Jmol使用方法说明.doc

Jmol使用方法说明SelectAll选择全部None取消选择ProteinAll 选择蛋白质全部 Backbone选择蛋白质主干Side Chains选择蛋白质侧链Polar Residues选择蛋白质的极性残基Nonpolar Residues选择蛋白质的非极性残基Basic Residues(+)选择蛋白质的碱性残基Acidic Residues(-)选择蛋白质的酸性残基Uncharged Residues选择蛋白质的无电荷残基By Residue Name通过残基名进行选择NucleicAll选择所有核酸Backbone选择核酸主干Bases选择碱基DNA选择脱氧核糖核酸RNA选择核糖核酸A选择腺嘌呤C选择胞嘧啶G选择鸟嘌呤T选择胸腺嘧啶U选择尿嘧啶AT Pairs选择腺嘌呤胸腺嘧啶对儿AU Pairs选择腺嘌呤尿嘧啶对儿GC Pairs选择鸟嘌呤胞嘧啶对儿HeteroAll选择所有杂原子Solvent选择溶剂Water选择水分子Except Solvent排除溶剂Except Water排除水分子Ligand选择配体OtherCarbohydrate选择糖类Lipid选择脂类Other其它ElementCarbon选择碳元素Hydrogen选择氢元素Oxygen选择氧元素Nitrogen选择氮元素Phosphorus选择磷元素Sulphur选择硫元素ModelAll Models选择所有模型FrameAll Frames选择所有框架 Invert Selection逆转选择 Display Selected Only只显示选择的部分RenderSchemeCPK Spacefill显示CPK空间填充Ball and Stick显示球和棒结构Sticks显示棒结构Wireframe显示键的大小AtomsOff不显示的范德华半径15%Vanderwaals显示15的范德华半径20%Vanderwaals显示20的范德华半径25%Vanderwaals显示25的范德华半径50%Vanderwaals显示50的范德华半径75%Vanderwaals显示75的范德华半径100%Vanderwaals显示100的范德华半径BondsOff关闭键的显示On打开键的显示0.10埃显示0.10埃的键长0.15埃显示0.15埃的键长0.20埃显示0.20埃的键长0.25埃显示0.25埃的键长0.30埃显示0.30埃的键长Hydrogen BondsOff关闭氢键的显示On打开氢键的显示Set H-Bonds Side Chain设置氢键侧链Set H-Bonds Backbone设置氢键主干0.10埃显示0.10埃的氢键长0.15埃显示0.15埃的氢键长0.20埃显示0.20埃的氢键长0.25埃显示0.25埃的氢键长0.30埃显示0.30埃的氢键长Disulfide BondsOff关闭二硫键的显示On打开二硫键的显示Set SS-Bonds Side Chain设置二硫键侧链Set SS-Bonds Backbone设置二硫键主干0.10埃显示0.10埃的二硫键长0.15埃显示0.15埃的二硫键长0.20埃显示0.20埃的二硫键长0.25埃显示0.25埃的二硫键长0.30埃 显示0.30埃的二硫键长StructuresOff关闭结构显示Backbone显示主干结构Trace显示轨迹结构Cartoon显示卡通结构Ribbons显示条带结构LabelsNone不对任何原子进行标识With Element Symbol标识出元素符号With Atom Name标识原子名With Atom Number标识原子序列号Position Label on AtomCentered使所有原子居中Upper Right使所有原子在右上角Lower Right使所有原子在右下角Upper Left使所有原子在左上角Lower Left使所有原子在左下角ColorAtomsBy SchemeElement (CPK)以元素为单位对原子着色Amino以氨基为单位对原子着色Secondary Structure以二级结构为单位对原子着色Chain以链为单位对原子着色Charge对有价原子着色Black使所有原子以黑色显示White使所有原子以白色显示Red使所有原子以红色显示Yellow使所有原子以黄色显示Green使所有原子以绿色显示Blue使所有原子以蓝色显示BondsInherit继承Black使所有键以黑色显示White使所有键以白色显示Cyan使所有键以青色显示Red使所有键以红色显示Orange使所有键以橙色显示Yellow使所有键以黄色显示Green使所有键以绿色显示Blue使所有键以蓝色显示Indigo使所有键以靛色显示Violet使所有键以紫罗兰色显示Hydrogen BondsInherit继承Black使所有氢键以黑色显示White使所有氢键以白色显示Cyan使所有氢键以青色显示Red使所有氢键以红色显示Orange使所有氢键以橙色显示Yellow使所有氢键以黄色显示Green使所有氢键以绿色显示Blue使所有氢键以蓝色显示Indigo使所有氢键以靛色显示Violet使所有氢键以紫罗兰色显示Disulfide