Maxquant使用说明.docx

Summary该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件的信息名称分隔描述说明Raw file原始数据的处理加工Enzyme用于消化蛋白样品的蛋白水解酶Enzyme mode同上Enzyme first search用于first search的蛋白水解酶Enzyme mode first search同上Use enzyme first search当有不同的蛋白酶用于设置first search时，标记为“+”Variable modifications（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰Multi modifications多重修饰用于鉴定多肽当中Variable modifications first search在first search当中的可变修饰Use variable modifications first search当有不同的可变修饰用于设置first search时，标记为“+”Requantify用在鉴定当中的标签的数量（例如同位素标签，这里应该特质同位素标签）的数量Multiplicity同上Max. missed cleavages允许最大的漏切数量Labels0用于标签实验当中的标签，其中，0为轻标，1为中标，2为重标LC-MS run typeLC-MS运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学时，设置为“standard”（标准模式）Time-dependent recalibration时间依赖性的再校准：当出现该校准时，数据框内标记为“+”，时间依赖性的校准用于提高数据的质量MS在原始数据当中的MS1记录的数据量MS/MS在原始数据当中的MS2记录的数据量MS3在原始数据当中的MS3记录的数据量MS/MS submitted用于软件分析的串联的MS的数量 这里所说的串联质谱可以认为是二级质朴MS/MS submitted (SIL)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labeling cluster）的母离子被检测。MS/MS submitted (ISO)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。MS/MS submitted (PEAK)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为单个峰（single peak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。MS/MS identified鉴定到的串联质谱数的总数量MS/MS identified (SIL)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labeling cluster）的母离子被检测。MS/MS identified (ISO)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。MS/MS identified (PEAK)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为单个峰（single peak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。MS/MS identified %被鉴定到的串联质谱的比例MS/MS identified (SIL) %被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为标记簇（重标组，labeling cluster）的母离子被检测。MS/MS identified (ISO) %被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。MS/MS identified (PEAK) %被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为单个峰（single peak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。Peptide Sequences Identified通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定出来的氨基酸序列的多肽的总数量Peaks被检测到的MS1(full scans)的总数量Peaks Sequenced通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总数量Peaks Sequenced %通过MS2测出氨基酸序列的多肽的比例（这里指的应该是串联质谱鉴定到的多肽的数量与MS1鉴定到的数量之比）Peaks Repeatedly Sequenced在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）Peaks Repeatedly Sequenced %在二级质谱当中被重复鉴定的多肽的数量站总鉴定多肽数量的比率Isotope Patterns检测到的同位素峰的总数量Isotope Patterns Sequenced被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量Isotope Patterns Sequenced (z1)被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量（电荷数1）Isotope Patterns Sequenced %被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例Isotope Patterns Sequenced (z1) %被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数1）Isotope Patterns RepeatedlySequenced用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的总数量Isotope Patterns RepeatedlySequenced %用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的比率Recalibrated重新校准：当原始数据当中的质量被重新校准时，会在该框下显示“+”Av. Absolute Mass Deviation ppm被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一Mass Standard Deviation ppm被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一Av. Absolute Mass Deviation mDa被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一道尔顿Mass Standard Deviation mDa被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一道尔顿Label free norm param用于label-free实验当中测定峰强度值的标准因素Evidence名称分隔描述说明Sequence鉴定出来的多肽的序列Length保存在sequence框内的序列长度Modifications在被鉴定的多肽上的转录后修饰Modified sequence包含修饰位点的多肽序列，修饰位点会标记在被修饰的氨基酸前面，修饰方式会以缩写的形式呈现出来，一般情况下，多肽会被下划线标记Carbamidomethyl (C) Probabilities半胱氨酸被烷基化的可能性：包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为01其中1为最大，该列表示半胱氨酸烷基化的可能性Oxidation (M) Probabilities甲硫氨酸氧化的可能性：包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为01其中1为最大，该列表示甲硫氨酸氧化的可能性Carbamidomethyl (C) Score Diffs通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有Oxidation (M) Score Diffs通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有Acetyl (Protein N-term)发生在蛋白质N末端的乙酰化的数量Carbamidomethyl (C)发生在半胱氨酸上的烷基化修饰的数量Oxidation (M)发生在甲硫氨酸上的氧化修饰的数量Missed cleavages水解酶漏切多肽的数量Proteins根据多肽而推断出来的蛋白质的名称Leading proteinsLeading razor proteinGene namesProtein namesTypeRaw fileMS/MS m/zChargem/zMassResolutionUncalibrated - Calibrated m/z ppmUncalibrated - Calibrated m/z DaMass error ppmMass error DaUncalibrated mass error ppmUncalibrated mass error DaMax intensity m/z 0Retention timeRetention lengthCalibrated retention timeCalibrated retention time startCalibrated retention time finishRetention time calibrationMatch time differenceMatch m/z differenceMatch q-valueMatch scoreNumber of data pointsNumber of scansNumber of isotopic peaksPIFFraction of total spectrumBase peak fractionPEPMS/MS countMS/MS s