ITK安装方法.doc

ITK 安装方法 安装方法 ITK 安装方法 1 引言 ITK 是美国国家卫生院下属的国立医学图书馆投入巨资支持三家科研机构开发 医学影像分割与配准算法的研发平台 现已开发了初步版本 是医学影像算法平台的 重要组成部分 对于 ITK 国内的应用并不多 但在外国有着非常广泛的应用 虽然 ITK 用于医 学影像的分割和配准但实际上对于医学图像的预处理有着根本决定的作用 而且 ITK 是美国国家官方的作品因此其有着良好的发展前景 关于背景和一些相关的知识相信 各位读者比在下懂得多 我也仅仅是为各位高手和一些想学习的相关知识的人做了一 下最为简单的引导 在这篇文章中一定会有很多的遗漏和错误 呵呵因为我的英文并 不好 看的英文文献很吃力所以有错误的地方希望大家能提出来 而且安装的过程中 有很多我也认为不太懂的地方 我会在相关的位置标出 大家如果知道希望能给我一 些提点 让我知道哈哈 最后谢谢大家的支持 学习的过程中重在交流 我们的进步 也可以通过交流来促进加快 希望大家能在论坛中多提出一些相关的讨论话题 大家 一起讨论共同进步 2 ITK 的应用简介 对于图像分割很多人多部陌生 对于完整的图像为什么要分割 我在这里做一下 简单的介绍 下面我们拿医学图像来举例说明 医学 CT 图像显示的是断层图像 也 就是说当我们拿来一幅医学 CT 图像里面有很多部位包括骨骼 软组织等等 比如一 幅头部 CT 不仅包括头骨 软组织还有牙齿等等 但在诊断中往往我们只注重一个部 位要对它来进行分析判断 就比如说牙齿 所以图像分割可以将牙齿从一幅图像的众 多部位中分割出来 这个对于现实中有着重要的意义 图像分割的方法有很多我们还 可以应用 MATLAB 对图像进行分割提取重点部位 但 ITK 究竟较 MATLAB 的方法 好在哪呢下面我对其进行简单的说明 第一 ITK 提供了很完备的分割应用的算法 第二 ITK 与 VTK 相结合可以对分割后的图像进行处理并且进行显示 第三 ITK 的 库随着时间还在不断的丰富又很好的延伸应用性 因此 itk 有着广泛的用途 ITK 功能强大用于图像的分析和处理 但是无法完成可视化 这意味着你需要一 些其它的工具来显示你的信息 Vtk 就是一个很好的工具与 itk 结合完成可视化 3 安装 ITK 1 下载 首先从 http www itk org HTML Download htm 下载两个文件 分别是 InsightToolkit 3 2 0 这个是主要 ITK 的安装文件与 InsightApplications 3 2 0 这个文件主要是用于链接 vtk 与 itk 之间 2 安装步骤 1 下载安装 cmake cmake 可以在网站 http www cmake org HTML Download html 进行下载安装 这里对 cmake 进行 一下简单的介绍 itk 跟 vtk 相同都是用 c 编写的 无论在什么平台 用什么编译器 你都要告诉编译器该如何去编译这么一个庞然大物 在某种程度上 itk 经过编译比 vtk 还大 工程文件是工程的一般组织形式 比如在 vc6 0 下面 cmake 的主要作用 是生成 dsw 类型的工程文件 当然 cmake 在不同的编译器下可以生成不同的文件格 式 因此也可以生成其他类型的 我的编译器选择的是 vc6 0 但是也可以选择 这个根据具体的情况不同适应环境也不同 2 在硬盘上创建一个空文件夹 文件名为 itk 例如如果在 e 盘创建该文件夹文 件夹名为 E itk 尽量将 vtk 与 itk 放在一个盘中方便寻找 将下载下的两个压缩文 件夹解压在这个 itk 总文件夹中 3 打开 cmake 对 itk 进行编译 为了方便起见可以对解压的文件进行重命名 将解压后的文件夹 InsightToolkit 3 2 0 重新命名为 InsightToolkit 这时对它进行编译 Itk 的安装较 vtk 的安装更为方便容易 在 itk 这个主文件夹中新建一个文件夹取名 bin 按照下图图示填写路径地址 BUILD EXAMPLES BUILD SHARED LIBS BUILD TESTING 这三个选项我都选 择的 off 看了一些英文文献上面对这三个选项说可以选择 on 进行编译 但是我试验 过都通不过 也可能是我设置的一些问题或者其他的问题 读者请自行进行调试试验 Cmake install prefix 这个选项选择编译 itk 的总目录 跟 vtk 的填写方法相同 点击 configure 进行生成相关的工程 当红色选项都变成白色后点击 cmake 的 ok 键 4 运行 vc 打开 E itk bin itk dsw 这时进行编译 时间根据上面选项选择的 ON OFF 不同编译时间也会不同 如果选择 ITK 选项里面的 EXAMPLES 和生成动 态 LIB 文件的选择 ON 编译时间则相对较长 生成的库也比较大 这已步很重要编 译过程中不能出现错误 完成后可以选择打开 E itk bin INSTALL dsp 文件 这一步 骤不执行也可以 执行这一步主要的目的在于在这一步骤中编译结果就会安装在 cmake install prefix 设定的目录下 此时 ITK 的安装正式完成 将 itk 与 vtk 进行链接 既然 itk 无法完成对分割图像的显示 我们就要把两 个 东西结合起来一起使用 所以我们应用 InsightApplications 3 2 0 来进行链 接 1 在 itk 主文件夹中新建文件夹命名为 InsightApplications bin 2 运行 camke 设置与 itk 的设置方法类似 Score code 选项填写解压后 InsightApplications 的路径 build the binaries 选项 添加在新建立文件夹 InsightApplications bin 的路径 这里面有一些选项需要注 意 首先是 cmake install prefix 这个选项选择的路径是 InsightApplications 和 InsightApplications bin 所在的路径在这里是咱们的主文件夹 itk 的文件路径 这 个设置路径与 vtk 此选项的设置方法相同 第二个是 executable output path 路 径的设置这里设置的是 E itk bin bin E itk bin bin 文件夹是当编译过 itk dsw 后生成的 编译后在 itk 这个主目录下依次寻找就可以找到 itk dir 路径的设置 设置的路径为 E itk bin 按照要求填写即可 这些选项都是对链接 itk 与 vtk 之 间起到一定作用 LIBRARY OUTPUT PATH 这个选项填写的依然是 E itk bin bin 最后就是填写 vtk dir 这个路径与 itk dir 填写的路径相同 D vtk bin 我的 vtk 安在了 d 盘 itk 安在了 e 盘 完成了一些设置开始点击 configure 这是可能会弹 出一个警告告诉你 vtk 有一个选项要把 off 改成 on 这时执行 cmake 调整至 vtk 的设置 点击 show advanced 选项找出那个提示的选项点成 on 之后 configure ok 再打开 cmake 选择 InsightApplications 的设置原来设置好会保存下来 主要看 cmake 中 cmake install prefix executable output path LIBRARY OUTPUT PATH vtk dir 这几个选项的路径是否跟上面所说的设置保持一致 如不一致调整至上 面所说的路径设置 再次 configure ok 没有提示就表示链接已经成功了 3 运行 vc 打开 E itk InsightApplications bin itk dsw 这时进行编译 然后运 行 E itk InsightApplications bin install dsp 这样 Insight