Materials-Studio-Linux-集群安装手册(比较详细).doc

Materials Studio Linux集群安装手册一、安装Linux操作系统，进行系统配置一般都建议最小化安装，不用安装图形界面。下面我以red hat enterprise linux 6.0 x86-64在AMD Athlon(tm)64 X2 Dual Core Processor 4400+ 电脑上的安装为例。rhel6.0的安装过程和windows差不多，一路下一步（或Next）基本就ok了，在您要进行哪种类型的安装？你如果是第一次安装，是新硬盘的话可以选使用所有空间，并勾选下边的查看并修改分区布局，然后下一步，你可以看下大概的分区情况，在Red Hat Enterprise Linux 的默认安装是基本服务器安装。如果对Linux不太熟的话，最好选择软件开发工作站(或Software Development Workstation），这样基本上把要用的软件都安装上了，然后再选上下边的现在自定义(或 Customize now)，再下一步，然后把所有能选上的软件都选上，再一路下一步。安装完以后，创建一个非root用户，比如创建一个msi用户，root和msi用户密码设的简单一些比较好，别一会儿你自己都忘了，我是root和msi用的一个密码，当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些，这样课题提高系统的安全性。gcc glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) libstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3 (32-bit)hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64这几个补丁，好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit)没有装上之外，别的都给你装好了。这里要说的是，这些补丁每个节点都要装，千万记住。你可以用命令： rpm -qa|grep gcc查询，当然你要查libstdc+就要用命令：rpm -qa|grep libstdc+了。对于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit)的安装可以用命令rpm安装，首先切换到这两个软件包所在的目录下，执行下列命令，格式如下：rpm -ivh libstdc+-33-3.4.6-11.i386.rpmrpm -ivh hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm注意，这里都是在root用户执行的操作，二. 为msi用户添加sudo命令使用权限，运行命令 su root，输入root用户的登录密码后，使用vi命令进行下面的修改：在root权限下，运行命令：vi /etc/sudoers #在root ALL=(ALL) ALL这一行下面添加一行msi ALL=(ALL) ALL 然后运行命令：:wq！ #在命令模式下，强制执行存盘退出操作注：修改后，则成功添加msi用户使用sudo命令的权限，在往后的安装中可方便进行提权操作。三. 于各节点安装HP-MPI，安装方法：a. 挂载MS安装光盘，对应系统版本进入下列相应目录进行安装，下面是版本信息：123：UNIX/Linux/hpmpi/ for older IA32 Linux ：UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/ for IA32 Linux systems with x86_64 ：UNIX/Linux_IA64/hpmpi/ for IA64 Linux.b. 安装时需要使用root用户进行安装，终端运行su root后输入密码登录为root，使用下面安装命令：1：rpm -ivh /UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpmc. 安装后出现下面提示即成功安装四查看各节点网络状态，修改主机名可以使用ifconfig命令，查看各个节点的网络状态。rhel6.0开机后网络是处于禁用状态，要激活网络接口，可以使用命令：ifcfg eth0 start或ifup eth0。一般情况下rhel6.0在安装的过程中都可以认出主机的网卡，如果由于网卡太新没有认出来，那就需要到网卡官方网站下载Linux网卡驱动程序进行安装了，网上教程很多很容易掌握。使用hostname指令设置主机名。在命令行中输入下面的命令：hostname msinode1注意：使用hostname指令设置的主机名称仅在系统重新启动前起效，重启系统后将使用原来的主机名称。如果希望启动系统后生效，则需要修改文件“/etc/hosts”。五. 配置SSH免认证登录，配置过程：a. SSH免认证登录的配置：i. 测试是否已经安装SSH，于终端（Terminal）中输入ssh localhost后回车，若出现下面提示：则表示已经安装SSH。若提示失败，则需要放入安装光盘进行安装。ii. 于终端中输入ssh-keygen -t rsa，此时它会提示你生成SSH的密钥。iii. 此时无须设置密码，你只需要点击回车就可以了，生成的公钥和私钥会保存/.ssh/目录下。iv. 进入目录/.ssh/（命令：cd /.ssh/），运行命令：1：cp id_rsa.pub authorized_keys，将公钥进行复制。v. 同样地，在其他节点上运行上面的命令，将各节点中得到的authorized_key中的内容复制出来，汇总到一个文件中，命名为authorized_key，并放置于各节点的/.ssh/目录下（覆盖原有文件）。#可以在xp下使用WinSCP软件进行管理，就像处理word文档一样复制粘贴就行了，每个节点的authorized_key内容在汇总的authorized_key里各占一行。vi. 修改.ssh/目录下的文件权限以及目录权限，运行命令：12：chmod 600 * ：chmod 700 .vii. 再修改home目录的权限为只读，运行命令：12：cd ：chmod 755 .viii. 在各节点的对应目录重复以上命令，如成功的话，对localhost（或者其他节点机器名）进行ssh连接则不会再出现密码提示，如图：ix. 