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文档简介
遗传方差的计算 遗传方差的计算是数量遗传分析中常需要用的计算之一 其实原理并不复杂 但 对于新接触数据遗传的朋友或者是非数据遗传专业的研究者 这个问题还是有一 定 难度的 由于原理非常简单 并且多数情况也只是想知道遗传方差如何计算 所以下面直接列出计算方法 但是计算遗传方差之前 需要介绍一下遗传效应定 义方面的知识 以 F2 群体为例 此类分析群体有三种基因型 aa ab 和 bb 其比例为 1 4 1 2 和 1 4 将三种基因型的基因型值计作 Yaa Yab Ybb 设将中亲值 加性效应和显性效应定义如下 M Yaa Ybb 2 A Yaa M Yab M 2 Yaa Ybb 2 D Yab M 则三种基因的基因型值可以表示为 Yaa y1 M A Y Yab y2 M D Ybb y3 M A 1 1 0 1 M 0 A 1 D 1 1 0 1 1 0 M 1 0 1 A 1 1 0 D 令 1 1 0 M X 1 0 1 B A 1 1 0 D 则 Y 的期望为 eY XB y1 y2 y3 当 M A D 均已知时遗传方差的计算有以下两种方式 1 总遗传方差可以这样计算 已知 y1 M A y2 M D y3 M A 令 m y1 4 y2 2 y3 4 M D 2 则 Vg y1 2 4 y2 2 2 y3 2 4 m 2 A 2 2 D 2 4 此处有问题 应该 是Ybb M 2 分别计算加性遗传方差 Va 和显性遗传方差 Vd 仅考虑加性效应 A 时 即忽略均值 M 和显性效应 D 已知 y1 y2 y3 A 0 A 令 m y1 4 y2 2 y3 4 0 则 Va y1 2 4 y2 2 2 y3 2 4 m 2 A 2 2 仅考虑显性效应 D 时 即忽略均值 M 和显性效应 A 已知 y1 y2 y3 0 D 0 令 m y1 4 y2 2 y3 4 0 4 D 2 0 4 D 2 则 Vd y1 2 4 y2 2 2 y3 2 4 m 2 0 2 4 D 2 2 0 2 4 D 2 2 D 2 2 D 2 4 D 2 4 由于方差是可加的 因此 Vg Va Vd A 2 2 D 2 4 故以下两种方法的结算结果是完全相同的 遗传力的计算本身非常简单 如果是以固定效应方法估计的 多数软件中使用这种方差 计算分两步 1 先将利用效应值计算出遗传方差 Vg 2 再根据表型方差 Vp 和遗传方差 Vg 计算出遗传力 h 2 Vg Vp 对于单 QTL 模型而言 如果群体的剩余方差 Ve 已知 则 Vp V
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