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新版PubMed检索 新版PubMed检索 PubMed及NCBI相关数据库PubMed数据范围认识新版PubMedPubMed检索方法PubMedRSS学科跟踪 PubMed及相关数据库 NCBI NationalCenterforBiotechnologyInformation 美国国立生物技术信息中心 NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性 因此 在1988年11月4日成立NCBI NCBI是NationalInstitutesofHealth NIH 底下的NationalLibraryofMedicine NLM 的部门之一 由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验 且因它是NIH的单位 因此可执行计算分子生物计划 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位 NCBI成立的主要任务为 提供生物医学的分析与计算工具 协助研究人员了解生物的语言 DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程 包括建立储存与分析分子生物 生化与遗传学知识的自动系统 促进研究与医学社群使用数据库与软件 协调生物技术信息的传递与管理 执行以计算机为基础的进阶信息分析过程 用以分析生物重要分子的结构与功能 NCBI组织架构 ComputationalBiologyBranch CBB InformationEngineeringBranch IEB InformationResourcesBranch IRB NCBI组织架构 ComputationalBiologyBranch CBB 处理运算 数学及分子生物 生物与遗传学理论问题的基础与应用研究 包括基因体分析 序列比对 序列搜寻方法 巨分子结构 动力学与交互作用 结构 功能预测等 建立NIH实验室 政府机构 学术单位与产业界之生物学家 化学家 数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划 提供研究分子生物分析工具的咨询与建议 与分子生物社群互动 利用计算与理论方法提高实验研究质量 NCBI组织架构 InformationEngineeringBranch IEB 进行数据表现与分析的应用研究 包括在分子生物 遗传学与生物化学的计算机储存 管理与检索系统 设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书 包括核酸 蛋白质与结构信息 设计与发展分布式软件系统 提供研究人员本机与远程的计算服务 协调公开序列 遗传 结构 目录信息 建立管理与整合数据库或连结至外部数据库 建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划 提供软件与数据库设计咨询与建议 发展与提倡数据库 数据交换与生物命名的标准 NCBI组织架构 InformationResourcesBranch IRB 计划 监督与管理NCBI的计算机技术操作 包含用来研究 发展与存取公开数据库的计算机系统 提供NCBI人员与外来使用者技术支持 提供NCBI服务之网络操作指导 规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会 计划 发展与管理政府合约与合作协议书 已获得支持NCBI信息功能的设备与服务 作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人 执行应用研究与发展 提供技术支持与指导 鉴定使用者需求 管理生物使用社群之问卷调查 以评估NCBI发展的软件使用情形 协调政府其它办事处与生物信息资源 促进NCBI数据储存的发展 NCBI组织架构 NCBI还有一个跨多学科的基础研究群 组成人员包括计算机科学家 分子生物学家 数学家 生化学家与物理学家 共同致力于计算分子生物的基础与应用研究 他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题 这些问题包含了基因结构侦测与分析 序列分析 立体结构预测 重复序列类型 Pattern 建立基因体图谱 HIV感染动力学的数学模型 分析序列错误对数据库搜寻的影响 发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法 建立无重复的序列数据库 使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性 建立文章检索的载体 Vector 模型等 除此之外 这些研究人员尚与NIH的研究单位 学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系 目前仍有多项研究计划正在进行当中 NCBI资源 NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具 NCBI资源 生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体 通常结合计算机软件执行更新 查询与存取数据的功能 对于研究人员而言 数据库必须符合 容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能 NCBI的数据库搜寻与存取系统 Entrez 可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据 例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息 同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息 目前 NCBI提供的公开 OpenAccess 数据库包括如下 Entrez以及BLAST Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列 