MS建模疑难问题详解(集百家所长).doc

1， MS的Amorphouscell使用出问题问题：用MS的Amorphouscell建个含水和有机分子的体系，再用build-layer加到金属表面。建不起来，我分子是用高斯优化的，然后用GV另存为MOL引入MS的，水是直接在MS中画的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下错误。答案：选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数，可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子，建好盒子后，再换回来。问题：怎么看哪些原子缺力场？用label-forcetype吗，我看了全分配的有力场啊，我那分子就CNHO原子会有缺力场的？回答：MS画有机分子，水。分配compass力场，AC建盒子就行了，没有必要用高斯问：因为我文章前面用高斯算了参数，也就是找有机分子的吸附位点，模拟时用MS剑的话，优化分子会和高斯优化的分子有结构差异，没什么说服力，所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化好的结构了。答：如果下一步要使用量子力学研究，值得这么做。另外，如果你下一步要buildlayer的话，建议建cell而不confinedlayer问：对我下一步是要用buildlayer，把金属表面、有机分子和水溶液、水结合起来。再动力学研究有机分子在金属表面的吸附。用COnfinedlayer文献上这么用的。但是用periodic还是键不起来。另外用用量化我只算有机分子的参数，不是建好后算。用MS建的periodic结构导入GV中键输入文件，无法识别的。我用没有优化的结构可以建AMORphouscell用优化结果建就出错，但以前的分子用优化结果是可以建的，包含的原子类型也相同啊。错误说不清楚力场类型。那为什么没优化之前又可以建呢？包含的原子又没变，只是结构变了。牛，我居然把N与五元杂环的partialdoublebond人为的拉长点（原始结构是单键，优化结果变为了partialdoublebond可能是共轭原因），皆可以建呢，用periodiccell和confinedlayer均可。这是为什么呢？跟力场分配有什么关联吗？不拉长键，只将partialdoublebond改为singlebond也可以建。但单改其他地方就不行，出同样的错。说明建不起来跟这个键有关，但是在高斯里优化的4个YES，频率全为正，结构为平面结构，应该没什么问题啊答：证明ms不能自动分配相应的原子力场参数，手动查看一下，如果有手动指定可以用MS中Dmol3做量化2，怎么在MS中建立一个64水的盒子问：怎么在MS中建立一个64水的盒子答：先画好一个水分子，点sketchatom，下拉菜单中选择O原子，再点adjusthydrigen，再点clean，可用Forcite模块中的geometryoptimization优化。再在amorphouscell中construct中，先激活你所优化好的水分子图，点add加入64个水分子，再点construct就可以了。3， MS中的castep模块金属表面水分子模型的建立问：我现在用的是MS中的castep模块，我算的是Pt（111）面的反应，想在真空层中加上水，溶剂化，保证水的密度是0.86g/cm3，怎么做啊？答：Amorphouscell模块建立水模型，再用adsorption模块将水层添加到Pt的表面就可以了4， 综合建模问题大家知道，模拟中难的就是建模，其实模型建好了，怎么算只是怎么选择参数的原因，希望大家分享下MS中建模的过程，如果能够附带图画就更好！本版在于分子模拟，那就只是限定MS建模分子模拟的结构吧，介观模拟和量化模拟的结构先不考虑，像表面活性剂与油混合的盒子，层状硅酸盐，多孔硅，介孔碳，MOF,COF,分子筛，层状MnO2等等比如说，对于考察某个晶体的110面，可以使用Build-surface-cleavesurface-(110),然后是Build-symmetry-supercell,选择多少层，然后定义多少层为固定状态，就得到了晶体110面的结构，然后可以研究吸附，催化，能带等结构。建立聚合物的结构，可以使用Build-buildpolymer-buildhomopolymer,选择重复单元，然后再Modules-Amorphrouscell-construction-add,调整聚合物链的数目，开始的时候，把密度调小点，这样可以更好的建成盒子，然后点击construct，建立好的结构还需要分子动力学能量最小化才能使用。表面活性剂的盒子貌似也是这么建立的。但是层状硅酸盐，某些很复杂的结构，不光需要以上，还需要一些特别细致的操作，所以期望大家多多讨论。5，关于画晶体结构大家用ICSD数据画晶体时，要注意Add Atom的顺序，加原子的先后顺序不一样，会导致不同的晶体周期结构，MS的这种建模不确定性令人头疼。所以要在Add Atom上多试几种顺序。make P1 要慎用。再用Morphology 作晶体预测时，不能为了修改晶体结构把对称性改为P1。这和CASTEP 有着本质的区别。如果这样做了，那么预测出的晶体都是立方柱结构。6，关于晶体参杂Make P1，修改参杂原子。注意SuperCell的使用以及晶胞原子分数的确定是比较矛盾的，要好好斟酌。注意布里渊区的选定及合适的K 点采样。最好做了纯晶体的Geometry Optimize的收敛性测定及误差评估后，再参杂。补充：建模时加入杂原子的方法方法一：用鼠标点上将要被取代得原子（点上后原子颜色将变成黄色），在窗口的右边属性栏中，将会显示这个原子的相关属性，并告诉你这个原子的元素种类（比方是Al 吧），然后点这个元素种类Al，将出现一个元素周期表，选择你要掺杂得原子，确定就可以了！方法二：建立完没有掺杂的晶胞后,选supercell,然后再选择要替换的原子,进行掺杂.如果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一个原子,而是由于对称性把同一元素的所以原子改变了7，水合物晶胞问题问：我就是想在MS中建甲烷水合物的模型，这都不行吗，都好几天了头痛，我查到I型水合物的晶胞参数，但是按我的步骤体系中的原子数不对，和文献不一样，我是按文献说的先确定氧原子的位置，按参数添加是440个，你是怎么添加的，另外我添加完氧原子后，氢原子是按自动加氢生成的，你也是一步步添加的？而且你的氧原子是368个但是氢原子是1472个，他们应该是2倍关系，构成水分子呀