pymol教程-09.7.23.doc

PyMOL用户指南 09.7.23PyMOL用户指南目录一、 鼠标操作入门 4(这个数字是超链接，ctrl+左键)1. 启动41) 通过鼠标42) 通过命令行42. PyMOL窗口41) Virewer窗口42) 外部GUI窗口53. 下载PDB文件54. 操控视图61) 基本鼠标控制62) 虚拟滚动球旋转73) 移动截面74) 改变旋转中心点85) 简单回顾9二、 命令行操作入门91. 记录结果92. 载入数据93. 操控对象（Object）101) 原子选择112) 对象和选择的着色123) 对象和选择的on/off124. 改变视点135. 保存工作131) 脚本和日志文件132) 图像文件143) 会话文件146. 命令行快捷键141) 用TAB键完成命令152) 用TAB键完成文件名153) 自动推理157. 其他命令和帮助15注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示三、 命令句法和原子选择161. 语法161) 选择表达162) 原子选择命名163) 单字选择符4) 属性选择符185) 选择代数206) 宏指令212. 从PyMOL中读取Python 22四、 卡通表示231. 背景231) 可达性232) 美化和精确232. 定制化251) 卡通类型252) 精美螺旋283. 二级结构归属29五、 光线追踪301. 重要设置302. 保存图片31六、 立体效果311. 支持的立体模式312. 制作立体图片313. 相关命令31七、 动画321. 概念322. 重要命令321) Load2) Mset3) Mdo4) Mmatrix3. 简单举例334. 复杂举例335. 预览ray-traced动画图片341) Cache_frames2) mclear6. 保存动画34八、 高级鼠标控制341. 选择原子和键 342. “pk”原子选择的应用举例353. “lb”和“rb”选择 354. 构象编辑 35九、 晶体应用351. 晶体对称性351) Load2) Symexp2. 电子密度图361) Load2) Isomesh和isodot十、 汇编图形对象（CGO）和Molscript ribbons 371. 简介 372. Molscript ribbons 371) Load2) Using Molscript3. 创建CGOs 384. CGO参考 38l NOTES: 本教程以PyMOL users guide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。 本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用 本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件 本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解 如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看PyMOL命令，登陆PyMOLwiki（http:/PyMOL）或咨询他人等途径解决疑难 本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题 译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！ 本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。一、 鼠标操作入门1. 启动1) 通过鼠标打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。2) 通过命令行在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：c:program filesdelano scientificPyMOLPyMOLwin.exe如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。 2. PyMOL窗口PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：PyMOL的两个窗口GUI是图形用户界面（Graphical User Interface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL默认有两个GUI：内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。1) Viewer窗口PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。PyMOL的Viewer窗口和内部GUI（默认）窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atom selection注意：原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对object而言）进行操作。从上到下，内部GUI包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR（动画控制）。窗口底部还有一个命令输入区。