定位 分类 和结构数据的搜索和检索系统 Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图 Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具 这些数据库包括核酸序列 蛋白序列 大分子结构 全基因组 和通过PubMed检索的MEDLINE Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列 结构和参考文献的能力 PubMed是一个网络搜索界面 可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问 包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序 还可作为鉴别基因和遗传特点的手段 BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索 NCBI提供的附加的软件工具有 开放阅读框寻觅器 ORFFinder 电子PCR 和序列提交工具 Sequin和BankIt 所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得 Entrez可以检索的数据库 Books出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库CancerChromosomes美国国立癌症研究所的MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer数据库里已经整合好的cytogenetic 临床与文献相关数据ConservedDomainDatabase CDD 蛋白质功能区块保留序列数据库3DDomains 蛋白质功能区块立体结构数据Gene 包含许多物种的基因数据库Genome 包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT 小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEODatasets 基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEOProfiles 基因表现图谱HomoloGene 同源基因批注数据库Journals 期刊文献 包含PubMed MeSH 医学主题词数据库NCBIWebSite 所有NCBI网页NLMCatalog 美国国立医学图书馆馆藏书目 期刊 视听数据目录Nucleotidesequencedatabase 核酸序列数据库 包含GenBank RefSeq和PDB等三大序列数据库 Entrez可以检索的数据库 OnlineMendelianInheritanceinMan OMIM 人类遗传疾病相关文献数据库PopSet 族群演化分析相关研究资料Proteinsequencedatabase 蛋白质序列数据库 包含Swiss Prot PIR PRF PDB等数据库与从GenBank RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料 PubChemBioAssay 化学成分之生物活性筛选资料PubChemCompound 小分子化学物质结构PubChemSubstance 具生物活性之化学物质筛选数据PubMed 科学文献报导数据库PubMedCentral 科学文献数字全文数据库SiteSearch 可搜寻NCBI的网页与FTPSNP 单点核酸多样性数据库 dbSNP Structure 分子模型数据 MMDB Taxonomy 以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene 人类unique基因序列数据库UniSTS unique序列卷标地址数据库 PubMed数据范围 数据类型 期刊论文 综述以及与其他数据资源链接 特点 免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接 部分免费获取 提供检索词自动转换匹配操作简便 快捷 PubMed数据范围 MEDLINE4800余种生物医学期刊 内容涉及医学 护理 牙科 兽医 健康保健系统 前临床医学等学科 这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区 文献量达1千2百多万条记录 并回溯到1966年 记录中用 PubMed indexedforMEDLINE 标记表示 注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据 Inprocesscitation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据 获MeSH词后 再加入MEDLINE 记录中用 PubMed inprocess 标记表示 PublisherSuppliedCitations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用 PubMed assuppliedbypublisher 标记表示 OldMedline1950 1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用 PubMed OLDMEDLINEforPre1966 标记表示 PubMednotMedlinePubMed收录Medline不收录的文献 记录中用 PubMed 标记表示 PreMedline PubMed Medline PubMed与MEDLINE的区别 收录范围广 MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊 物理 天文 化学等 收录记录新 在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全 