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MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记这几天重新配置了一下计算环境，顺便记录下来供同行参考，这次以安装MS5.0为例，实际上4.0，4.2，4.4的版本这几天我都配置过了，方法基本相同。1.操作系统环境说明客户端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客户端只支持32位操作系统，也就是说装了64位的操作系统也无法用64位计算，只能运行在兼容32位模式下。服务器端硬件现在一般是IA32或x86-64，后者较多，操作系统一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列，可以用以下几种：Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2Windows Server 2008, all editions - SP2Windows XP Professional - SP3Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2如果用UNIX系列（包含LINUX）可以用以下几种：x86 (32-bit)Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8SuSE Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2)x86-64 (64-bit)Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4 Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4 SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11一般最小化安装就可以，不需要图形界面，但所有节点都要安装一些补丁，下面我以64位centos 4.8版为例，其他版本请参考README_Materials_Studio.htm中关于system_requirements_info部分：glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) libstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3 (32-bit) hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64 这里要注意，除了HPMPI以外，其他都要同时安装32位和64位两种版本，HPMPI也要在所有参与计算的节点上安装。2.SSH和RSH免认证设置，一般都是使用SSH免认证登录。首先确认rsh-server包是否安装，方法参考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分内容或网上搜索，很多教程：HP-MPI使用rsh的话要保证各节点间可以免认证访问，这可以通过创建或修改/etc/hosts.equiv文件来实现，一般来说，hosts.equiv中要包含这样的内容：localhost节点机器名节点机器名节点n机器名如果要使用SSH的话，首先要确认SSH服务是否安装，一般来说，SSH服务默认是安装的，测试方法如下：ssh localhost如果已经安装，你可以看提示符换行，并切换到当前用户的用户目录，如果没有出现这样的提示的话，就不能使用对称多处理器并行，需要检查SSH是否可用。如果出现要求你输入密码的提示符，你就需要进行SSH免认证设置。当你第一次采用SSH登录时一般会看到以下提示：The authenticity of host dewer2 () cant be established.RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05.Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? 回答yes继续，片刻后，看到一个新的提示符.配置SSH免认证登录的方法如下：为当前安装MS网关的用户创建一个公钥对，方法如下:$ ssh-keygen -t rsa不要输入任何密码字符串，只回车两次就可以了。产生的私钥放于/.ssh目录下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中，将id_rsa.pub文件另存为 authorized_keys2。改变读写权限，保证目录./ssh和里面的文件不被其他任何用户访问，否则无法实现免认证登录，操作方法如下：切换路么到保存密钥之处cd /.ssh设置权限chmod 600 *设置目录访问权限chmod 700 .Materials Studio用户的主目录必须设为对其他用户只读权限，如果其他用户有写权限的话，SSH还要要求输入密码，操作过程如下：切换到用户的主目录cd 改变权限，命令如下：chmod 755 .在各节点进行同样的操作，然后将所有id_rsa.pub的内容全并到一个文件里并命名为 authorized_keys2，放到每一个节点的/.ssh路径下。 这样应该就可以做到免认证SSH了，如果还提示要输入密码的话再仔细检查一下上述各步是否有误。注意，MS的安装用户一定是非root用户，否则无法实现免认证登录，也无法实现多节点并行。3.MS安装先将MS文件上传到主节点，可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令如下：mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso在主节点上切换到MS安装用户，本人用的是msi，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行./Install -type cluster,或是直接./mnt/iso/UNIX/Install -type cluster-type cluster这个参数是并行时必须的加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/msi/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点。先将Accelrys共享，编辑/etc/exports，加入下面一行内容：/home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash)保存退出后，重启NFS服务service NFS restart然后到其他节点上，su root，输入密码，执行以下命令：mount -t nfs 主节点名:/home/msi/Accelrys /home/msi/Accelrys再将hosts.equiv文件放在/etc下和/home/msi/Accelrys/etc下.将licenses里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses里。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。重新启动网关，进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行./msgateway_control_18888 start到此，LINUX下的安装结束。回到windows下，配置服务控制台，加入新的网关，然后测试是否可用，如有问题再回头一下排查。写的较匆忙，可能有不准确的地方，以后慢慢再修改。