在Viewer窗口也能查看PyMOL的文本输出（text output），任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。Viewer完全可以自己运行，它拥有PyMOL核心系统的全部功能。如果想这样的话，完全可去除命令和内部GUI。通过标准菜单和控制，许多任务能更简单高效的完成。在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。2) 外部GUI窗口 默认的Tcl/TK外部GUI默认状态下，外部GUI包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。外部GUI 窗口的一个好处是能够对正文进行剪切和粘贴，而在Viewer中却没有此功能。另外，必须用CtrlX、CtrlC和CtrlV进行剪切、复制和粘贴操作，因为在标准编辑菜单中没有这些功能。3. 下载PDB文件 通过外部GUI菜单：默认的外部GUI在File菜单有Open选项，可由此打开选择的文件。 通过命令：语法 load #载入本地存在的PDB文件 fetch #直接从网上下载，不用加后缀 例如 load test/dat/pept.pdb fetch pept 载入pdb文件后的PyMOL 4. 操控视图在PyMOL中，鼠标是主要的控制设备，键盘的修饰按键（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在调整按钮操作时使用。为了有效使用PyMOL，建议选择带有三个按键的鼠标。1) 基本的鼠标控制鼠标的滚动轮的可当做中键使用。下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能：键盘鼠标左键中键右键旋转图像（虚拟滚动球rotate）在XY上移动图像（translate平移）在Z上移动图像（zoom变焦）Shift移动截面CtrlShift+Ctrl回到旋转起始2) 虚拟滚动球旋转虚拟滚动球虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。3) 移动截面截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分将会被切除，从而显示出内部。在复杂或大分子中截面非常有用。 截面示意图（hither这边的近处的，yon那边的远处的）PYMOL的截面控制需要鼠标和键盘结合，如下图示：SHIFT+右键，当鼠标上下拖动时会调整前截面，左右拖动时调整后截面。截面的控制也可以对角线拖动改变截面的显示，如下图：对角移动截面改变可见的“wedge”4) 改变旋转中心点观察分子图像时，常常需要改变旋转的中心点，快捷方式是“ctrl+shift+中键”点击目标原子。5) 简单回顾 至此，应该能够完成如下任务： 载入PDB。 旋转、平移、缩放图像。 调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分子的切片图。 改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。二、 命令行操作入门此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见PYMOL命令 。PYMOL语言是事件敏感的（case-sensitive），但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。1. 记录结果当在PYMOL上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file）：语法 log_open log-file-name例如PyMOL log_open log1.pml无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是“.pml”，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。输入log_close命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file）。2. 载入数据从文件中载入PDB，命令如下语法load data-file-name例如PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb命令输入后，PYMOL会打开读取“pept.pdb”，创建并命名相应的对象，在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。默认状态下，PYMOL会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象:语法 load data-file-name,object-name例如PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #对象命名为“pept”#文件扩展名不会出现在对象名中PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为“test”（“#”是注释标志，在命令行中，#后输入任何信息都不会被PYMOL读取）上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词，它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数，这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。