提供电子原文链接 部分免费 认识新版PubMed PubMed首页PubMed检索结果页PubMed结果显示PubMed摘要显示 新版PubMed特色 简洁 清新检索速度较快 www ncbi nlm nih gov pubmed 常用工具 WelcometoPubMed 使用帮助 更多服务 检索词输入框 出处SO 篇名TI 作者AU 文献类型 状态 Summary 结果筛选 检索提示 认识新版PubMed 认识新版PubMed 调整显示设置可改变显示模式 显示数量及检索结果排序 显示设置 显示摘要 显示数量 排序模式 在摘要显示模式下可以看到详细的文献信息 作者地址 文献摘要 文献作者 文献篇名 全文链接 文献类型 文献主题词 认识新版PubMed 出版社上传 PreMedline PubMed Medline PubMed数据库收录的文献的状态 主要为Medline 相关数据库检索 检索详情 认识新版PubMed 非英文的文献篇名上有中括号 且注明有语种 英文文献 土耳其语 篇名 英文文献 认识新版PubMed 电子优先即最新文献 一般比印刷出版提前三个月以上 电子优先 2009年5月 2008年9月 认识新版PubMed PubMed检索方法 PubMed基本检索PubMed高级检索PubMed限定检索PubMed主题检索临床查询检索PubMed全文获取 PubMed基本检索 在检索框中键入一个或多个英文单词 大写或小写均可 点击GO按钮 PubMed系统会自动在主题词表 期刊名表 短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式 这就是它特有的 自动词汇匹配功能 例如 检索肿瘤 cancer 方面的文章 在检索框中输入 cancer 再点击 Go 按钮 PubMed将自动地利用它的 自动词汇匹配 功能将重要的词语结合在一起 并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索 比如 检索 cancer 将自动转换为 neoplasms MeSHTerms OR neoplasms AllFields OR cancer AllFields 自动转换匹配 PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对 将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则 MeSHTranslationTable主题词注释表 JournalsTranslationTable期刊注释表 CommonPhraseList常用词组表 AuthorIndex作者索引表 NoMapping 检索词拆分AND 自由词检索时PubMed自动将不规范的词转换成规范的词进行检索 自动词汇转换 PubMed基本检索 布尔逻辑组合检索 常用的逻辑关系词有AND OR NOT等 逻辑与 AND 检出记录中同时含有检索词A和检索词B 如 AANDB 逻辑非 NOT 在含检索词A的记录中 去掉含检索词B的记录 如 ANOTB 逻辑或 OR 检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献 如 AORB PubMed基本检索 作者姓名检索按照姓 名缩写 不用标点 的格式键入作者姓名 如 smithja或jonesk 系统会自动在作者字段内进行检索 姓名第一个字母可用大写也可用小写 姓前名后 姓用全称 名字一般用缩写 考虑到作者姓名的不同形式 PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索 如 smithj将检索成smithja smithjb smithjr等 精确检索 可以用双引号将作者名引起来 再加作者字段限定 AU 如 smithj au 这样可避免PubMed自动转换 实现精确查找 PubMed基本检索 作者姓名检索按照姓 全写 名 缩写 之间不用标点键入作者姓名 smithj PubMed基本检索 精确检索避免PubMed自动词汇转换 实现精确查找 smithj au PubMed基本检索 期刊检索在检索框中键入期刊名 如 molecularbiologyofthecell 系统的 自动词语匹配 功能会将它转换成molbiolcell journal 进行检索 也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式 如 molbiolcell 或者是输入刊物的ISSN 国际标准出版物代码 进行检索 如 1059 1524 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词 如 cancer science cell等 PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索 因此 需要将检索请求进行标准化处理 即在杂志名后面加 TA 如 cell ta PubMed基本检索 期刊的一般检索 是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号 EurJImmunol PubMed基本检索 期刊的标准检索 是在期刊名后面加字段限定 TA 比如 cell ta cell ta PubMed基本检索 期刊数据库 journaldatabase 期刊数据库的作用 1 可以查看期刊的详细信息 包括出版国家 出版社 出版语言 期刊类目等等 2 可以根据期刊的主题分类 查看medline收录的各学科的期刊 比如查看medline收录的关于麻醉学 Anesthesiology 方面的期刊 2 方便检索某本期刊上被PubMed收录的所有文章 比如 我们想知道期刊AcadPediatr的全称以及具体的出版社 以方便投稿 如何查 操作方法 点击导航栏上的Journaldatabase 打开期刊数据库检索界面 在检索框中输入AcadPediatr 再点击Go按钮即可 PubMed基本检索 期刊数据库在PubMed首页导航栏的右下角部分 期刊数据库 PubMed基本检索 期刊数据库可以查看指定期刊的详细信息 Elsevier出版 