本文来自CSDN博客，转载请标明出处：/tengh/archive/2010/04/11/5472093.aspx19Materials Studio 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记时间:2010-04-11 来源: 网友评论:0 人气: 543 作者: MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记这几天重新配置了一下计算环境，顺便记录下来供同行参考，这次以安装MS5.0为例，实际上4.0，4.2，4.4的版本这几天我都配置过了，方法基本相同。1.操作系统环境说明客户端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客户端只支持32位操作系统，也就是说装了64位的操作系统也无法用64位计算，只能运行在兼容32位模式下。服务器端硬件现在一般是IA32或x86-64，后者较多，操作系统一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列，可以用以下几种：Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2Windows Server 2008, all editions - SP2Windows XP Professional - SP3Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2如果用UNIX系列（包含LINUX）可以用以下几种：x86 (32-bit)Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8SuSE Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2)x86-64 (64-bit)Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4 Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4 SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11一般最小化安装就可以，不需要图形界面，但所有节点都要安装一些补丁，下面我以64位centos 4.8版为例，其他版本请参考README_Materials_Studio.htm中关于system_requirements_info部分：glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) libstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3 (32-bit) hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64 这里要注意，除了HPMPI以外，其他都要同时安装32位和64位两种版本，HPMPI也要在所有参与计算的节点上安装。2.SSH和RSH免认证设置，一般都是使用SSH免认证登录。首先确认rsh-server包是否安装，方法参考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分内容或网上搜索，很多教程：HP-MPI使用rsh的话要保证各节点间可以免认证访问，这可以通过创建或修改/etc/hosts.equiv文件来实现，一般来说，hosts.equiv中要包含这样的内容：localhost节点机器名节点机器名节点n机器名如果要使用SSH的话，首先要确认SSH服务是否安装，一般来说，SSH服务默认是安装的，测试方法如下：ssh localhost如果已经安装，你可以看提示符换行，并切换到当前用户的用户目录，如果没有出现这样的提示的话，就不能使用对称多处理器并行，需要检查SSH是否可用。如果出现要求你输入密码的提示符，你就需要进行SSH免认证设置。当你第一次采用SSH登录时一般会看到以下提示：The authenticity of host dewer2 () cant be established.RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05.Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? 回答yes继续，片刻后，看到一个新的提示符.配置SSH免认证登录的方法如下：为当前安装MS网关的用户创建一个公钥对，方法如下:$ ssh-keygen -t rsa不要输入任何密码字符串，只回车两次就可以了。产生的私钥放于/.ssh目录下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中，将id_rsa.pub文件另存为 authorized_keys2。改变读写权限，保证目录./ssh和里面的文件不被其他任何用户访问，否则无法实现免认证登录，操作方法如下：切换路么到保存密钥之处cd /.ssh设置权限chmod 600 *设置目录访问权限chmod 700 .Materials Studio用户的主目录必须设为对其他用户只读权限，如果其他用户有写权限的话，SSH还要要求输入密码，操作过程如下： 本文来自：/article/09/1855.htmlMaterials Studio 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记(2)时间:2010-04-11 来源: 网友评论:0 人气: 543 作者: 切换到用户的主目录cd 改变权限，命令如下：chmod 755 .在各节点进行同样的操作，然后将所有id_rsa.pub的内容全并到一个文件里并命名为 authorized_keys2，放到每一个节点的/.ssh路径下。 这样应该就可以做到免认证SSH了，如果还提示要输入密码的话再仔细检查一下上述各步是否有误。注意，MS的安装用户一定是非root用户，否则无法实现免认证登录，也无法实现多节点并行。3.MS安装先将MS文件上传到主节点，可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令如下：mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso在主节点上切换到MS安装用户，本人用的是msi，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行./Install -type cluster,或是直接./mnt/iso/UNIX/Install -type cluster-type cluster这个参数是并行时必须的加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/msi/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点。先将Accelrys共享，编辑/etc/exports，加入下面一行内容：/home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash)保存退出后，重启NFS服务service NFS restart然后到其他节点上，su root，输入密码，执行以下命令：mount -t nfs 主节点名:/home/msi/Accelrys /home/msi/Accelrys再将hosts.equiv文件放在/etc下和/home/msi/Accelrys/etc下.将licenses里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses里。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。重新启动网关，进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行./msgateway_control_18888 start到此，LINUX下的安装结束。回到windows下，配置服务控制台，加入新的网关，然后测试是否可用，如有问题再回头一下排查。写的较匆忙，可能有不准确的地方，以后慢慢再修改。