3. 操控对象(manipulating object)对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation）lines到sticks，首先删除lines然后显示sticks：语法 hide representation hide representation例如 PyMOLhide lines #以lines显示的对象消失 PyMOLshow sticks #以sticks显示的对象出现其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见“表示形式”）。当用命令show时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这个问题：语法as representation例如PyMOLas sticks #不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示sticks一种在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决：例如fetch 1biw #载入对象1biw，它有一个配体as cartoon #配体存在但却没被显示然后通过鼠标操作，点击内部GUI的S菜单 organic spheres，就可以看到配体了。1) 原子选择原子选择（atom selections）可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择，也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩放（zoom）选择的“on the fly”：语法zoom selection-expressions #选择原子进行缩放例如PyMOLzoom resi 1-10 #resi是选择符 #选择氨基酸残基 #给出PDB序列号 #“1-10” 是标识符Selection-expressions可以是单个词也可以是长复杂句。一个Object-name也可能是selection-expression。默认的selection-expression是all，即当前载入的所有原子。如果命名选择，你将能够操作它任意次。对象（object）和选择（selection）的名字可以是大小写字母（A/a到Z/z）、数字（0到9）和下划线（_），下面的字符是不可以的：! # $ % &* ( ) | . ? /首先，命名选择：语法select selection-name,selection-expression例如PyMOLselect boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为“boy007”然后使用这个名称：语法zoom selection-namehide representation,selection-nameshow representation,selection-name例如 PyMOLzoom boy007 PyMOLhide everything,boy007 PyMOLshow spheres,boy007当创建一个selection-name后，PYMOL会在控制面板显示出，以便利用面板里的控制功能（见“PYMOL命令”）。命名的选择（named-selection）如“boy007”和PYMOL的对象（object）是有本质区别的。当载入文件时PYMOL创建object-name用来盛放数据，而选择是指向一组数据的方式。为了区别selection-names和object-names，在控制面板里selection-names用括号括起来。当删除了selection-name，在object-name下的数据仍然存在，但这些数据不再以selection组织起来。相反，当删除了object，必须重新载入数据才能再进行相关操作。语法delete selection-namedelete object-name例如PyMOL delete boy007 #boy007消失，object仍在PyMOL delete pept #“pept”里的所有原子和化学键都消失了2) 对象和选择的着色你可以对selections和objects应用不同的颜色。在settings/colors菜单里有预定义的color-names，也可以在控制面板里进行颜色选择。（更多颜色命令见“设置”部分）语法 color color-name #整个object被着色 color color-name,selection-expression #selection被着色例如PyMOLcolor white PyMOLcolor orange,pept PyMOLcolor green,resi 50+35+56PyMOLcolor yellow,resi 24-35PyMOLcolor blue,boy007PyMOLcolor red,ss h PyMOLcolor red,ss s PyMOLcolor green,ss l+最后三个例子中ss是二级结构的选择符，h表示helix，s表示beta sheet，l+表示loops和非特定结构。