期刊数据库 PubMed基本检索 按期刊主题浏览medline收录的各学科的期刊 期刊主题 期刊数据库 PubMed基本检索 按字母顺序浏览medline收录的各学科期刊 麻醉学方面 PubMed基本检索 期刊数据库可以方便的查看medline收录的各学科方面的期刊 medline收录的麻醉学方面的期刊 PubMed基本检索 截词检索截词检索的作用 扩大检索范围 提高查全率 截词符 用 表示 代表多个字符 将 加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索 如 bacter 可以检出bacter bacteria bacteriophage bacterium 等最多600个单词 PubMed基本检索 截词检索可以扩大检索范围提高查全率 bacter TI PubMed基本检索 字段限制检索采用字段限制方式进行检索 其规则是 检索词1 字段标识 逻辑运算符检索词2 字段标识 如 查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献 检索式 DNA mh ANDcrick au AND1993 dp PubMed基本检索 字段限制检索其规则是 检索词 字段标识 DNA mh ANDcrick au AND1993 dp PubMed基本检索 常用检索字段描述和标识Title ti 篇名字段Abstract ab 摘要字段Affiliation ad 著者地址字段 Authorname au 文章的作者 检索格式 姓 名 如 smithja au Journaltitle ta 期刊名称 如 cell ta Language la 论文出版语种 语种检索时可只输入前3个字母 如 chi la chinese la English lang eng la 比如 检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式 hypertension ti ANDchi la PubMed基本检索 hypertension ti ANDchi la 检索文章题目中含有高血压的中文文献 PubMed基本检索 常用检索字段描述和标识Publicationdate dp 出版日期指论文所在期刊的出版日期日期检索的形式为 YYYY MM DD DP 要检索一段时期内的文章 日期之间可以加冒号 如 1993 01 1995 06 DP Publicationtype pt 出版类型 有综述 新闻 传记 临床试验等 如 review pt MeSHterms mh 主题词字段 如 hypertension mh Subheadings sh 副主题词 与主题词组配检索 比如 检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献 hypertension mh AND1995 01 1996 12 DP ANDreview pt PubMed基本检索 检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献 hypertension mh AND1995 01 1996 12 DP ANDreview pt PubMed基本检索 强制检索功能PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索 如 在PubMed主页的检索提问框中键入 singlecell 并用双引号引起来 点击 GO 按钮 系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索 如果不使用双引号进行强制检索 系统就会将其分成2个词 single和cell检索 其检索表达式为 singleANDcell 很明显这样的检索结果是不符号要求的 PubMed基本检索 强制检索 普通检索 singlecell singlecell PubMed基本检索 高级检索 PubMed高级检索 PubMed高级检索 预览 检索详情 检索史 高级检索界面下可以看到明细栏 预览 检索史 限定和组合检索等 姚开泰院士2001年以来被Medline收录的文献 PubMed限定检索 限定检索范围为发表在临床核心期刊上的有全文链接的英文文献 出版时间 临床核心期刊 限定为英文 Limit限定 有全文链接 文献类型 年龄段 PubMed主题检索 医学主题词表 数据库 MeSHDatabase 医学主题词表 是对生物医学文献进行主题分析 标引和检索的权威性词表 它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致 并指导用户高质量地检索医学文献 它可以指导用户从同义词发现主题词 告诉用户主题词如何使用 显示主题词之间的相互关系 医学主题词表 数据库 MeSHDatabase 利用主题词进行检索方法 1 点击主页右下角的MeSHDatabase进入主题词检索界面 2 输入检索词后 点击go按钮 系统将显示与该词有关主题词 3 点击该主题词进一步显示该主题词的定义 树状结构 组配的副主题词 4 选择合适的主题词与副主题词后 点击sendto按钮 进入检索表达式浏览窗口 5 点击SearchPubMed将显示检索结果 PubMed主题检索 主题词数据库在PubMed首页导航栏的右下角 主题词数据库 PubMed主题检索 输入普通词查找对应主题词 MeSH 主题词检索可以指导用户高质量地检索医学文献 PubMed主题检索 一般一个主题词还要配合一个副主题词进行组合检索 选择副主题词 PubMed主题检索 SearchBoxwithAND 点Sentto将检索词添加到检索表达式浏览窗口 PubMed主题检索 SearchPubMed 主题词检索可以达到比较满意的查全率和查准率 PubMed主题检索 主题词检索是在有主题标引的Medline数据库中检索 主题词检索结果 PubMed主题检索 普通词不是规范化的主题词检索结果相关度低 普通词检索结果 PubMed主题检索 PubMed记录字段说明 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