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SNP分型简介 单核苷酸多态性分型SNP技术交流QQ群 107750067 SNP概念 SNP singlenucleotidepolymorphisms 单核苷酸多态性是指在基因组水平上由单个核苷酸的改变所引起的DNA序列多态性 单个 核苷酸 多态性 突变与多态性 多态性是一个群体概念 多态性指这个差异占群体的1 以上 否则就叫突变 小于1 SNP是多态性中的一种 只是进一步限定了差异只是单碱基 SNP一般来说 是全部体细胞一样的基因型 突变一般不是一个个体全部体细胞的变化 如果突变发生在生殖细胞 则可以遗传 但是只要这个突变群没有达到总群体的1 它就只是一个突变株 系 达到了1 就是多态性了 SNP多态性 SNP在人类基因组中广泛存在 平均每500 1000个碱基对中就有1个 估计其总数可达300万个甚至更多 人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs 各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在 其所占比率也不尽相同 但大约有85 应是共通的 SNP的发生形式 这种变异可能是转换 CT 在其互补链上则为GA 也可能是颠换 CA GT CG AT SNP的发生形式 转换的发生率总是明显高于其它几种变异 具有转换型变异的SNP约占2 3可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基C是人类基因组中最易发生突变的位点 其中大多数是甲基化的 可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶T SNP的影响 编码区SNP有同义和非同义2种 非同义突变由于会导致氨基酸的变化 从而影响蛋白质的功能 特别是发生在结构功能区域的SNP尤其重要非同义突变 虽然没有明显的功能的分子机制 但是在遗传学上可能因为与附近的其它致病基因的表达或者SNP连锁 因此在流行病学上形成阳性结果一般以此解释 SNP研究的优势 SNP在基因组中每500 1000个碱基就有一个标记 无论是比较于RFLP还是SSR 6000一个标记 都要广泛得多 SNP在人群中是等位基因性的 在任何人群中其等位基因频率都可估计出来 与微卫星位点相比 SNP是高度稳定的 尤其是处于编码区的SNP 而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出现困难 部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平 因此 它们本身可能就是疾病遗传机制的候选位点 易于自动化 规模化分析 缩短了研究时间 功能研究发展与方向 通过测序手段对SNP的存在及频率信息进行确定 对不同人群进行SNP的基因分型都需借助这些序列信息才能得以进行SNP连锁分析 单体型构建以及标签SNP寻找预测启动子SNP位点与转录因子结合的改变 编码区SNP对蛋白质的空间结构 生物功能的影响等SNP作为复杂性疾病的遗传标记的关联性研究 吸烟人群中患肺部疾病的相关连锁性 1 未知SNP位点寻找未知的SNP或确定某一未知SNP与某遗传病的关系研究方法 单链构象多态性 SSCP 高效液相色谱检测 HPLC 限制性片段长度多态性 RFLP 随机扩增多态性DNA RAPD 测序 SEQ 只能发现含有SNP 确知SNP的位置和碱基 SNP检测对象 SNP检测对象 2 已知SNP位点对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断 研究方法 等位基因特异寡核苷酸片段分析 ASO 基因芯片技术 genechips 荧光定量PCR技术 RealTimePCR Taqman探针飞行质谱测序 SNP研究方法 DNA测序最终的确认标准单链构象多态性 SSCP 传统的酶切方法 资金少的实验室做 结果不准确 工作量大 需测序确认 TaqMan实时荧光PCR国内很少做 成本高MassARRAY飞行质谱SNP成本高限制性酶切片段长度多态性 RFLP 基因芯片大规模 成本高 某些流程还不成熟等位基因特异的寡聚核苷酸杂交 ASO 测序法 项目案例1 已知SNP位点测序项目案例 VKORC1基因 1639G A位点测序项目简单了解VKORC1基因研究背景VKORC1基因 VitaminKepoxidereductasecomplexsubunit1 维生素K环氧化物还原酶复合物1查找SNP位点参考序列 公开的SNP数据库 http http 生产前准备 根据参考序列 在SNP位点附近设计引物 并检测引物效率 生产过程 PCR扩增3730 xl测序峰图 SNP位点分析 生产后分析 Codoncode软件 统计信息 项目案例2 未知SNP位点测序项目案例 CTSL基因Exon4中未知SNP位点测序项目简单了解CTSL基因背景CTSL基因 cathepsinL 组织蛋白酶L 查找CTSL基因Exon4参考序列 公开的数据库 http http 生产前准备 根据参考序列 在Exon4区域设计引物 并检测引