3) 对象和选择的on/offPYMOL可同时呈现多个对象。disable和enable命令可以消除对象的显示，但仍能够通过命令控制它的属性。语法 enable object-name例如PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/fc.pdbPyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdbPyMOLdisable pept #pept完全从viewer中消失PyMOLcolor yellow,name c+o+n+ca #在fc和pept中的主链原子都被着为黄色，但是pept的原子仍然是不可见的。PyMOLenable pept #pept原子可见了并显示为黄色通过disable命令可以删除命名选择时出现的粉红点（pink dots）：语法 disable selection-name例如PyMOLselect bb,name c+o+n+ca #选中的原子在viewer中以pink dots显示PyMOL disable bb #pink dots消失，命名选择“bb”仍可见PyMOLcolor red,bb #仍然可以操控 “bb”4. 改变视点鼠标拖动分子往往是最简单的显示操纵方法，然而输入命令如zoom和orient却是一种不同的方式。Zoom（变焦）命令可使对象或选择在视野中央显示：如果对象或选择没显示在当前的视野，命令会使它显示；如果当前视野仅显示了一小部分，命令会使它充满视野。语法zoom selection-expression 当你想重新查看分子时，Orient命令是十分有用的。它会调整对象或选择，使其最大维度水平显示，次最大维度垂直显示：语法orient selection-expression 你可以保存定向（store orientation）并在后面的新会话中通过命令view调用（recall）它，保存定向仅是保存viewer中对象的视角（viewpoint），不保存它的表示形式（representation）。为了在新会话中调用，需要命名保存的定向。语法 view name,action #action是store或recall例如PyMOLview v1,store #当前视野被命名为v1并保存PyMOLview v1,recall #调用保存的v1定向PyMOLview v1 #recall是默认的view语句，所以此命令行也是调用v1关键词view仅是在当前会话中保存定向，后面的章节将会讲述如何在不同会话中保存定向。5. 保存工作PyMOL保存工作的种种过程：1.在给出一系列命令前，启动进程把命令记录在纯文本日志中，并作为脚本使用。2.在会话的任何时候，都可以创建一个会话文件保存程序的内存状态，供以后调用此状态。3.创建图形文件保存viewer中的图像。1) 脚本和日志文件（Scripts and Log Files）PyMOL的脚本只是个文本文件，如日志文件，它由被回车分隔的命令行组成。当PyMOL载入脚本时，其中的命令就会被执行。PyMOL脚本文件的扩展名是“.pml”，虽然此扩展名不是严格要求的，但也是最好的选择。你可以把日志文件当脚本使用，也可以在文本编辑器如emacs，jot或notepad创建脚本。当在单独的窗口使用PyMOL时，打开文本编辑器往往十分有用，命令就可在这两个程序间复制粘贴。你可以输入命令log_open log-file-name或点击“File”菜单的“log”创建新的日志文件。你也可以在“File”菜单选择“append（附加）”或“resume（重新开始）”，把命令行写入现有的日志文件中。如果点击“resume”，现有的日志文件是第一次作为脚本载入PyMOL，随后的命令会写入此文件。一旦你创建了日志文件，PyMOL将会记录保存所有的命令信息，不论是输入的命令还是点击的按钮。但是，为了把分子的定向保存在日志文件中，需输入命令get_view或使用GUI按钮。在会话中get_view很方便，随后可编辑日志文件选择最好的定向。Windows系统下，可以双击脚本图标，点击“File”菜单的“Run”选项或者输入命令”打开一个脚本：语法scripe-file-name例如PyMOLmy_script.pml通过命令启动PyMOL时可同时打开目标脚本（在“运行”或“命令提示符”中）语法PyMOL scipt-file-name例如(Windows)C:PyMOL.exe my_script.pml2) 图像文件当你想保存图片时，最好先光线追踪进行渲染来提高图片的质量。光线追踪（ray tracing）显示了在三维世界中光线是如何反射和影子是如何形成的。关键词ray要求PyMOL在viewer中重绘（redraw）和显示图片（详情见“光线追踪”部分）。保存图片到文件，可点击“File”中的“Save image”或输入png命令：语法png file-name例如PyMOLpng pep #图片pep.png被保存在PyMOL安装默认的文件夹中。PyMOLpng d:/boy/pep #图片pep.png被保存在d盘的boy文件夹里。Png格式的图片还可通过ImageMagick等软件转换成其他格式。注意：图片的大小是随viewer窗口的大小而变化的。3) 会话文件（Session Files）如果想返回到PyMOL当前的状态，可通过创建会话文件实现（点击File菜单中的Save Session，命名以“.pse”为扩展名的文件）。PyMOL的会话文件是对PyMOL存储状态的符号记录，包括载入或创建的对象、创建的选择和viewer中的显示。