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PDB数据库简介 生物数据库的种类 生物数据库的种类 序列数据库核酸序列数据库 EMBL GenBank DDBJ 常用蛋白质序列数据库 Swissprot PIR 结构数据库蛋白质结构数据库 PDB 蛋白质分类数据库 SCOP CATH 其它数据库 ProteinDataBank蛋白质结构数据库http www rcsb org pdb home home do 一 基本概况 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库 PDB蛋白质晶体结构资料数据库 ProteinDateBank PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics RCSB 负责 1 数据 来源主要通过实验 X射线晶体衍射 核磁共振 电子显微镜方法等 测定的生物大分子的三维结构 主要是蛋白质的三维结构 还包括核酸 糖类 蛋白质与核酸复合物的三维结构 信息原子的空间坐标 引用文献 形成 helix和 sheet的氨基酸序列 双硫键连结模式 与蛋白质结合的ligand 参与生化功能的residue等 2 数据结构 结构记录 名称 参考文献 序列 一级结构 二级结构和原子坐标等信息 显式序列信息 隐式序列信息 以关键字SEQRES作为显式序列标记 以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息 即为立体化学数据 包括每个原子的名称和原子的三维坐标 3 数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB ID 包括4个字符串 可由大写字母A Z和数字0 9组合而成 如1LDM PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询 可按一些专门的查询项目 如提交数据 作者姓名 结构表达 进行检索 是pdb文件在数据库中的编号 从PDB数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件 如1LDM pdb 二 简单使用 搜索栏 高级搜索 搜索到408条结果 精化搜索结果 检索CDK2 相关介绍 下载氨基酸序列及二级结构的信息 分辨率不同 配体不同 PDB数据库文件 包括分子类别 发布日期 PDB ID 关键字列表 测定结构所用的试验方法 以关键字SEQRES打头306个氨基酸的显式序列信息 X轴坐标 Y轴坐标 Z轴坐标 原子 氨基酸 PDB数据库的详细字段说明 PDB数据库的详细字段说明 PDB数据库的详细字段说明 详细信息 三维结构 螺旋 折叠 配体小分子 三 结构模型显示 生物大分子三维立体结构显示的软件 PyMol RasMol Chimera VMD Swiss PdbViewer等通过这些软件可以对此三维结构
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