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第二章Interent上生物信息学资源 2006年9月26日星期二 Internet提供了大量生物息学资源在内的多种资源 20世纪90年代以来 由于生物大分子序列和结构测定技术的突破 人类基因组计划初步完成 使不同物种 不同分子序列 结构和功能信息 每天都以惊人的速度增长 大量数据库也涌现 如 基因组数据库 蛋白质序列库 基因图谱库 酶类数据库 生物反应数据库等 2006年9月26日星期二 人类基因组计划研究已从结构基因组学 StructuralGenomics 序列基因组学 SequenceGenomics 向功能基因组学 FunctionalGenomics 转变 后基因组学与蛋白质组学时代已经到来 对蛋白质及核酸序列等各种信息的检索 整理 分析 解读是现代生物信息学的重要研究内容 掌握生物信息学资源与数据库的使用已成为生物信息学研究的关键 2006年9月26日星期二 第一节生物信息学重要网站 1 1美国国家生物技术信息中心 NCBI 美国生物技术信息中心 NationalCenterforBiotechnologyInformation NCBI 网址 www ncbi nlm nih gov 是美国国立卫生研究院医学图书馆的一个机构 创建于1988年11月4日 是美国国家分子生物学信息资源中心 也是全球最有影响的生物学网站之一 NCBI开发有Genbank Medline等公共数据库 提供PubMed Entrez BLAST OMIM Taxonomy Structure等工具 可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析 2006年9月26日星期二 美国生物技术信息中心 NCBI 主页 www ncbi nlm nih gov 2006年9月26日星期二 NCBI的主要贡献 NCBI的使命是开发新的信息技术工具 以协助更好地理解和研究影响人类健康疾病的分子与遗传过程 NCBI同时从事计算生物学研究 开发基因组数据分析和生物医学信息方面的软件工具 除了GenBank以外 NCBI还支持许多种医学及科技方面的数据库 包括 孟德尔人类遗传 OnlineMendelianInheritanceinMan OMIM 三维蛋白质结构的分子模型数据库 MolecularModelingDatabase MMDB 特殊人类基因序列集 UniqueHumanGeneSequenceCollection UniGene 人类基因组草图 GeneMapoftheHumanGenome 生物分子浏览器 TaxonomyBrowsed 以及与国立癌症研究所合作的癌症基因组解剖学项目 CancerGenomeAnatomyProject CGAP 2006年9月26日星期二 NCBI的集成检索系统 Entrez Entrez是NCBI的查询检索系统 用户可通过该系统查询 检索的数据有 核酸序列 蛋白质序列 图谱 三维结构 全部基因组汇编 GenBank中的生物分类 孟德尔人类遗传 MEDLINE中的生物医学文献 通过相关链接 Entrez可将这些数据库有机地结合在一起 进行序列 结构及文献数据的相关交叉检索查询 Entrez也提供序列和染色体图的图像浏览 2006年9月26日星期二 NCBI的集成检索系统 Entrez 2001年起 NCBI在网站上开始提供人类全部基因组草图的检索服务及通过网站对人类全部基因组序列数据进行图像浏览 http www ncbi nlm nih gov Genomes 碱基局部核对查询工具 BasicLocalAlignmentSearchTool BlAST 是该中心开发的蛋白质或DNA序列相似性查询程序 用户可通过BLAST将获得的序列数据与基因组或基因产物进行对比 2006年9月26日星期二 NCBI Entrez最新跨库检索系统首页 网址 www ncbi nlm nih gov gquery gquery fcgiwww ncbi nlm nih gov Entrez 2006年9月26日星期二 NCBI的分子模型数据库 MMDB 是NCBI的分子模型数据库 MolecularModelingDatabase MMDB Http www ncbi nlm nih gov Structure 包括来自于PDB ProteinDataBank www rcsb org pdb 由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的所有大分子三维结构数据 MMDB还增加了一些附加信息 包括已验证的显性化学图像信息 对二级结构衍生一致性定义 并可与PubMed交叉检索等 从该数据库也可以链接到PDB大分子三维结构数据库网站 网上浏览生物分子的平面或三维立体图像 2006年9月26日星期二 NCBI的分子模型数据库 MMDB http www ncbi nlm nih gov Structure 2006年9月26日星期二 PDB ProteinDataBank www rcsb org pdb首页 2006年9月26日星期二 PDB的三维结构查询 2006年9月26日星期二 NCBI 新建立的数据库 1 PubMedCentral PMCwww pubmedcentral nih gov它是NCBI的生命科学数字化期刊论文集 可使得用户在检索文献的同时也可以链接到期刊网站免费检索 阅读文献全文 NCBI在2001年又开发了几个新的数据库 2006年9月26日星期二 NCBI PubMedCentral 2006年9月26日星期二 NCBI Bookshelf 2 Bookshelf http www ncbi nlm nih gov entrez query fcgi db Books Bookshelf是NCBI建立的生物医学图书全文数据库 Bookshelf提供对某一种特定图书或所收录的全部图书的概念检索 也可以对所收录图书进行免费全文阅读 该数据库现包括以下有影响的专业图书 IntroductiontoGeneticAnalysis 7thed Griffiths1999ModernGeneticAnalysis 1999MolecularBiologyoftheCell 3rded Alberts 1994MolecularCellBiology 4thed Lodish2000年RetrovirusesCoffin 1997 2006年9月26日星期二 NCBI Bookshelf主页与图书列表 2006年9月26日星期二 NCBI提供匿名 服务器下载 NCBI提供的所有数据库和程序软件皆可在NCBI的匿名FTP服务器上下载 ftp ftp ncbi nlm nih org 2006年9月26日星期二 NCBI的匿名FTP服务器内容 2006年9月26日星期二 用LeapFTP工具登陆的NCBI FTP网站 2006年9月26日星期二 1 2欧洲分子生物学实验室 EMBL 与欧洲生物信息学研究所 EBI 欧洲分子生物学实验室 EuropeanMolecularBiologyLaboratory EMBL 网址 www embl org1974年几