当打开保存的会话文件，PyMOL会返回到保存的状态。因为一个会话文件代表了一个存储状态，所以打开一个会话文件意味着当前PyMOL存储的所有东西都会被清除并被来自会话文件的存储状态替代。会话文件和日志文件或脚本有许多不同。日志文件必须在你想保存给出的命令前创建，而会话文件可以在任何时候创建。会话文件通过File菜单的Open选项调用，而日志文件被作为脚本通过Run选项启动。会话文件不能被人工编辑，而日志文件和脚本却可以。在PyMOL会话中，关键点上创建会话文件是个好主意，例如当你决定探讨（explore）多种选项时。通过这种方式，会话文件可被用来替代PyMOL没有的“undo”程序。你完全可以通过连续的会话文件存储PyMOL任意数量的状态，然后由此恢复到这些状态或有效地撤销你的操作。6. 命令行快捷键1) 用TAB键完成命令输入命令的前几个字母然后按Tab键，PyMOL就会自动完成命令或列出符合语法的命令表，例如：PyMOLsel #按Tab键就会出现下面的显示PyMOLselect如果不输入命令直接按Tab键，那么PyMOL会输出全部命令的列表。2) 用TAB键完成文件名一些要载入的文件有非常长的路径和文件名，当你按Tab键，PyMOL会自动完成明确的路径和文件名，例如：PyMOLload cry#如果cystal.pdb存在于当前工作目录中，按Tab键就会产生下面的命令行PyMOLload cystal.pdb如果文件名含糊不清，PyMOL就会自动匹配并输出目录中匹配的文件名，然后选择一个输入。3) 自动推理在PyMOL命令中有一小部分的固定字符串，例如：PyMOLshow sticks中，对show来说sticks就是一个固定的字符语句。因为跟在show后的语句有限，所以当你仅输入几个缩写字母PyMOL就能识别，例如：PyMOLshow st 此命令和show sticks等效。关键词也可缩写，PyMOLsh st同样奏效。注意：PyMOL的命令语言在不断地增长和发展，所以在脚本中使用全长的命令和字符语句非常重要。否则，以后的命令可能使缩写变得含糊不清。例如当“shutoff”加入命令语句后，“sh st”就不会奏效了。7. 其他命令和帮助此“入门”部分通过简单的例子介绍了常用的命令，在PyMOL命令中有全部命令的详细介绍。在PyMOL中可输入help按回车查看全部关键词（keyword）的列表，如果想查看某个命令的帮助：语法help keyword例如PyMOLhelp loadPyMOL将会在外部GUI脚本语言和viewer中显示命令指南。不必记住所有的关键词，输入help和关键词的前一个或几个字母，然后按Tab键，脚本语言就会显示可能的关键词列表。点击viewer再按Esc键会在分子图像和命令语言显示间来回切换。三、 命令语法和原子选择1. 语法典型的PyMOL命令总是以指导PyMOL执行一定任务的关键词开始，以回车结束。 最简单的命令仅有关键词，如输入quit将会强制结束PyMOL会话，quit后从不跟其他语句。 许多命令有默认语句，所以当你只输入关键词，PyMOL就会默认剩下的语句。如zoom的默认语句是选择（selection-expression）all，也就是说不用再输入all了。 有些关键词，需要部分语句，而其余语句被默认。如关键词color需要colorname语句，而默认语句是all：语法Color color-nameColor color-name, selection-expression例如PyMOLcolor red #所有的显示被着为红色PyMOLcolor red,name ca #仅C-alpha原子被着为红色当输入一个命令有多个语句时，要用逗号隔开。一次输入多个命令时要用分号隔开。1) 选择表达（selection-expressions）selection-expressions指PyMOL命令中语句的原子列表，描述了指定引用的一组原子，这些原子大多需要标识符（identifier）来完成指定。如选择符（selector）resi指定残基，标识符给出序列号；选择符name指定原子，标识符给出PDB中描述的名字（ca代表alpha碳，cb代表beta碳）。只有一小部分selection-expressions不需要标识符，但大部分都要。PyMOL应用逻辑算符增加selection-expressions的一般性和特殊性。选择符逻辑组合能变得很复杂，所以PyMOL能够识别以最少击键输入的缩略语和宏指令。这个部分讲述如何命名选择，然后讲述用缩略语和宏指令做选择的语法。2) 原子选择命名select命令命名原子选择：语法select selection-name, selection-expression # selection-name和 selection-expression是select的两个语句，需用逗号隔开例如PyMOLselect bb,name c+o+n+caPyMOLcolor red,bbPyMOLhide lines,bbPyMOLshow sticks,bbPyMOLzoom bb此例中，selection-expression是属性选择符name，它选择标识符c+o+n+ca完成指定。属性选择符和它的标识符在下面讨论。命名的原子选择（atom-selections）出现在控制面板的名称列表中，它们被括号括起来以区别于对象（objects）。控制面板的菜单选项对原子选择和对象是不同的，因为两者的功能有微小的差别。选择是建立在对象下的一组数据的指向，当删除对象，数据就不再可用，任何指向这些数据的选择也都不再可用。