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文档简介
基因组数据库检索的几个问题 分子生物学实验中常见的问题 我要研究的基因 或序列 在哪 有人研究过吗 研究到什么程度 有哪些经典文献 这个基因有什么功能 有几个外显子 产物有多大 设计PCR引物 文献上的引物准不准 cDNA序列到哪里找 有无可变剪接 小鼠等其他生物的基因组中有无同源基因 公共生物信息数据库 美国国立生物技术信息中心 NCBI UCSC UniversityofCalifornia SantaCruz 基因组浏览器 EMBL EBI 如何找到一个感兴趣的基因及相关信息 一旦基因在图谱上被定位 又如何方便地找到同一区域的其它基因 问题一 美国国立生物技术信息中心 NCBI 的EntrezGeneNCBI主页网址为http UCSC UniversityofCalifornia SantaCruz 基因组浏览器UCSC主页网址为http genome ucsc edu 利用NCBI的EntrezGene 输入基因名称 染色体 STS 数据库编号 蛋白 疾病 基因 如何找到一个基因的序列 此序列除了含有所有已注释的外显子和内含子外 还有用于引物设计的一些碱基 问题二 第一外显子 SNP EnsemblEMBL EBI EuropeanMolecularBiologyLaboratory和EuropeanBioinformaticsInstitute 以及theSangerInstitute共同支持 包含各种真核生物基因组信息 http 外显子信息 NCBI UCSC及Ensembl有时对同一基因使用不同的符号 但是数据基本一致 这3个站点之间可以自由地穿梭 问题三 已知一段mRNA序列 怎样在人类基因组图谱中找到对应的DNA片段 一旦它的位置确定 如何找到选择性剪接位点位置 mRNA登录号 BG334944 获得序列 NCBI 确定位置 UCSC 一段序列 GGCCTAAGTCGCCGCAGAACTGCCACGTGGGGATGAGATTTGCTGGGCTGGTAGCGGCGGCTGCTGCGGGGTCCCGCCCACGTGAAGCCAGCCTAACTGAGCTCTGGACTT 问题四 如何找出两个遗传标记 比如序列标签位点STS 之间的所有基因 两个STS之间用 号隔开 以此类推 通过选择页面显示选项 可以找到某两个标记之间的其他信息 表达序列标签 EST 单核苷酸多态 SNP 简单重复序列等等
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