewer查找基因序列 mRNA序列 启动子Promoter 利用Mapviewer查找基因序列 mRNA序列 启动子Promoter 如何查找连续的mRNA cDNA 蛋白序列 蛋白序列 mRNA序列 已知一基因序列 CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC 1 这是哪个基因 2 编码的蛋白质序列是怎么样的 3 有没有保守的功能结构域 4 它的功能是怎样的 5 有没有三级结构 BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作 有几种比较方法可选择 Blastp 一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较Blastn 一个核酸序列与一个核酸数据库比较 Blastx 一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较 可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物 Tblastn 一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据库比较 Tblastx 一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种读框比较 但由于计算太复杂在网页中不能应用 Geneinfo 17号染色体 功能注释 GeneOntology 该基因定位于人体第17条染色体 基因表示符为 NM 001168 2初步的功能分析 细胞周期 caspase酶的抑制因子等 获取蛋白质的序列信息 该蛋白质中包含142个氨基酸 序列标识符为 NP 001159