但是当删除选择，数据仍然可用。Disable对象是从viewer显示中删除它，而disable选择仅是关闭viewer中高亮显示选择的粉红点。原子选择无论命名与否，都能跨越多个对象：PyMOLload fc.pdbPyMOLload pept.pdbPyMOLselect alpha_c,name ca #选择包括了两个对象中的原子PyMOLcolor red,name ca原子选择在分子结构改变后仍然奏效：PyMOLload pept.pdbPyMOLselect bb,name c+n+o+caPyMOLcount_atoms bb #bb中数有52个原子PyMOLremove resi 5 #从对象中删除残基5中的所有原子PyMOLcount_atoms bb #现在bb中数有48个原子原子选择是静态的（static），选择所包含的原子仅仅是选择被定义时刻存在的原子，而不包括其他，即使是在选择范围内后来被载入的原子也不行:PyMOLload pept.pdbPyMOLselect 007,pept #创建选择“007”包括所有的原子PyMOLcount_atoms 007 #“007”中数有107个原子PyMOLh_add #PyMOL在合适的位置加氢PyMOLcount_atoms 007 #“007”中数有107个原子PyMOLcount_atoms #而“pept”中却数有200个原子原子选择能够被后面的原子选择利用：PyMOLselect bb,name n #选择“bb”包含所有氮原子PyMOLselect cc,bb or name o #选择“cc”包含所有氮原子和氧原子注意：逻辑运算符“or” “and”的含义等同于代数中的“或”“且”。3) 单字（single-word）选择符最简单的selection-expression是单字选择符，这些选择符没有标识符。单字选择符缩略选择符描述all*当前载入PyMOL的所有原子nonenone没有原子,空选择hydroh.当前载入PyMOL的所有氢原子hetatmhet从Protein Data Bank HETATM records中载入的所有原子visiblev.至少有一种可见表示形式的enabled对象中的所有原子presentpr.当前状态下有确定坐标的所有原子（用于创建动画）选择符none在向PyMOL直接输入命令时不会出现，但在程序脚本中十分有用。单字选择符有缩略形式，一些缩略词后必须跟着圆点或空格，用来界定字符。缩略词和长字符等效，选择你自己喜欢的形式即可：PyMOLcolor blue,allPyMOLcolor blue,* #所有原子变成蓝色PyMOLhide hydroPyMOLhide h. #所有的氢原子的表示形式被隐藏PyMOLshow cartoon,hetatm #PDB输入文件中被定义为HETATM的PyMOLshow cartoon,het #所有原子显示为cartoon4) 属性选择符PyMOL能够读取PDB,MOL/SDF,Macromodel,ChemPy Model和Tinker XYZ格式的数据文件。这些格式文件的某些数据区允许PyMOL为原子指定属性。根据这些属性，你可以应用属性选择符和标识符对原子进行分组和选择：选择符对应于数据文件的这些数据区，标识符对应于匹配的目标词或目标数字。在标识符列表中不同的项目仅用“+”连接，不要有空格，连续的选择用“-”连接：PyMOLselect boy,resi 1+2+3 #残基1、2和3被选择PyMOLselect 007,resi 1-10 #残基1到10被选择谨记在同一标识符后不可同时出现“+”“-”，如“select bad，resi 1-4+9”。对于空白数据区，标识符是一对空的双引号：PyMOLselect blank,ss “” #blank包含非二级结构的所有原子大多数的属性选择符匹配它的标识符：属性选择符缩略形式标识符和举例symbole.Chemical-symbol-list单字母或双字母的化学元素符号PyMOLselect polar,symbol o+nnamen.Atom-name-list蛋白和核酸中至多4字母的原子符号PyMOLselect carbons,name ca+cb+cgresnr.Residue-name-list3字母的氨基酸符号PyMOLselect aas,resn asp+glu+asn+gln或至多2字母的核苷酸符号PyMOLselect bases,resn a+gresii.Residue-identifier-list至多4位数的残基号PyMOLselect boy,resi 1+10+100+1000Residue-identifier-rangePyMOLselect boy,resi 1-10altaltAlternate-conformation-identifier-list单字母PyMOLselect altconf,alt a+chainc.Chain-identifier-list单字母或有时是数字PyMOLselect 007,chain asegis.Segment-identifier-list至多4字母PyMOLselect ligand,segi ligflagf.Flag-number从0到31的单整数PyMOLselect f1,flag 0numeric_typent.Type-number单整数PyMOLselect f1,nt. 5text_typett.Type-string至多4字母PyMOLselect