为加快SSH连接速度，使用 vi 命令（需要root权限）修改各个节点的 /etc/hosts文件，运行下列命令：1：sudo vi /etc/hosts显示如下：123456：# Do not remove the following line, or various programs ：# that require network functionality will fail. ：127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ：:1 localhost6.localdomain6 localhost6 ：192.168.2.160 mscnode1 ：192.168.2.161 mscnode2x. 将127.0.0.1后对应的主机名删除，添加集群中各节点的IP地址和机器名，保存后退出即可，示例如下所示：12345678：# Do not remove the following line, or various programs ：# that require network functionality will fail. ：#127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ： ：192.168.128.160 mscnode1 ：192.168.128.161 mscnode2：:w #保存，如果显示无法保存可以在w后加！强制执行：:q #退出xi. SSH免认证登录可使用WinSCP软件进行简化。六. 以集群模式安装MS1. 先将MS文件上传到主节点。可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。2. 上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令示例如下： 12：mkdir /mnt/iso ：mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso3. 在主节点上切换到MS安装用户，这里用的是hope，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行12：./Install -type cluster ：或是直接./mnt/iso/UNIX/Install -type cluster-type cluster这个参数是并行时必须加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。 4. 如果执行上述命令后出现无法安装的提示，可使用下列命令进行提权：1：chmod 777 /mnt/iso/ -R5. 安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/hope/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。6. 安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点，方法如下：12：vi /etc/exports #加入下面一行内容： ：/home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash)7. 然后重启nfs服务，service nfs restart。如出现错误提示，则参考Linux下配置安装NFS文章中检查portmap服务是否已经启动或者运行命令是否有root权限。1）NFS服务所需的套件（1）portmap运行命令查询portmap是否安装：rpm qa |grep portmap #显示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正确安装（2）nfs-utils运行命令查询nfs-utils是否安装：rpm qa |grep nfs-utils#显示一下内容表示已正确安装nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22nfs-utils-1.0.9-33.el52）启动NFS服务NFS服务要正常运行，必须先启动portmap服务。使用以下命令就可以启动NFS服务：service portmap startservice nfs start3）停止NFS服务：service smb stop4）重启NFS服务service smb restart8. 然后到其他节点上使用root用户登录，执行挂载命令：1：mount -t nfs 主节点名或iP地址:/home/hope/Accelrys/ /home/hope/Accelrys/若出现错误提示，则检查该节点是否已经新建Accelrys文件夹、防火墙是否已经关闭以及SELinux功能是否已经关闭。9. 导入证书。在安装光盘中找到msi.lic文件，将licenses文件中里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/hope/Accelrys/LicensePack/Licenses里。在Terminal中运行：1：./home/hope/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin然后在图形界面下进行证书的导入。如果没有图形界面的话，使用下面命令可以启用命令行的Licenses administration Tools：123： /bin/license_admin -cw or： /bin/license_admin -console-wizard： 即MS的安装目录 10. 修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。11. 修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。12. 重新启动网关，进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行1：./msgateway_control_18888 restart13. 由于之前安装的时候没有将Gateway注册为自动启动服务的话，可执行下面的命令：1：2：cp /home/hope/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888 #接上一行再执行命令：/sbin/chkconfig -add msgateway_control_1888814. 至此，MS的集群安装基本完成15. 备注： 1. 防火墙配置要注意，测试时请先关闭防火墙及SELinuxLinux关闭防火墙1）重启后永久性生效：开启时执行命令： chkconfig