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真实世界中医诊疗数据挖掘分析的探索与实践 2012 07 5 一 数据挖掘概述二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状三 数据挖掘对真实世界中医诊疗数据的要求四 数据挖掘常用工具五 真实世界中医诊疗数据挖掘的思考 主要内容 一 数据挖掘概述 数据挖掘 DataMining DM 是从大量的 不完全的 有噪声的 模糊的 随机的数据集中识别有效的 新颖的 潜在有用的 以及最终可理解的模式的非平凡过程 数据挖掘作为知识发现 KDD 的一个步骤 10 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 几千年来 中医临床实践积累了海量的真实世界中医诊疗数据 东汉末年 医圣张仲景钻研和分析已有文献典籍 素问 九卷 八十一难 阴阳大论 胎胪药录 等 并结合临床诊疗经验 利用古代数学等相关知识 得出了六经辨证模式 撰写出被后人称为辨证论治典范的著作 伤寒杂病论 体现了现代数据挖掘技术的朴素思想 19 当今 利用先进的数据挖掘技术 在海量的真实世界中医数据中 发现启发性或可验证性的中医诊疗规律 将会对疾病的防御和治疗 对人们更好地了解中医的内涵以及促进中医的发展具有重要的现实意义 从上世纪90年代以来 随着数据挖掘技术的成熟和广泛应用 利用数据挖掘等先进的信息技术手段 总结名老中医诊疗经验 探索中医辨证论治规律已逐渐成为国内中医领域的研究热点 利用聚类 46 55 关联规则 56 65 贝叶斯网络与贝叶斯分类 66 70 SVM 71 73 回归分析和判别分析 74 77 神经网络 78 81 Rough集 82 85 文本挖掘 86 89 复杂网络 90 91 因子分析和主成份分析 92 94 隐结构模型 95 102 隐马尔科夫模型 106 108 主体模型 109 114 等多种数据挖掘技术 广泛探索中医 辨证论治 的诊疗规律 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 聚类分析 189个案例中半夏泻心汤7味中药聚成四类 各类药物的平均用量 g 53 聚类结果示例 10 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 聚类分析 35个肾虚辨证因子聚类分析树状图 49 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 聚类分析 3238例糖尿病数据中50个症状的部分分层聚类结果 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 3238例糖尿病数据中50个症状 聚类分析 利用SPSS 对Breastcancer数据中的1207例数据进行K means聚5类的结果 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 应用聚类分析存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 参数选择问题聚类都涉参数选择问题 如 聚类数与距离函数 或密度函数 都需要人为设定 不同的参数设置通常会得到不同的聚类结果 尤其是面对高维稀疏数据时 聚类结果受距离函数 或密度函数 的影响更为突出 中医在症状 证候和复方药物的描述中具有高维性和稀疏性特征 据我们对3000多例糖尿病数据统计得知 常用的症状或中药名称约500种 证候描述约1000多种 而每个患者描述的症状 中药与证候诊断约20种左右 应用聚类分析存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 中医临床数据特点 文本数据特点 参数选择问题 特点 变量值稀疏且单一 应用聚类分析存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 聚类的单分配性 聚类结果示例 10 在 辨证 时 一种症状可表现在不同的证候中 一个患者可以表现出不同的证候 在利用复方 论治 时 一种中药可以出现在不同的复方里 所以在分析这些中医问题时 都不适合单纯使用聚类方法 应用聚类分析存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 中医药术语的语义复杂性 随着几千年语言文化的演变 中医术语普遍存在一词多义 Polysemy 和多词一义 Synonymy 的现象 如 喘 与 气喘 纳呆 与 厌食 以及 食欲不振 不寐 与 失眠 等在症状中的不同描述 在中草药中如 瓜蒌 与 瓜壳 姜 与 生姜 等的描述 在证候中如 伤寒 一词 可以是外感病的统称 也可以指外感风寒的感冒 在聚类挖掘中距离 或密度 的计算时 难以顾及特证词的语义问题 解决办法 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 参数选择问题聚类的单分配性中医药术语的语义复杂性 专家指导 算法反复尝试采用模糊聚类算法或其它算法建立 完善中医临床术语系统 构建中医本体 Ontology 125 关联规则 舌苔薄 白 中虚气滞 50 舌质红 中虚气滞 66 胃脘痞胀 舌苔薄 白 吞酸或泛酸 舌质红 中虚气滞 100 基于辨证 中虚气滞 关联规则 57 四诊信息与证候的关联 59 四诊信息与用药的关联 59 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 应用关联规则存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 参数设置 最小支持度 support 和置信度 confidence 这两个主要参数的设置 当参数设置较大时 