如何查找基因的序列(带图表).pdf

如何查找基因序列 如何查找基因序列 在在Genbank中寻找目的基因中寻找目的基因 1 根据文献 搞reasearch肯定要读文献的 如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因 而 且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号 那就好办了 直接打开 http www ncbi nlm nih gov 在Search后的下拉框中选择Nucleotide 把 Genbank ID号输入GO前面的文本框中 点 GO 就可以找到他了 举例说明 例如 在2003年JBC的文章 Conditional Knock out of Integrin linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B Akt Activation 中出现了 calreticulin GenBank accession number gi 16151096 那么把 16151096 输入GO前面的文本框中 点 GO 就可以找到该基因了 当 然包括基因序列等相关信息 在出现了检索结果界面 下图 后 直接点击红箭头所指的 AY047586就可以 看到基因的相关信息 这里需要指出一下 在显示基因的页面右侧有一个Link 点击后出现一个小菜单 里面 是与该基因相关的链接 很有用的 点击 AY047586后出现的界面如下 最下面就是核酸序列 ORIGIN后面 如果你只想获得序列 例如去设计PCR引物的时候 那就可以选择FASTA 这样 就得到了FASTA格式的序列文件 没有其他数字和格式的干扰 这就是FASTA格式的序列 练习 1 请在Entrez的蛋白质数据库中查找 gi NCBI GenBank ID 为13375618所登录的蛋白质的名称 并且回答该蛋白含 有什么样的特殊结构域 至少一个 如何查找基因序列 如何查找基因序列 在在Genbank中寻找目的基因中寻找目的基因 2 根据已经获得的基因的相关信息进行查找 如果只是知道基因的名字 怎么查序列呢 还是举例说明 比如我想做的基因名称是人 的VEGF基因 那么怎么在Genbank中找到它呢 在search后面的下拉框中选择Gene 然后在中间的文本框中输入基因名称 VEGF 点击GO Too much 点击箭头所指的Limits 出现了如下界面 Limits的意思其实就是高级检索 你可以在这里对检索词进行很多限制 这样能 大大精简查询结果 在Limits这个界面 先选择查询的限定范围 人的VEGF基因 那就开始选择 先选Gene name 基因名称 然后再选择Limit by Taxonomy 生物分类限定 中的Homo sapiens 人类 然后再点击 GO 直接点击基因名称 VEGFA 就可以看到有关基因的信息了 需要指出的是 在Genbank中 基因有很多别名 Aliases 和Genbank中记录的 名称有可能不一致 比如在这里 VEGFA是Genbank中记录的基因名称 而它还有很 多别名 比如MGC70609 VEGF 这就是我们要找的基因名称 VEGF A VPF 还有 在这里可以看到该基因在染色体上的位置 下面就是点击VEGFA后出现的界面 再往下看 可以看到Genomic regions transcripts and products 这里显示 了该基因在基因组中的位置 以及转录本的生成情况 就看见了目的基因的mRNA的链接 如NM 001025366 1 和蛋白质的链接 如NP 001020537 2 如果想找的基因是第一个序列即isoform a 就可以点击NM 001025366 1 得到如下界面 If the gene sequence is known and you want to find the corresponding GenBank ID use http www ncbi nlm nih gov BLAST Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence Results will be displayed with the GenBank ID included To view information about a gene sequence with a given GenBank ID go to http www ncbi nlm nih gov entrez query fcgi db Nucleotide How to use the BLAST Example NCBI Blast NCBI BLAST http www ncbi nlm nih gov BLAST Step 1 Run the Blast Step 2 Choose the program to use Step 3 Input the data 可以直接输入登录号 或者是gi number Search SWISSPROT for Immunoglobulin SWISS PROT C79A HUMAN P11912 可以通过查找原始数据库获得登录号 如果不知道登录号或者如果不知道登录号或者gi number 则可以直接粘贴已知序列则可以直接粘贴已知序列 Step 4 Choose search set and program selection and put the BLAST to start the search 1 2 3 Search BLAST www ncbi nlm nih gov BLAST for P11912 Database All non redundant 非冗余 sequences 6 507 231 sequences 2 219 987 828 total letters 比对结果会在10秒左右后出现 注意结果很多 一直下拉右侧工具条 会看到很多不同意义的比对结果 Distribution of Hits 直接往下拉 会出现下面的画面 Score E Sequences producing significant alignments ScoreE Value gi 547896 sp P11912 C79A HUMAN B cell antigen receptor comp 473e 133 gi 728993 sp P40293 C79A BOVIN B cell antigen receptor comp 3123e 85 gi 126779 sp P11911 C79A MOUSE B cell antigen receptor comp 2785e 75 gi 728994 sp P40259 C79B HUMAN B cell antigen receptor comp 551e 07 gi 125781 sp P01618 KV1 CANFA IG KAPPA CHAIN V REGION GOM 380 019 gi 125361 sp P17948 VGR1 HUMAN Vascular endothelial growth 370 042 gi 549319 sp P35969 VGR1 MOUSE