《分类鉴定》PPT课件.ppt

第十章微生物的分类和鉴定 定义 按微生物的亲缘把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学 任务 分类 鉴定 命名 第一节通用分类单元 一 种以上的系统分类单元 一 七级分类单元界Kingdom门Phylum 或Division 亚门纲Class 亚纲 超目目Order 亚目科Family 亚科 族 亚族属Genus种Species 二 种的概念 定义 种是一个基本分类单位 是一大群表型特征高度相似 亲缘关系极其接近 与同属内其他种有明显差异的菌株的总称 在微生物中 一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本 它就是该种的模式种 新种 sp nov 或nov sp 新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp nov 的符号 新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构 并应允许人们从中取得 二 微生物的学名 每一种微生物都有一个自己的名字 名字有俗名和学名两种 命名 菌种的科学名称 菌种的学名是按照 国际细菌命名法规 命名的国际学术界公认 并通用的名称 命名原则 学名 属名 种的加词 首次定名人 现名定名人和现名定名年份规定与常识 属名应大写首字母 单数 可以组合外而成 种的加词代表一个种的次要特征 首字小写 一 双命名法 例1 大肠埃希氏菌 简称大肠杆菌 Escherichiacoli Migula CastellanietChalmers1919例2 枯草芽孢杆菌 简称枯草杆菌 Bacillussubtilis Ehrenberg Cohn1872 三 亚种以下的分类单元 亚种 subspeciers 种的进一步细分 一般指除某一明显而稳定的特征外 其余鉴定特征都与模式种相同的种 常在种名 署名的加词后写上subsp 然后再写具体亚种的加词 类群 group 没有分类地位非正式地指定一组具有某些共同性状的生物 菌株 strain 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代 实际上是一个微生物达到遗传性纯的标志 小种 race 涵义较乱 在不同分支学科中由不同涵义 第二节微生物在自然界的地位 生物的界级分类学说 是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点 如 二界系统 三界系统 四界系统 五界系统 六界系统和三原界系统20世纪70年代末C R Woese等人提出三域学说 近一百多年来 从两界系统经历过三界系统 四界系统 五界系统甚至六界系统 最后又出现了三原界 或三总界 系统 图11 1 一 生物的界级分类学说 五界系统 1969年 R H Whittaker在Science 科学 杂志上发表了一篇 生物界级分类的新观点 的著名论文 五界系统包括动物界 Animalia 植物界 Plantae 原生生物界 Protista 包括原生动物 单细胞藻类 粘菌等 真菌界 Fungi 包括真菌和酵母菌 以及原核生物界 Monera 包括细菌 蓝细菌等 其模式表示见图 我国学者王大耜 si 等 1977 在Whittaker五界系统的基础上 也提出过应增加一个病毒界 Vira 的六界系统 二 三域学说及其发展 域 是一个比 界 更高的界级分类单元 细菌域 古生菌域 真核生物域 第三节各大类微生物的分类系统纲要 原核生物分类系统纲要 伯杰氏鉴定细菌学手册真菌界分类系统很多 各国采用不同的系统 比较混乱 近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要 真菌门 鞭毛菌亚门 接合菌亚门 子囊菌亚门 担子菌亚门 半知菌亚门 第四节微生物的分类鉴定 主要步骤 纯化 测定一系列必要的指标 查找权威性鉴定手册鉴定技术的不同水平 细胞的形态和习性 形态特征 运动 酶反应 营养要求及生长条件等细胞组分水平 细胞壁成分 氨基酸库 脂类 醌类 光合色素等的分析蛋白质水平 氨基酸序列分析 凝胶电泳和血清学反应等基因或DNA水平 核酸分子杂交 G C mol 转化和转导 16SrRNA寡核苷酸族分分析 DNA或RNA核苷酸序列分析等 一 微生物的分类鉴定的经典方法 1 经典的鉴定指标2 微生物的微型 简便 快速或自动化鉴定技术二 微生物的分类鉴定中的现代方法1 通过核酸分析鉴定微生物遗传型2 细胞化学成分用作鉴定指标3 数值分类法 数值分类法 即统计分类法 在200年前M Adanson 1727 1806 法国植物学家 发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来的 主要观点 在一个分类群中 其所含信息量越大 即分类所依据的性状越多 其分类效果也越好 顺序建立自然分类单元时 每个性状都是等权的 任何两分类实体间的整体相似性 都是由每一对的相似性计算而来的 能够由类群间相似性的差异识别不同的分类实体 如果给予有关进化途径和机制的某些假定 可以从组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的推论 分类学应作为一门经验科学来看待和实践 数值分类学是以表象相似性为基础的