学习出的规则会很少 不具有代表性 而当参数设置较小时 由于规则是考察变量之间的组合而产生 将会得出比变量多得多的规则 导致研究人员或领域专家又被淹没在大量的规则里 临床专家对规则的解释 隐结构模型 利用隐结构模型分析2600例肾虚患者的35个症状的部分图解 96 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 应用隐结构模型存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 与聚类算法具有相同的问题运行速度较慢由于学习的目的是建立一个分层树状的贝叶斯网络 学习算法是使用在一次迭代中只能在分层树上进行一个局部变动的贪心方法 例如 引入一个隐变量或者删除一条边 有较高的计算复杂度 导致学习效率比较低 例如 文献 96 对2600个肾虚病例中67个症状的35个症状建立了HLC模型 使用2 4GHz的奔腾IV计算机 花费了98 5小时 而对于分析全部的67个症状就较难处理 主题模型 3238例糖尿病中药数据中提取的8个主题中的3个主题 3238例糖尿病症状数据中提取的20个主题中的若干个主题 矩形框左上角之间的距离代表主题间的距离 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 主题模型 3238例糖尿病数据的的症状 中药 诊断主题模型的其中一个主题的概率分布 115 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 应用主题模型存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 参数选择问题没有考虑症状的轻重程度 中药的剂量 以及诊断的轻重程度没有考虑变量间的父子关系 如肢体麻木 下肢麻木 解决办法 无参算法设计对变量合理量化症状 轻 1 中 2 重 3 对中药剂量进行合理归一化结合中医本体研究有效的主题模型算法 部分可观察马尔可夫决策过程 模型给出患者的处方治疗方案 112 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 应用部分可观察马尔可夫决策过程存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 对同一病例跟踪记录的诊次数据较少对症状的变化值记录不全 复杂网络 药物配伍网络示意图 124 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 应用复杂网络存在的问题 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 目前还没有考虑中药的剂量 OLPA 数据立方体 上卷 下钻的例子 10 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 OLPA 信息所snomed数据的临床所见分层部分结构 二 真实世界中医诊疗数据挖掘的研究现状 真实世界中医诊疗数据的术语是否准确 术语变量对应的值是否准确 采集数据是否便于结构化 都会影响数据挖掘的最终结果 数据的完整性 语义关联性等 也影响数据挖掘的最终结果 三 数据挖掘对真实世界中医诊疗数据的要求 三 数据挖掘对真实世界中医诊疗数据的要求 临床术语变量间应有同义关系 父子关系等标志 主要症状变量描述 112 术语分层 三 数据挖掘对临床术语的要求 临床术语变量有对应的值 且能够转化为适合分析的结构化数据 类风湿病诊断信息表 82 四 数据挖掘常用工具软件 一 WekaWeka包括分类 聚类和关联规则 属性选择等功能 它是开源软件 二 SPSS著名的统计分析软件之一 包含假设检验 统计推断 预测 制图等多种数据分析方法 三 SASSAS是一种功能强大的数据分析工具 包括数据获取工具 数据取样工具 数据筛选工具 数据变量转换工具 数据挖掘数据库 数据挖掘过程 多种形式的回归工具 为建立决策树的数据剖分工具 决策树浏览工具 人工神经元网络数据挖掘的评价工具 五 真实世界中医诊疗数据挖掘的思考 1 术语 临床数据的规范性仔细研究临床术语的特征与分类规则 开发临床术语系统与中医本体 对其进行有效维护 便于在电子病历中与数据挖掘中的应用 电子病历设计人员与数据挖掘人员间有效沟通 设计合理 有效的临床数据存储格式 采集便于分析的完整的 准确的数据 2 各医疗病种提出可行的数据挖掘目标中医临床人员与数据挖掘人员的有效沟通 设计数据挖掘目标 并且对分析挖掘获得的结果进行反复分析研究 3 挖掘方法的可行性 可解释性 便捷性 开发有效的 适合中医临床数据的集成多种数据挖掘方法的分析挖掘系统 便于被医疗人员和管理人员便捷使用 参考文献 1 刘保延 张志斌 古代辨证方法的研究思路探讨 中国中医基础医学杂志 2004 10 5 325 331 2 邓铁涛 辨证论治是中医临床医学的灵魂 中医药学刊 2002 20 4 394 395 3 胡镜清 刘保延 王永炎 中医临床个体化诊疗信息特征与数据挖掘技术应用分析 世界科学技术 中医药现代化 2004 6 1 14 16 4 刘保延 周雪忠 中医临床研究方法的思考与实践 系统生物学湿干研究模式与中医临床研究 世界科学技术 中医药现代化 2007 9 1 85 89 5 周雪忠 中医临床数据仓库构建及临床数据挖掘方法研究 博士后出站报告 中国中医科学院 2007 6 刘明武 是告别 还是积极传承 中国中医基础医学杂志 2007 13 3 161 166 7 袁占国 十大问题困扰巾医药的生存与发展 甘肃中医 2008 21 11 13 8 朱杭溢 中医的生存与发展是历史的必然 中华中医药学刊 2007 25 11 2377 2379 9 T Mitchell Machinelearninganddatamining CommunicationsoftheACM 1999 42 