Vascular endothelial growth 360 052 gi 114764 sp P15530 C79B MOUSE B cell antigen receptor comp 360 064 gi 1718161 sp P53767 VGR1 RAT Vascular endothelial growth f 350 080 gi 125735 sp P01681 KV01 RAT Ig kappa chain V region S211 350 095 gi 1730075 sp P01625 KV4A HUMAN IG KAPPA CHAIN V IV REGION LEN 340 26 gi 1718188 sp P52583 VGR2 COTJA Vascular endothelial growth 330 28 gi 125833 sp P06313 KV4B HUMAN IG KAPPA CHAIN V IV REGION J 330 30 gi 125806 sp P01658 KV3F MOUSE IG KAPPA CHAIN V III REGION 330 30 gi 125808 sp P01659 KV3G MOUSE IG KAPPA CHAIN V III REGION 330 30 gi 1172451 sp Q05793 PGBM MOUSE Basement membrane specific 330 33 gi 125850 sp P01648 KV5O MOUSE Ig kappa chain V V region HP 330 36 gi 125830 sp P06312 KV40 HUMAN Ig kappa chain V IV region p 330 38 gi 2501738 sp Q06639 YD03 YEAST Putative 101 7 kDa transcri 330 41 直接往下拉 会出现下面的画面 gi 126779 sp P11911 C79A MOUSE B cell antigen receptor complex associated protein alpha chain precursor IG alpha MB 1 membrane glycoprotein Surface IGM associated protein Membrane bound immunoglobulin associated protein CD79A Length 220 Score 278 bits 711 Expect 5e 75 Identities 150 226 66 Positives 165 226 73 Gaps 6 226 2 Query 1 MPGGPGVLQALPATIFLLFLLSAVYLGPGCQALWMHKVPASLMVSLGEDAHFQCPHNSSN 60 MPGG LL LS LGPGCQAL P SL V LGE A C N Sbjct 1 MPGG LEALRALPLLLFLSYACLGPGCQALRVEGGPPSLTVNLGEEARLTC ENNGR 55 Query 61 NANVTWWRVLHGNYTWPPEFLGPGEDPNGTLIIQNVNKSHGGIYVCRVQEGNESYQQSCG 120 N N TWW L N TWPP LGPG G L VNK G C V E N SCG Sbjct 56 NPNITWWFSLQSNITWPPVPLGPGQGTTGQLFFPEVNKNTGACTGCQVIE NNILKRSCG 114 Query 121 TYLRVRQPPPRPFLDMGEGTKNRIITAEGIILLFCAVVPGTLLLFRKRWQNEKLGLDAGD 180 TYLRVR P PRPFLDMGEGTKNRIITAEGIILLFCAVVPGTLLLFRKRWQNEK G D D Sbjct 115 TYLRVRNPVPRPFLDMGEGTKNRIITAEGIILLFCAVVPGTLLLFRKRWQNEKFGVDMPD 174 Query 181 EYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP 226 YEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVG L IGD QLEKP Sbjct 175 DYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGNLHIGDAQLEKP 220 直接往下拉 会出现下面的画面 直接的每一组比对结果 Score E Sequences producing significant alignments ScoreE Value gi 547896 sp P11912 C79A HUMAN B cell antigen receptor comp 473e 133 gi 728993 sp P40293 C79A BOVIN B cell antigen receptor comp 3123e 85 gi 126779 sp P11911 C79A MOUSE B cell antigen receptor comp 2785e 75 gi 728994 sp P40259 C79B HUMAN B cell antigen receptor comp 551e 07 gi 125781 sp P01618 KV1 CANFA IG KAPPA CHAIN V REGION GOM 380 019 gi 125361 sp P17948 VGR1 HUMAN Vascular endothelial growth 370 042 gi 549319 sp P35969 VGR1 MOUSE Vascular endothelial growth 360 052 gi 114764 sp P15530 C79B MOUSE B cell antigen receptor comp 360 064 gi 1718161 sp P53767 VGR1 RAT Vascular endothelial growth f 350 080 gi 125735 sp P01681 KV01 RAT Ig kappa chain V region S211 350 095 gi 1730075 sp P01625 KV4A HUMAN IG KAPPA CHAIN V IV REGION LEN 340 26 gi 1718188 sp P52583 VGR2 COTJA Vascular endothelial growth 330 28 gi 125833 sp P06313 KV4B HUMAN IG KAPPA CHAIN V IV REGION J 330 30 gi 125806 sp P01658 KV3F MOUSE IG KAPPA CHAIN V III REGION 330 30 gi 125808 sp P01659 KV3G MOUSE IG KAPPA CHAIN V III REGION 330 30 gi 1172451 sp Q0579