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利用16SrDNA鉴定细菌的种属 1 1 什么是16SrDNA 16SrRNA为原核生物核糖体RNA的一个亚基 16SrDNA就是编码该亚基的基因 原核生物的rRNA含有3种类型 23S 16S 5SrRNA 它们分别含有2900 1540和120个核苷酸 2 用16SrDNA进行细菌鉴定的原因16SrDNA在原核生物中普遍存在 16SrDNA的相对分子量大小适中 约1500bp 便于序列分析 在16SrRNA分子中 既含有高度保守的序列区域 又有中度保守和高度变化的序列区域 因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究 bp basepair 2 图16SrDNA基因组成 灰色为保守区 绿色为可变区 16SrDNA基因全长1542bp 由9个可变区和10个保守区组成 其中保守区反映了生物物种间的亲缘关系 而可变区则表明物种间的差异 且变异程度与细菌的系统发育密切相关 3 4 DNA的提取 挑取单菌落 然后置于装有100 LPrepManUltra的离心管中 涡旋震荡混匀30s左右 然后100 水浴10min后 以离心机最大转速离心3min 取10 L上清液与490 LddH2O 即稀释50倍 混匀作为下步PCR的模板DNA 提取的DNA于 20 保存 检测 核酸蛋白仪 琼脂糖凝胶电泳 5 1525R5 AAGGAGGTGWTCCARCC3 6 PCR反应条件 试剂使用量 20 L体系 模板DNA 10ng 100ng 2 LTaq酶 5U L 0 2 L10 TaqBuffer Mg2 2 LdNTPs 2 5mM 1 L引物F 10 M 0 5 L引物R 10 M 0 5 LddH2O13 8 L 1min30s 7 判断16SrDNA序列扩增是否成功 经琼脂糖凝胶电泳在1500bp附近出现条带 说明16srDNA已经扩增成功 8 9 https www ncbi nlm nih gov 10 11 12 13 14 15 1
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