11 31 36 10 J Han M Kamber Datamining Conceptsandtechniques MorganKaufmann SanFrancisco CA 2001 11 D Hand H Mannila P Smyth Principlesofdatamining MITPress Cambridge CA 2001 12 史忠植 知识发现 清华大学出版社 北京 2002 13 I Witten E Frank Datamining PracticalMachineLearningToolsandTechniques 2ndEdition MorganKaufmann Massachusetts USA 2005 14 王珏 周志华 周傲英 机器学习及其应用 清华大学出版社 北京 2006 15 参考文献 26 B Liu J Hu Y Xie etal EffectsofintegrativeChineseandwesternmedicineonarterialsaturationinpatientswithsevereacuterespiratorysyndrome JournalofChineseIntegrativeMedicine 2004 10 2 117 122 27 WorldHealthOrganization SARS ClinicaltrialsontreatmentusingacombinationoftraditionalChinesemedicineandwesternmedicine 2004 28 V Konkimalla T Efferth Evidence basedChinesemedicineforcancertherapy JournalofEthnopharmacology 2008 116 207 210 29 Z Wang Z Chen Acutepromyelocyticleukemia fromhighlyfataltohighlycurable Blood 2008 111 2505 2515 30 L Wang G Zhou P Liu etal DissectionofmechanismsofChinesemedicinalformulaRealgar Indigonaturalisasaneffectivetreatmentforpromyelocyticleukemia ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences 2008 105 4826 4831 31 H Diener K Kronfeld G Boewing etal Efficacyofacupuncturefortheprophylaxisofmigraine amulticentrerandomisedcontrolledclinicaltrial LancetNeurol 2006 5 310 316 32 B Flaws P Sionneau ThetreatmentofmodernwesternmedicaldiseaseswithChinesemedicine atextbookandclinicalmanual 2nded BluePoppyPress 2005 33 J Rao K Mihaliak K Kroenke etal Useofcomplementarytherapiesforarthritisamongpatientsofrheumatologists AnnalsofInternalMedicine 1999 131 409 416 34 D Eisenberg R Davis S Ettner etal TrendsinalternativemedicineuseintheUnitedStates1097 resultsofafollow upnationalsurvey JournaloftheAmericanMedicalAssociation 1998 280 18 1569 1575 35 K Honda J Jacobson UseofcomplementaryandalternativemedicineamongUnitedStatesadults theinfluencesofpersonality copingstrategies andsocialsupport PreventiveMedicine 2005 40 1 46 53 36 K Thomas J Nicholl P Coleman UseandexpenditureoncomplementarymedicineinEngland apopulationbasedsurvey ComplementaryTherapiesinMedicine 2001 9 2 11 37 H Yamashita H Tsukayama C Sugishita PopularityofcomplementaryandalternativemedicineinJapan atelephonesurvey ComplementaryTherapiesinMedicine 2002 10 84 93 38 姚美村 袁月梅 艾路 等 数据挖掘及其在中医药现代化研究中的应用 北京中医药大学学报 2002 25 5 20 23 39 乔延江 李澎涛 苏钢强 等 中药 复方 KDD研究开发的意义 北京中医药大学学报 1998 21 3 15 17 40 田琳 数据挖掘及其在中医药领域中的应用 中国中医基础医学杂志 2006 11 9 7l0 711 参考文献 41 丁维 蒋永光 宋姚屏 等 中医知识发现研究现状 数理医药学杂志 2007 20 3 403 404 42 李志更 王天芳 任婕 等 中医科研中几种常用数据挖掘方法浅析 中医药学报 2008 36 2 29 32 43 X Zhou B