subset,text_type HA+HCididExternal-index-number单整数PyMOLselect idno,id 23indexidx.Internal-index-number单整数PyMOLselect intid,index 11ssssSecondary-structure-type单字母PyMOLselect allstrs,ss h+s+l+其他的选择符对应于数字标识符：数字选择符缩略形式语句和举例bbComparison-operator b-factor value实数PyMOLselect fuzzy,b10qqComparison-operator occupancy-value实数PyMOLselect lowcharges,qselect doubles,fc.=-1partial_chargepc.Comparison-operator partial charge-value实数PyMOLselect hicharges,pc.15) 选择代数通过逻辑运算符的组合，选择更富有精确性或包含性，这些算符即布尔算符包括and，or和not，它们的含义和代数中的“且”“或”“非”同义。运算符：选择运算符和标识符列表如下。虚设的变量s1和s2代表selection-expressions.运算符缩略形式效果not s1! s1选择不在s1中的原子PyMOLselect sidechains,! bbs1 and s2s1 & s2选择s1和s2中共有的原子PyMOLselect far_bb,bb&farfrm_tens1 or s2s1s2选择s1和s2中的所有原子PyMOLselect all_prot,bbsidechains1 in s2s1 in s2选择s1中标识符name,resi,resn,chain,segi全匹配s2的原子PyMOLselect same_atms,pept in prots1 like s2s1 l. s2选择s1中标识符name和resi匹配s2的原子PyMOLselect similar_atms,pept like prots1 gap xs1 gap x选择范德华半径与s1的范德华半径以最小距离x埃分离的所有原子PyMOLselect farfrm_ten,resi 10 gap 5s1 around xs1 a. x选择中心在以s1任何原子为中心，以x埃为半径的范围内的所有原子PyMOLselect near_ten,resi 10 around 5s1 expand xs1 e. x通过在以s1任何原子为中心，以x埃为半径的范围内的所有原子扩充s1PyMOLselect near_ten_x,near 10 expand 3s1 within x of s2s1 w. x of s2选择s1中在s2 x埃范围内的原子PyMOLselect bbnearten,bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1扩充s1到残基PyMOLselect complete_res,br. bbnear10byobject s1bo. s1扩充s1到对象PyMOLselect near_obj,bo. Near_resneighbor s1nbr.s1选择直接以化学键连接s1的原子PyMOLselect vicions,neighbor resi 10逻辑选择可被组合。例如，你可以选择部分链a的原子，但不包括残基125：PyMOLselect 007,chain a and (not resi 125)PyMOLselect boy,(name cb or name cg1 or name cg2) and chain a #这两个PyMOLselect girl,name cb+cg1+cg2 and chain a #命令是等效的逻辑运算像算术运算一样是有顺序的，为确保操作正确执行，必要时使用括号：Byres(chain a or (chain b and (not resi 125) around 5) PyMOL是从最内的括号向外逻辑选择的。6) 宏指令宏指令使表达长复杂语句的原子选择成为可能,如:PyMOLselect boy,pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca用精简方式表示：PyMOLselect boy, /pept/lig/b/142/ca宏指令用正斜杠来界定标识符。宏指令通过布尔算符“and”选择原子，也就是说，选择的原子必须全部匹配标识符：/object-name/segi-identifier/chian-identifier/resi-identifier/name-identifier这些标识符形成了一个等级串，以object-name 为首，以name-identifier为尾。PyMOL将宏指令当做一个词来识别，所以宏指令中不能有空格。宏指令有两种形式：以正斜杠开头的和不以正斜杠开头的。宏指令开头正斜杠的存在与否决定了宏指令的读取方式。如果以正斜杠开头，PyMOL按从头到尾的方式读取:/objectname/segiidentifier/chainidentifier/resiidentifier/nameidentifier/objectname/segiidentifier/chainidentifier/resiidentifier/objectname/segiidentifier/ch