BondsInherit继承Black使所有二硫键以黑色显示White使所有二硫键以白色显示Cyan使所有二硫键以青色显示Red使所有二硫键以红色显示Orange使所有二硫键以橙色显示Yellow使所有二硫键以黄色显示Green使所有二硫键以绿色显示Blue使所有二硫键以蓝色显示Indigo使所有二硫键以靛色显示Violet使所有二硫键以紫罗兰色显示BackboneInherit继承By SchemeElement (CPK)显示主干的元素（CPK）Amino显示主干的氨基Secondary Structure显示主干的二级结构Chain显示主干的链Charge显示主干的价电子Black使主干以黑色显示White使主干以白色显示Cyan使主干以青色显示Red使主干以红色显示Orange使主干以橙色显示Yellow使主干以黄色显示Green使主干以绿色显示Blue使主干以蓝色显示Indigo使主干以靛色显示Violet使主干以紫罗兰色显示TraceInherit继承By SchemeElement (CPK)显示主干轨迹上的元素（CPK）Amino显示主干轨迹上的氨基Secondary Structure显示主干轨迹上的二级结构Chain显示主干轨迹上的链Charge显示主干轨迹上的电荷Black使主干轨迹以黑色显示White使主干轨迹以白色显示Cyan使主干轨迹以青色显示Red使主干轨迹以红色显示Orange使主干轨迹以橙色显示Yellow使主干轨迹以黄色显示Green使主干轨迹以绿色显示Blue使主干轨迹以蓝色显示Indigo使主干轨迹以靛色显示Violet使主干轨迹以紫罗兰色显示CartonInherit继承By SchemeElement (CPK)显示卡通的元素（CPK）Amino显示卡通的氨基Secondary Structure显示卡通的二级结构Chain显示卡通的链Charge显示卡通的电荷Black使卡通以黑色显示White使卡通以白色显示Cyan使卡通以青色显示Red使卡通以红色显示Orange使卡通以橙色显示Yellow使卡通以黄色显示Green使卡通以绿色显示Blue使卡通以蓝色显示Indigo使卡通以靛色显示Violet使卡通以紫罗兰色显示RibbonsInherit继承By SchemeElement (CPK)显示条带的元素（CPK）Amino显示条带的氨基Secondary Structure显示条带的二级结构Chain显示卡通的链Charge显示条带的电荷Black使条带以黑色显示White使条带以白色显示Cyan使条带以青色显示Red使条带以红色显示Orange使条带以橙色显示Yellow使条带以黄色显示Green使条带以绿色显示Blue使条带以蓝色显示Indigo使条带以靛色显示Violet使条带以紫罗兰色显示LabelsInherit 继承Black 使标识以黑色显示White 使标识以白色显示Cyan 使标识以青色显示Red 使标识以红色显示Orange 使标识以橙色显示Yellow 使标识以黄色显示Green 使标识以绿色显示Blue 使标识以蓝色显示Indigo 使标识以靛色显示Violet 使标识以紫罗兰色显示BackgroundBlack使背景以黑色显示White使背景以白色显示Cyan使背景以青色显示Red使背景以红色显示Orange使背景以橙色显示Yellow使背景以黄色显示Green使背景以绿色显示Blue使背景以蓝色显示Indigo使背景以靛色显示Violet使背景以紫罗兰色显示Zoom50% 选择放缩的比例100%150%200%400%800%Zoom In 放大Zoom Out 缩小SpinOn 旋转Off 停止Set X Rate 设置X轴坐标Set Y Rate 设置Y轴坐标Set Z Rate 设置Z轴坐标Set FPS 设置FPSAnimate 动画Animation Model动画模型Play Once演示一次PallindromeLoop循环演示Play 演示Stop 停止Next Frame 下一帧Previous Frame 前一帧Rewind 循环Reverse Play 颠倒演示Set FPS 设置FPSCrystal 晶体结构Axes 坐标轴Hide隐藏Potted显示Pixel Width象素大小Angstrom Width埃（长度单位）Color颜色Boundbox 晶体框Hide隐藏Potted显示Pixel Width象素大小Angstrom Width埃（长度单位）Color颜色UnitcellHide隐藏Potted显示Pixel Width象素大小Angstrom Width埃（长度单位）Color颜色OptionsShow Selection Halos显示选择原子的光环效果Show Hydrogen