Liu TraditionalChinesemedicineclinicaldatamining experiencesandissues ProceedingsoftheWorkshoponAdvancesandIssuesinBiomedicalDataMiningatthe13thPacific AsiaConferenceonKnowledgeDiscoveryandDataMining 2009 11 20 44 Y Feng Z Wu X Zhou etal KnowledgediscoveryintraditionalChinesemedicine Stateoftheartandperspectives ArtificialIntelligenceinMedicine 2006 38 3 219 236 45 X Zhou S Chen B Liu etal DevelopmentoftraditionalChinesemedicineclinicaldatawarehouseformedicalknowledgediscoveryanddecisionsupport ArtificialIntelligenceinMedicine 2010 48 139 152 46 刘稼 聚类分析在中医药研究中的应用及意义 中医药学刊 2004 22 5 927 928 47 李建生 胡金亮 余学庆 基于聚类分析的径向基神经网络用于证候诊断的研究 中国中医基础医学杂志 2005 11 9 685 687 48 邓兆智 何弈亭 余煜绵 等 计算机模式识别法对类风湿关节炎中医证候判断与常规临床判断的比较 中国中西医结合杂志 1996 16 12 727 729 49 刘明 王米渠 六纲与肾虚症状聚类分析的方法及问题探索 现代中西医结合杂志 2005 14 9 1117 1119 50 张世筠 沈明秀 王先春 等 中医肝证的变量聚类分析 中国中西医结合杂志 2004 24 1 75 76 51 Q Zhang W Zhang J Wei etal CombineduseoffactoranalysisandclusteranalysisinclassificationoftraditionalChinesemedicalsyndromesinpatientswithposthepatiticcirrhosis JournalofChineseIntegrativeMedicine 2005 3 1 14 18 52 Q He J Wang Y Zhang etal ClusteranalysisonsymptomsandsignsoftraditionalChinesemedicinein815PatientswithUnstableAngina Proceedingsofthe6thInternationalConferenceonFuzzySystemsandKnowledgeDiscovery 2009 435 439 53 李国春 史欣德 半夏泻心汤临床案例用药量的聚类分析 中医药学刊 2005 23 5 836 838 54 周德生 明清时期津液亏损案573例辨证用药统计分析 中医药研究 1998 14 4 12 13 55 周君 冯妍 明清时期消渴病案59例用药统计分析 国医论坛 2005 20 6 18 18 参考文献 56 王华 胡学钢 基于关联规则的数据挖掘在临床上的应用 安徽大学学报 自然科学版 2006 30 2 21 25 57 钟颖 胡雪蕾 陆建峰 基于关联规则和决策树的中医胃炎诊断分析 中国中医药信息杂志 2008 15 8 97 99 58 李文林 赵国平 陆建峰 等 关联规则在名医临证经验分析挖掘中的应用 南京中医药大学学报 2008 24 1 21 24 59 朱立成 林色奇 薛汉荣 等 名中医哮喘医案445例关联规则分析 江西中医学院学报 2007 19 5 83 87 60 吴荣 王阶 周雪忠 等 基于关联规则的名老中医冠心病用药规律研究 中国中药杂志 2007 32 17 1786 1788 61 姚美村 艾路 袁月梅 等 消渴病复方配伍规律的关联规则分析 北京中医药大学学报 2002 25 6 48 50 62 陈擎文 数据挖掘技术在古代名中医中风医案之应用研究 中华中医药学刊 2008 26 10 2254 2257 63 Z Zhou Z Wu C Wang etal Miningbothassociatedandcorrelatedpatterns ProceedingsofInternationalConferenceonComputationalScience 2006 468 475 64 C Li C Tang J Peng etal NNF AneffectiveapproachinmedicineparinganalysisoftraditionalChinesemedicineprescriptions Proceedingsof10thInternationalConferenceofDatabaseSystemsforAdvancedApplications 2005 576 581 65 何前锋 崔蒙 吴朝晖 等 方剂中配伍知识的发现 中国中医药信息杂志 2004 11 7 655 658 66 B Pang D Zhang N Li etal ComputerizedtonguediagnosisbasedonBayesiannetworks IEEETransactiononBiomedicalEngineering 2004 51 10 1803 1810 67 H Wang J Wang AquantitativediagnosticmethodbasedonBayesiannetworksintraditionalChinesemedicine LectureNotesinComputerScience 2006 4234 