引自: /mscastep/blog/item/406ca0235657394592580723.html本文来自：/article/09/1855$2.htmlMaterials Studio 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记2010年01月20日 MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记 这几天重新配置了一下计算环境，顺便记录下来供同行参考，这次以安装MS5.0为例，实际上4.0，4.2，4.4的版本这几天我都配置过了，方法基本相同。 1.操作系统环境说明 客户端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客户端只支持32位操作系统，也就是说装了64位的操作系统也无法用64位计算，只能运行在兼容32位模式下。 服务器端硬件现在一般是IA32或x86-64，后者较多，操作系统一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列，可以用以下几种： Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2 Windows Server 2008, all editions - SP2 Windows XP Professional - SP3 Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2 如果用UNIX系列（包含LINUX）可以用以下几种： x86 (32-bit) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8 SuSE Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2) x86-64 (64-bit) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8 Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4 Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4 SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11 一般最小化安装就可以，不需要图形界面，但所有节点都要安装一些补丁，下面我以64位centos 4.8版为例，其他版本请参考README_Materials_Studio.htm中关于system_requirements_info部分： glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) libstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3 (32-bit) hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64 这里要注意，除了HPMPI以外，其他都要同时安装32位和64位两种版本，HPMPI也要在所有参与计算的节点上安装。 2.SSH和RSH免认证设置，一般都是使用SSH免认证登录。 首先确认rsh-server包是否安装，方法参考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分内容或网上搜索，很多教程： HP-MPI使用rsh的话要保证各节点间可以免认证访问，这可以通过创建或修改/etc/hosts.equiv文件来实现，一般来说，hosts.equiv中要包含这样的内容： localhost 节点机器名 节点机器名 节点n机器名 如果要使用SSH的话，首先要确认SSH服务是否安装，一般来说，SSH服务默认是安装的，测试方法如下： ssh localhost 如果已经安装，你可以看提示符换行，并切换到当前用户的用户目录，如果没有出现这样的提示的话，就不能使用对称多处理器并行，需要检查SSH是否可用。 如果出现要求你输入密码的提示符，你就需要进行SSH免认证设置。当你第一次采用SSH登录时一般会看到以下提示： The authenticity of host dewer2 () cant be established. RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05. Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? 回答yes继续，片刻后，看到一个新的提示符. 配置SSH免认证登录的方法如下： 为当前安装MS网关的用户创建一个公钥对，方法如下: $ ssh-keygen -t rsa 不要输入任何密码字符串，只回车两次就可以了。 产生的私钥放于/.ssh目录下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中，将id_rsa.pub文件另存为 authorized_keys2。 改变读写权限，保证目录./ssh和里面的文件不被其他任何用户访问，否则无法实现免认证登录，操作方法如下： 切换路么到保存密钥之处 cd /.ssh 设置权限 chmod 600 * 设置目录访问权限 chmod 700 . Materials Studio用户的主目录必须设为对其他用户只读权限，如果其他用户有写权限的话，SSH还要要求输入密码，操作过程如下： 切换到用户的主目录 cd 改变权限，命令如下： chmod 755 . 在各节点进行同样的操作，然后将所有id_rsa.pub的内容全并到一个文件里并命名为 authorized_keys2，放到每一个节点的/.ssh路径下。 这样应该就可以做到免认证SSH了，如果还提示要输入密码的 话再仔细检查一下上述各步是否有误。 注意，MS的安装用户一定是非root用户，否则无法实现免认证登录，也无法实现多节点并行。 3.MS安装 先将MS文件上传到主节点，可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。 上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令如下： mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso 在主节点上切换到MS安装用户，本人用的是msi，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行./Install -type cluster,或是直接./mnt/iso/UNIX/Install -type cluster -type cluster这个参数是并行时必须的加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。 安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/msi/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点。 先将Accelrys共享，编辑/etc/exports，加入下面一行内容： /home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash) 保存退出后，重启NFS服务 service NFS restart 然后到其他节点上，su root，输入密码，执行以下命令： mount -t nfs 主节点名:/home/msi/Accelrys /home/msi/Accelrys 再将hosts.equiv文件放在/etc下和/home/msi/Accelrys/etc下. 将licenses里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses里。 修改 /home/msi/Accelrys/MaterialsS