176 183 68 朱文锋 晏峻峰 黄碧群 贝叶斯网络在中医证素辨证体系中的应用 中西医结合学报 2006 4 6 567 571 69 K Deng D Liu S Gao etal StructurallearningofgraphicalmodelsanditsapplicationstotraditionalChinesemedicine ProceedingsofFSKD 2005 362 367 70 X Wang H Qu P Liu etal Aself learningexpertsystemfordiagnosisintraditionalChinesemedicine ExpertSystemswithApplications 2004 26 4 557 566 71 孙燕 臧传新 任廷革 等 支持向量机方法在 伤寒论 方分类建模中的应用 中国中医药信息杂 2007 14 1 101 102 72 Z Gao L Po W Jiang etal Anovelcomputerizedmethodbasedonsupportvectormachinefortonguediagnosis Proceedingsofthe3rdInternationalIEEEConferenceonSignal ImageTechnologiesandInternet BasedSystem 2007 849 854 73 焦月 张新峰 卓力 中医舌象样本分类中加权SVM的应用研究 测控技术 2010 29 5 1 4 74 刘士敬 朱倩 中医产科病证脾气虚证型量化诊断标准研究 92例本证型诊断因素的多元回归分析 中国中医基础医学杂志 1998 4 9 49 51 75 李小兵 方永奇 洪永敦 等 心脑血管病痰证宏观辨证的计量化研究 中国中医基础医学杂志 2000 6 5 44 47 参考文献 76 由松 胡立胜 中医症状及证候的量化方法探讨 北京中医药大学学报 2002 25 2 13 15 77 黄小波 李宗信 陈文强 等 慢性疲劳综合征中医证型判别分析 中国中医药信息杂志 2006 6 13 21 22 78 吴芸 周昌乐 张志枫 中医舌诊神经网络的优化遗传算法 计算机应用研究 2007 24 9 50 52 79 韦玉科 汪仁煌 陈群 等 基于竞争神经网络的中医智能诊断推理新方法 计算机工程与应用 2006 42 7 224 226 80 秦中广 毛宗源 粗糙神经网络及其在中医智能诊断系统中的应用 计算机工程与应用 2001 37 18 34 35 81 郭红霞 王炳和 郑思仪 等 基于概率神经网络的中医脉象识别方法研究 计算机工程与应用 2007 43 20 194 196 82 J Yan Y Peng W Zhu Experimentalstudyofsyndromeelementsbasedontheroughsettheory Proceedingsofthe2ndInternationalConferenceonInformationandComputingScience 2009 39 41 83 秦中广 毛宗源 粗糙集在中医类风湿证候诊断中的应用 中国生物医学工程学报 2001 20 4 357 363 84 晏峻峰 朱文锋 粗糙集理论在中医证素辨证研究中的应用 中国中医基础医学杂志 2006 12 2 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Proceedingsofthe2008InternationalConferenceonAdvancedIntelligence 2008 262 67 92 胡申宁 李文书 施国生 等 基于PCA AdaBoost的舌象颜色分类研究 广西师范大学学报 自然科学版 2009 27 3 158 161 93 刘莺 朱文锋 卢芳国 等 152例胃癌患者术前病证聚类与主成份分析 江苏中医药 2004 25 6 20 22 94 王阶 邢雁伟 陈建新 等 1069例冠心病心绞痛证候因子分析方法的分类研究 北京中医药大学学报 2008 31 5 344 346 95 张连文 袁世宏 隐结构模型与中医辨证研究 I 隐结构法的基本思想以及隐结构分析工具 北京中医药大学学报 2006 参考文献 96 张连文 袁世宏 陈锼 等 隐结构模型与中医辨证研究 肾虚数据分析 北京中医药大学学报 2008 31 9 584 587 97 袁世宏 张连文 陈弢 等 隐结构模型与中医辨证研究 模型辨证与专家辨证 北京中医药大学学报 2008 659 663 98 N Zhang S Yuan LatentStructureModelsandDiagnosisinTraditionChineseMedicine TechnicalReportHKUST CS04 12 Departmentofcomputerscience TheHongKongUniversityofScienceandTechnology 2006 99 N Zhang S Yuan T Chen etal StatisticalvalidationoftraditionalChinesemedicinetheories TheJournalofAlternativeandComplementaryMedicine 2008 14 5 583 587 100 N Zhang S Yuan T Chen etal LatenttreemodelsanddiagnosisintraditionalChinesemedicine ArtificialIntelligenceinMedicine 2008 42 229 245 101 张连文 郭海鹏 贝叶斯网络 科学出版社 北京 2006 102 张煜斌 陆建峰 李文林 等 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